桓玄逃到寻阳，郭昶之给他提供了各种器具物资和兵力支持。三月辛未，桓玄强迫皇帝往西走，刘毅率领何无忌、刘道规等各路军队在后面紧追不舍。桓玄留下龙骧将军何澹之、前将军郭铨和郭昶之驻守湓口。桓玄在逃亡路上还亲自写《起居注》，讲述讨伐刘裕的事儿，把自己说得好像谋划得完美无缺，全是各路军队不听指挥，才导致最后失败逃跑。他一门心思都在写这个，根本没时间跟手下人商量当下的局势。《起居注》写完后，还到处给人看。
三月丙戌，刘裕宣称接到皇帝的秘密诏书，让武陵王司马遵秉承皇帝旨意，总管百官事务，加封为侍中、大将军，同时宣布大赦天下，但桓玄一族不在赦免范围内。
刘敬宣、高雅之联合青州的大姓家族以及鲜卑的豪强首领，打算谋杀南燕主慕容备德，推举司马休之当头儿。慕容备德任命刘轨为司空，对他特别宠信。高雅之想拉刘轨一起参与谋划，刘敬宣说：“刘公年纪大了，就想在齐地安稳过日子，这事儿别告诉他。”但高雅之最后还是跟刘轨说了，刘轨没答应。结果这事儿不小心泄露了，刘敬宣等人往南逃跑，南燕的人抓住刘轨，把他杀了，又追上高雅之，也把他杀了。刘敬宣、司马休之逃到淮水、泗水一带，听说桓玄战败，就又回来归附东晋，刘裕任命刘敬宣为晋陵太守。
南燕主慕容备德听说桓玄战败，就命令北地王慕容钟等人带兵，准备趁机拿下江南地区，结果正好慕容备德生病，这事儿就搁置了。
夏天四月己丑，武陵王司马遵进入东宫居住，宫里宫外的人对他都毕恭毕敬。他任免百官的时候，用的是皇帝诏书的格式，发布的命令叫令书。司马遵任命司马休之监理荆、益、梁、宁、秦、雍六州诸军事，兼任荆州刺史。
四月庚寅，桓玄挟持着皇帝到了江陵，桓石康把他们接了进去。桓玄重新安排了百官职位，任命卞范之为尚书仆射。他觉得自己刚吃了败仗，担心威严和命令没人听，就进一步加重刑罚，这下大家心里更不满，都开始怨恨他。殷仲文劝他别这样，桓玄生气地说：“现在因为将领们作战失利，再加上天象对我们不利，所以才回到旧都江陵。可那些小人物还叽叽喳喳，乱提意见！现在就得用强硬手段整治，不能心软姑息。”荆、江各郡听说桓玄逃亡到这儿，有人上表问候他的起居情况，桓玄都不接受，反而让各地为他迁都到江陵庆贺。
当初，王谧是桓玄称帝的重要辅佐大臣，桓玄接受禅让的时候，就是王谧亲手解下皇帝的玉玺和绶带。桓玄战败后，大家都觉得王谧应该被杀，只有刘裕特别出面保全了他。刘毅曾经在朝会的时候，故意问王谧玉玺绶带在哪儿。王谧心里特别不安，就逃到曲阿。刘裕写信给武陵王，把王谧又迎回来恢复了职位。
桓玄哥哥的儿子桓歆带着氐族首领杨秋进犯历阳，魏咏之率领诸葛长民、刘敬宣、刘钟一起迎击，把他们打败了，还在练固斩杀了杨秋。
桓玄派武卫将军庾稚祖、江夏太守桓道恭率领几千人，和何澹之等人一起防守湓口。何无忌、刘道规的军队到了桑落洲，四月庚戌，何澹之等人带领水军迎战。何澹之平常乘坐的战船装饰得特别华丽，旗帜飘扬，很是威风。何无忌说：“敌军主帅肯定不在这艘船上，这就是想迷惑咱们，得赶紧攻打它。”大家都说：“何澹之不在这船上，就算拿下也没啥用。”何无忌说：“现在咱们人少，敌人人多，打仗很难有绝对的胜算。何澹之既然不在这艘船，那船上的守卫肯定不强，咱们派精兵攻打，一定能拿下。拿下这艘船，敌人的士气就会受挫，咱们的士气就会加倍，趁势进攻，肯定能打败敌人。”刘道规说：“好主意！”于是就带兵去攻打，果然拿下了那艘船，然后大声喊：“已经抓住何澹之啦！”何澹之的军队一下子就乱了阵脚。何无忌这边的士兵也以为真抓住了何澹之，乘胜进攻何澹之等人，把他们打得大败。何无忌等人攻克湓口，进而占据寻阳，还派使者把宗庙的牌位送回京城。朝廷加封刘裕为都督江州诸军事。
桑落洲这场战斗中，胡籓乘坐的战船被官军烧毁，胡籓穿着全副铠甲跳进水里，潜游了三十来步，才爬上了岸。当时去江陵的路已经被截断，他只好回到豫章。刘裕早就听说胡籓为人忠诚正直，就把他招来，让他参与领军军事。
桓玄在荆州收拢兵力，还不到三十天，就又聚集了两万人，战船和器械也都很充足。四月甲寅，桓玄又带着各路军队，挟持着皇帝向东进发，任命苻宏为梁州刺史，作为前锋；还派散骑常侍徐放先去，劝刘裕等人说：“如果你们能收兵解散，我们可以重新开始，给你们每个人都安排职位，保证你们的待遇。”
刘裕任命诸葛长民都督淮北诸军事，镇守山阳；任命刘敬宣为江州刺史。
柔然可汗社仑的堂弟悦代大那谋划杀掉社仑，没成功，就逃到北魏去了。
后燕的慕容熙在龙腾苑修建逍遥宫，房子连着有好几百间，还开凿了曲光海。大热天的，士兵们都不能休息，累死热死的超过一半。
西凉的世子李谭去世了。
刘毅、何无忌、刘道规、下邳太守平昌人孟怀玉率领军队从寻阳往西进发，五月癸酉，在峥嵘洲和桓玄的军队碰上了。刘毅他们的兵力不到一万人，而桓玄有好几万士兵，大家心里都有点害怕，想退回寻阳。刘道规说：“不行！敌众我寡，形势对我们不利。现在要是因为害怕不敢前进，肯定会被敌人抓住机会，就算退回寻阳，就能守得住吗？桓玄虽然顶着个英雄豪杰的名声，但实际上内心胆小怯懦。再加上他之前已经吃了败仗，手下人都没了坚定的信心。在战场上决定胜负，关键在于将领勇猛，而不是人数多少。”说完就指挥士兵带头前进。刘毅等人也跟着他一起冲。桓玄提前在战船旁边准备了轻便小船，就想着万一战败好逃跑，所以他的士兵们都没心思好好打仗。刘毅等人借着风势放火，全军奋勇向前，桓玄的军队大败，只能烧毁辎重，趁夜逃跑。郭铨向刘毅投降。桓玄原来的将领刘统、冯稚等人聚集了四百多人，偷袭并占领了寻阳城。刘毅派建威将军刘怀肃去讨伐，平定了叛乱。刘怀肃是刘怀敬的弟弟。
桓玄带着皇帝坐着一艘小船往西逃跑，把永安何皇后和王皇后留在巴陵。殷仲文当时在桓玄的船上，请求换一艘船去收拢逃散的士兵，趁机背叛了桓玄，带着两位皇后逃到夏口，然后回到建康。
五月己卯，桓玄和皇帝进入江陵。冯该劝桓玄再出兵打一仗，桓玄不听，打算逃到汉中去找桓希。但这时候人心已经散了，他的命令根本没人听。五月庚辰，半夜里，桓玄正安排着准备出发，结果城里已经乱成一团，他只好带着一百多个亲信骑马从城西逃跑。到城门的时候，有人在黑暗中拿刀砍桓玄，没砍中，他的手下人还互相残杀，横七竖八地倒了一地。桓玄好不容易才跑到船上，身边的人都跑光了，只有卞范之还在旁边。
五月辛巳，荆州别驾王康产护送皇帝进入南郡府衙，太守王腾之带领文武官员担任侍卫。
【内核解读】
这段史事生动展现了桓玄之乱中各方势力的博弈与兴衰，充满戏剧性转折，也折射出乱世中权力更迭的残酷逻辑：
--桓玄的败亡轨迹极具警示性：他西逃途中仍醉心撰写《起居注》粉饰自己，将战败归咎于下属“违节度”，这种脱离现实的自我美化，暴露了权臣的傲慢与短视。到江陵后，非但不反思人心离散的根源，反而用“峻刑罚”压制异议，更是加速了众叛亲离。而在峥嵘洲之战前，他提前准备逃生船只的举动，彻底瓦解了部下的斗志——主帅先怀怯战之心，再庞大的兵力也不过是乌合之众。
--刘裕集团的崛起充满决断力：刘裕抓住桓玄西逃的时机，借“帝密诏”拥立武陵王，迅速完成权力过渡，体现其政治敏感度。面对桓玄残部，刘毅、刘道规等将领展现出精准的战术判断（如桑落洲专攻何澹之虚舫）和破釜沉舟的勇气（峥嵘洲以少击多），尤其是刘道规“将雄者克，不在众也”的论断，点出乱世中“军心”与“决断力”比兵力更关键。
--各方势力的摇摆与选择：殷仲文从依附桓玄到叛奉二后，刘统、冯稚先叛后袭，郭铨临阵倒戈，这些反复背后，是乱世中个体对“势”的投机——当桓玄失去掌控力，昔日追随者便迅速转向新的权力中心。而王谧因曾为桓玄献玺绶险遭诛杀，却被刘裕保全，既显刘裕笼络人心的手腕，也暗示东晋门阀政治残余的复杂影响。
--乱世中的小人物命运：胡籓落水潜行求生、杨秋战死练固、燕王熙修宫役使士卒“渴死者大半”，这些细节勾勒出大动荡下个体的挣扎——有人凭忠勇被赏识（胡籓），有人沦为权力博弈的牺牲品，更有无数底层民众在暴政与战乱中无声消亡。
整体来看，这段历史的核心是“人心向背定成败”：桓玄的刚愎自用与怯懦，让他在占据优势时错失人心；刘裕集团则凭借决断、勇毅与对局势的精准把握，不断收拢力量，最终成为乱世的新主导者。而各方势力的离合，本质上都是对“谁能终结混乱、提供稳定”的现实选择。