此时面对着大清王朝的内外交困，太皇太后叶赫那拉.兰儿则是派出了恭亲王奕昕前往各驻外使节处共同与之谈判。
在经过那场巨大的黄河水灾后，太平天国和捻军各自忙着救灾，没有在主动出击清王朝，然而叶赫那拉.兰儿却认为这是个歼灭捻军的好机会，因为除了太平天国强大之外，就数捻军比较弱小，同时捻军跟太平天国之间也有小磨摖，双方在相互配合作战上存在巨大的分歧，同时捻军虽然较为弱小，但同时也是太平天国的左膀右臂，只要歼灭了捻军就相当于斩断了太平天国的左膀右臂，于是叶赫那拉.兰儿就钦点浩顺郡王僧格林沁带着大清王朝的十万八旗精锐，绕过太平天国直击捻军心脏，僧格林沁领命后，带着十万八旗精锐浩浩荡荡地出发了。一路上，清军纪律涣散，烧杀抢掠之事时有发生，百姓苦不堪言。而捻军这边，早已得到清军来袭的消息，他们凭借着对当地地形的熟悉，巧妙地布置了陷阱。当僧格林沁的军队深入捻军腹地时，突然伏兵四起，喊杀声震天。八旗精锐在狭窄的山道中难以展开阵型，被捻军打得节节败退。僧格林沁心慌意乱，试图组织反击，却始终无法突破捻军的包围。与此同时，太平天国得知捻军被清军攻击，虽与捻军有矛盾，但也深知唇亡齿寒的道理，派出了一支奇兵，从清军后方发起攻击。清军腹背受敌，顿时大乱。于是僧格林沁不顾叁将钮钴禄氏.彰泰的劝阻，带着几乎所有八旗精锐，直捣捻军的另一根据地山东曹县高楼寨，然而此时捻军名将张宗禹、陈大喜等人早已经布下了天罗地网。
这一战，清军损失惨重，几乎全军覆没，僧格林沁本人的身受重伤，狼狈逃窜于高楼寨的一处隐秘田埂，身受重伤的僧格林沁直接从马上摔了下来，被埋藏在此的捻军十六岁青年张皮梗斩杀，就连其头颅也挂在了城墙上示众，从而导致叶赫那氏.兰儿歼灭捻军的计划彻底失败。同时这几乎是大清王朝八旗军队的最后精锐，僧格林沁的死亡，直接宣布大清王朝的八旗军队彻底覆灭，使得大清王朝从此只能依靠四大名臣的湘军和淮军叶赫那拉·兰儿得知僧格林沁战死、八旗精锐覆灭的消息后，气得差点昏死过去。朝堂之上，大臣们议论纷纷，有人主张继续与捻军和太平天国死战，有人则建议求和。叶赫那拉·兰儿强撑着威严，心中却已乱成一团。
此时，四大名臣之一的曾国藩站了出来，他上奏道：“太后，如今八旗已衰，我湘军和淮军虽能暂撑局面，但长久之计还需改革兵制，编练新军。且不可再轻易与捻军、太平天国硬拼，可先安抚各方，再徐图发展。”叶赫那拉·兰儿沉思良久，最终采纳了曾国藩的建议。
与此同时，捻军和太平天国因这次胜利士气大振，但内部矛盾也逐渐凸显。太平天国高层认为此次救援捻军出力甚大，要求捻军给予更多支持；而捻军则觉得太平天国之前并未全力合作，双方关系再度紧张起来。大清王朝则在这间隙中，开始秘密筹备新军，试图重新夺回主动权——
湘军在曾国藩、左季高和副将曾国荃、曾国祥等人的日夜严格训练之下越来越强大，同时还购置了各种先进的武器和远程火炮，与此同时，淮军在李鸿章和张之洞等人的严格训练之下也逐渐变强，湘军和淮军加上水师总兵力达到了五十多万。
此时的太平天国和捻军也没有闲着，在翼王石达开、忠王李秀成等人的带领下变得军力增强，军威严谨，士气高涨，突然有一天，不知死活的法军前来进犯 ，太平军在忠王李秀成的带领下将其彻底击败，就连法军总督戈登也被斩首。
十年后，曾国藩带领十五万湘军突袭徽州的太平军大本营，双方在定远古城进行了激烈拼杀，此时太平军在李秀成、石达开带领下，士气高涨，全体将士奋勇争先，直杀的湘军伤亡过半，人人胆战心惊，此时曾国藩才认识到石达开和李秀成的厉害，湘军的失败传到了大清朝廷，太皇太后勃然大怒：“着曾国藩将失败原因上奏，否则就严加查办”焦头烂额的曾国藩无法，只得如实写道：“臣初讨太平天国，屡战屡败，皆臣之过也，臣甘愿受罚！”
此时一旁的左季高看着曾国藩说道：“曾大人，这样写不妥，否则朝廷知道，你我罪责难逃！”你应该这样写：“臣征讨太平天国，不幸遭此惨败，然臣并不气馁，紧接着重整湘军，屡败屡战！”曾国藩听后眼前一亮，觉得左季高所言极是，便依言修改了奏折呈递给太皇太后。太皇太后看到“屡败屡战”四字，心中怒气稍减，觉得曾国藩尚有斗志，便未过多责罚，只是严令他尽快重整旗鼓。与此同时，捻军与太平天国之间的矛盾愈发尖锐，在一次资源分配问题上爆发了激烈冲突，双方甚至兵戎相见。大清王朝得知此消息后，认为有机可乘，叶赫那拉·兰儿命曾国藩、李鸿章带领湘军和淮军联合出击，打算各个击破。湘军和淮军养精蓄锐已久，加上装备先进，一鼓作气冲入捻军和太平军阵营。捻军和太平军因内耗严重，战斗力大减，面对清军的攻势节节败退。石达开和李秀成虽奋力抵抗，但也难以挽回颓势。一场大战过后，捻军和太平天国元气大伤，大清王朝似乎又看到了一丝中兴的曙光。
此时，左季高向大清王朝建议：“由于李鸿章擅长于外交，况且洋务运动也需要人才，建议将李鸿章调回洋务运动处担任洋务运动全权处理代表，将淮军交由张之洞统领，太皇太后权衡利弊后，便同意了左季高的建议。
淮军换将后，迎来了全面发展，在一次激战后，将孤立的捻军彻底剿灭，剩下的太平天国就如丧家之犬，在湘军和淮军的全面进攻之下，一路败逃，在撤退到贵州赤水河边安顺场时，早已被数十万的湘军和淮军团团包围，面对着滚滚金沙江天堑，石达开和李秀成无计可施，只得派出谋士前往对岸的四川西昌.泸定求助当地的彝族，然而由于语言不通，当地的数十万彝族拒绝了石达开和李秀成的请求，石达开和李秀成心急如焚，而此时湘军和淮军开始发动总攻，喊杀声震得地动山摇。就在这千钧一发之际，突然天空中乌云密布，一道奇异的光芒闪过，竟凭空出现一支神秘军队。这支军队身着奇异服饰，手持先进武器，他们二话不说，直接向湘军和淮军发起攻击。清军被这突如其来的变故打得措手不及，阵脚大乱。石达开和李秀成见状，赶紧重整旗鼓，与神秘军队里应外合，竟然逐渐扭转了局势。原来，这支神秘军队是从另一个时空穿越而来，他们感知到这里的危机，出手相助。在神秘军队的帮助下，太平天国暂时摆脱了困境，石达开和李秀成也看到了新的希望，开始谋划如何借助这股力量重振太平天国，而大清王朝则又陷入了新的危机之中。
然而一切皆有天定！非人力可为也！