新帝的登基大典在残破与仓促中举行。被林昭、李如松及郑王朱常浔等宗室元老共同推上皇位的，是万历皇帝幼弟瑞王朱常溸的嫡长子，年方十四的朱由榷。选择他，既因血缘亲近，更因其年幼易于“辅佐”，且其父瑞王在朱翊镠篡位期间表现出了难得的沉默与克制，未卷入漩涡中心。
典礼在太和殿举行，虽然礼部官员尽力操办，试图恢复旧观，但被焚毁的乾清宫依然如同一个巨大的伤疤，提醒着所有人刚刚过去的动荡。龙椅是临时赶制的，仪仗也显简薄，连丹陛之下的广场，都还能看到未曾完全清理干净的战斗痕迹。少年天子穿着略显宽大的衮服，在庄严肃穆的礼乐中，一步步走上御阶，脸上带着与其年龄不符的紧张与茫然。
林昭、李如松、郑王及几位核心大臣身着朝服，立于百官之前。林昭看着那少年单薄的背影，心中并无多少拥立新君的激动，只有一种沉甸甸的责任。他知道，这顶冠冕之下，并非真正的权力。真正的权力，在于谁能掌控帝国的脉搏——军队、财政、以及未来发展的方向。
大典之后，真正的博弈才在文华殿（暂时作为常朝之所）展开。围绕新朝的年号，便争论了整整三天。旧臣们希望选用“绍庆”、“承平”之类强调继承与安定的年号，而林昭则力主“启新”，取“开启新局”之意。最终，在李如松不耐烦的逼视和郑王的斡旋下，年号定为“武靖”，既有以武平乱、安定天下之意，也暗含了对李如松军功的认可，算是一个各方都能接受的折中。
年号之争只是序幕。接下来的权力分配，才是核心。
旧文官集团希望恢复原有的内阁—六部体系，将枢机院这个“战时临时机构”自然解散，权力回归“正轨”。而林昭则坚决要求将枢机院改制，确立为常设的“总理事务衙门”，总揽军国要务，其下设铁路、财政、工矿、海防、教育等各司，直接对皇帝（实则对掌控枢机院的林昭等人）负责。
“此乃僭越！祖宗之法，岂容轻易更改！”一位翰林学士痛心疾首。
“祖宗之法若能保国安民，又何来朱翊镠之乱，红毛夷之祸？”林昭反唇相讥，语气冷峻，“非常之时，当行非常之法。总理事务衙门，旨在提高效率，专事专办，应对当今之危局与未来之发展。若事事依循旧例，扯皮推诿，我等浴血奋战换来的局面，必将毁于一旦！”
李如松的态度简单直接：“老子不管什么衙门不衙门，北疆未平，海上有寇，兵权、粮饷，必须掌握在可靠之人手中！林督师统筹全局，老子放心！谁要是不服，先问问老子麾下的儿郎和格物院的新炮答不答应！”
武力的威慑是最终的保障。在军队和新式技术的双重压力下，旧势力再次退让。总理事务衙门得以确立，林昭以太子太保、兵部尚书衔领衙署总理大臣，李如松晋封镇北公，掌军事司，沈云漪出乎意料地被授予“格物院总裁”之职，秩同二品，专司技术研发与教育，开创了女子担任实权高官的先例。
权力的基石，似乎正在向技术官僚一方倾斜。然而，暗处的抵抗从未停止。
这一日，林昭正在衙署处理积压的公文，周铁鹰匆匆进来，面色凝重地递上一份密报。
“督师，南方来的消息。南京那边，一些致仕的官员和在籍的士绅，联名上了一道‘万言书’给新帝，通过通政司递上来了。”
林昭接过，快速浏览。这封万言书措辞恭敬，通篇皆是“忠君爱国”、“维护纲常”之语，但字里行间，却将矛头直指新政。他们抨击“铁路入股”是“败坏人心，诱民逐利”，指责“格物书院”是“抛弃根本，崇尚异端”，更隐晦地批评总理事务衙门“权柄过重，非国家之福”，呼吁皇帝“亲贤臣，远小人”，恢复“清流议政”的传统。
“他们不敢直接攻击我们，便用这种迂回的方式，试图影响年幼的皇帝，在舆论上给我们施压。”周铁鹰低声道，“据说，南京国子监的一些学生，也开始私下传阅此文章。”
林昭将万言书放下，脸上看不出喜怒。这只是开始，旧势力盘根错节，尤其是在文化底蕴深厚的南方，他们的影响力远超北方。这不仅仅是一场权力之争，更是一场思想与话语权的争夺。
“不必拦着，让他们递上来。”林昭淡淡道，“陛下年幼，自有辅政大臣代为批阅。你去找郑王和几位较为开明的阁老，也联名拟一道折子，就说说铁路贯通后，南北物资流通、粮价平抑的好处；说说格物院新式纺纱机，让多少贫家女子得以谋生；再说说，若无新军火器，东南沿海如今是何等光景。用事实说话。”
“是！”周铁鹰领命而去。
林昭站起身，走到窗前。窗外，北京城依然处处可见战争的创伤，但也能看到新的生机：远处，修复铁路的工地上蒸汽袅袅；近处，格物院下属的工坊里传来机床的轰鸣。这是他用钢铁与意志强行推动的新秩序，但它的根基，还远未牢固。
权力的基石，不仅需要武力与制度的夯筑，更需要人心的认同。而人心的转变，往往比攻克一座城池更加艰难。
他转身，目光落在桌案上沈云漪刚刚送来的、关于“皇家格物书院”正式开院的筹备方案上。那或许，才是真正能够撼动旧秩序、奠定新基石的希望所在。只是，这条育人之路，注定比铺设铁轨更加漫长，更加充满未知的风雨。
而此刻，遥远的南方海疆，被李如松击退的阿尔瓦雷斯残部，并未远离。他们与出现在台湾海峡的荷兰东印度公司舰队取得了联系，两支代表着西方殖民扩张力量的舰队，正虎视眈眈地注视着这个刚刚经历内乱、试图蹒跚起步的古老帝国。新的风暴，正在平静的海面下悄然酝酿。