太平天国——首都天京，此时早已经被湘军和淮军的其它分支攻破，城中火光冲天，到处都是断壁残垣，城中伤亡惨重，无数的贫民无家可归！
城中留守的太平军死伤大半，早已经无力抵抗，幼主洪天福贵，在陈玉成和皇宫卫队的保护下犹如惊弓之鸟，正在皇宫中四处逃窜，但不幸的是分别遇上了湘军副将曾国荃和淮军副将沈葆祯、骆禀章等人，曾国荃对三河镇湘军的惨败耿耿于怀，于是愤怒的大喝道：“凡是抓住陈玉成者赏白银千两、抓住洪天福贵者赏黄金五百两，”重赏之下必有勇夫，湘军和淮军的士兵们听了，顿时红了眼，如饿狼般朝着陈玉成和洪天福贵扑去。陈玉成护着洪天福贵，挥舞着大刀，奋力拼杀，他的眼神中透露出决绝，哪怕深陷绝境，也绝不退缩。
就在双方僵持不下时，天空突然乌云密布，一道奇异的光芒闪过。紧接着，一群身着奇异服饰、骑着异兽的神秘人凭空出现。他们一出现便加入了战局，不过他们攻击的对象却是湘军和淮军。神秘人的武器十分奇特，发出的光芒能轻易击退敌人。
曾国荃和沈葆祯等人见状，又惊又怒，指挥着士兵们抵抗。陈玉成也有些愣住了，不知道这些神秘人是敌是友。但此时，他也顾不了那么多，趁着混乱，带着洪天福贵往神秘人开辟出的一条通道冲去，然而前面确是一个死胡同，陈玉成忍不住仰天悲呼：“真是天亡我太平天国也！”
此时神秘人却说道：“太平天国失信于天下，早已经恶贯满盈，死有余辜，我们只是前来拯救无辜受难的平民百姓，同时保护这里的上古遗迹，对于太平天国与我们毫不相干！”只是希望你们不要再造无端杀孽，否则必遭天谴！
曾国荃、骆禀章、沈葆祯亲自谢过神秘人，向着陈玉成和洪天福贵逃跑的方向追去，走投无路的太平天国一代名将陈玉成兵败被俘，很快就被押往大清皇城，没过多久陈玉成英勇就义，洪天福贵也被下令处死……
贵州赤水安顺场一战，石达开和李秀成损失惨重，几乎全军覆没，面对着被湘军和淮军围得水泄不通，石达开和李秀成依然十分顽强，此时曾国藩、张之洞同时说道：“石达开、李秀成如今你们插翅难逃，别无选择还是投降了吧！”左季高也说道：“石达开、李秀成你们已经穷途末路，还是投降吧，我们敬你是条英雄好汉，也许还有一条生路！”
石达开和李秀成冰冷至极的说道：“曾国藩、张之洞、左季高，大清王朝腐朽不堪，我奉劝尔等不要在为其卖命，跟我太平天国一样自封为王！不过想要我们投降，那是绝对不可能的，想我太平天国纵横华夏十数年，奈何天不佑我！”就在双方剑拔弩张之时，突然大地震动，从地下涌出一股神秘的力量，形成一道巨大的光幕，将石达开、李秀成与湘军、淮军分隔开来。光幕中走出一位白发老者，他的眼神深邃而神秘。“太平天国与大清之争，皆是凡尘琐事。但此地有上古封印，若你们继续争斗，封印松动，将放出远古邪物，天下将陷入万劫不复。”
曾国藩等人听后，面色大变。石达开和李秀成也收起了锋芒。白发老者接着说：“如今之计，需你们暂时放下恩怨，共同守护封印。待危机解除，再论胜负。”众人虽心有不甘，但为了天下苍生，只好暂时妥协。于是，石达开、李秀成与曾国藩、张之洞等人站在了同一战线，开始合力寻找加固封印之法，一场前所未有的合作就此展开，而天下的命运也在这微妙的转变中悄然改变。
然而石达开和李秀成乃是绝世枭雄，岂能坐以待毙，利用这天赐良机，杀出一条血路，一路向着贵州省城撤退，最终来到青岩古镇。
青岩古镇，乃是千年难遇的上古雄关，山势险峻，加上城坚墙厚，石达开和李秀成久攻不下，守城将领赵树澎，坚守不战，日夜加固城墙，后面曾国藩和张之洞等人带领的湘军和淮军已然赶到，石达开和李秀成腹背受敌，形势危急万分。正在他们苦思破敌之计时，突然从青岩古镇的城墙上射出一道道奇异光芒，光芒交织成网，将石达开和李秀成的军队笼罩其中。原来，赵树澎早已得到神秘人的相助，布置了这诡异的阵法。石达开和李秀成的士兵们被困在阵中，动弹不得，纷纷发出惊恐的叫声。石达开怒目圆睁，奋力砍向光芒之网，却毫无作用。就在他们绝望之时，之前出现过的那群神秘人再次现身。不过这次，他们站在了石达开和李秀成这边。神秘人施展法术，破解了阵法。石达开和李秀成抓住机会，率领军队与湘军、淮军展开了新一轮的厮杀。神秘人告知他们，上古封印之事另有隐情，他们应联合起来对抗真正的威胁。石达开和李秀成与曾国藩等人虽心存疑虑，但内心深处自然难以磨合，数日后，双方再次爆发激烈战斗，最终，太平天国最后支柱石达开和李秀成身受重伤被俘，很快曾国藩以犯上作乱，对抗大清朝廷，分别对石达开和李秀成处以极刑，至此太平天国彻底覆灭。
石达开和李秀成死后，其残余部下张秀眉一分为二，一部分向都匀猪拱箐汇入当地的苗民武装，另一部分则逃往黔东南牛角坡与乌鸦坡加入了当地的苗侗民族。
此时大清王朝迎来了久违的安定中兴，然而此时四大名臣逐渐暴露出彼此之间的矛盾：曾国藩和李鸿章开始走得更近，张之洞和李鸿章由于理念不同，开始针锋相对，左季高也和李鸿章势如水火，二人在海防和边防上始终各执一词，难以调和，李鸿章更是在太皇太后面前参劾左季高的刚愎自用，更暗令其手下频繁的给左季高使暗手，这使得左季高逐渐失去了权力，失去了太皇太后的信任，左季高心中愤懑难平，却也无可奈何。就在此时，那神秘的白发老者再次出现。他告知左季高，天下即将面临一场更大的危机，这场危机与之前所说的上古封印息息相关，而李鸿章的一系列行为似乎也被一股神秘力量所操控。左季高虽半信半疑，但为了天下苍生，决定暂时放下与李鸿章的恩怨。他暗中调查，发现李鸿章身边常有一些形迹可疑之人出没。与此同时，之前出现的那群神秘人也在四处奔走，寻找应对危机的方法。他们找到左季高，希望能联合各方力量共同对抗即将到来的灾难。左季高开始尝试与曾国藩、张之洞等人沟通，试图化解彼此间的矛盾。而李鸿章在神秘力量的影响下，却仍在不断制造纷争。一场关乎天下命运的大战，似乎也即将到来——