八月，薛举派儿子薛仁果进军围攻宁州，刺史胡演率军击退了他。郝瑗对薛举说：“如今唐军刚遭战败，关中动荡不安，应当乘胜直取长安。”薛举表示赞同，却恰逢生病而停止进军。辛巳日，薛举去世，太子薛仁果继位，驻守折墌城，追谥薛举为武帝。
唐高祖想与李轨共同谋取秦、陇地区，派遣使者秘密前往凉州招抚他，还在书信中称李轨为堂弟。李轨十分高兴，派弟弟李懋入朝进贡。高祖任命李懋为大将军，命鸿胪少卿张俟德册封李轨为凉州总管，封凉王。
起初，朝廷任命安阳令吕珉为相州刺史，改任原相州刺史王德仁为岩州刺史。王德仁因此心怀怨恨，甲申日，他引诱山东大使宇文明达进入林虑山后将其杀害，叛逃归附王世充。
己丑日，高祖任命秦王李世民为元帅，率军攻打薛仁果。
丁酉日，临洮等四郡前来投降唐朝。
隋朝江都太守陈棱找到隋炀帝的灵柩，取出宇文化及留下的车驾、乐器，勉强备齐天子的仪仗护卫，将隋炀帝改葬在江都宫西的吴公台下，隋朝的王公以下官员，都依次埋葬在炀帝陵墓两侧。宇文化及从江都出发时，任命杜伏威为历阳太守；杜伏威拒不接受，仍向隋朝上表称臣，皇泰主任命杜伏威为东道大总管，封楚王。沈法兴也向皇泰主上表，自称大司马、录尚书事、天门公，秉承皇帝旨意设置百官，任命陈杲仁为司徒，孙士汉为司空，蒋元超为左仆射，殷芊为左丞，徐令言为右丞，刘子翼为选部侍郎，李百药为府掾（李百药是李德林的儿子）。
九月，隋朝襄国通守陈君宾前来投降，唐朝任命他为邢州刺史（陈君宾是陈伯山的儿子）。
虞州刺史韦义节攻打隋朝河东通守尧君素，久攻不下，军队多次失利；壬子日，朝廷任命工部尚书独孤怀恩接替他。
起初，李密杀死翟让后，变得十分骄傲自满，不体恤士兵；粮仓里粮食虽多，却没有府库储存的钱财布帛，战士立下战功，没有东西可以奖赏；他又厚待刚归附的人，引起老部下的怨恨。徐世积曾在宴会上讥讽他的短处，李密心中不快，派徐世积出镇黎阳，名义上是委以重任，实际上是疏远他。
李密打开洛口仓发放粮食，没有设置防守和管理的官员，也没有凭证，取粮的人可以随意拿取；有人离开粮仓后，力气不够运不走粮食，就把粮食丢弃在道路上，从仓城到城门，米厚达数寸，被车马碾压践踏；前来蹭粮的盗贼及其家属近百万人，没有容器，就用荆条编织筐子淘米，洛水两岸十里范围内，望去都像白沙一样。李密高兴地对贾闰甫说：“这可以说是粮食充足了！”贾闰甫回答：“国家以百姓为本，百姓以粮食为天。如今百姓扶老携幼像流水一样前来，是因为这里有他们赖以生存的粮食。但主管官员却毫不爱惜，如此浪费！我担心一旦粮食耗尽，百姓离散，您还能和谁一起成就大业呢？”李密向他道歉，立即任命贾闰甫为判司仓参军事。
李密认为东都隋军屡次战败，兵力薄弱，而且将相自相残杀，觉得很快就能平定东都。王世充独掌大权后，厚赏将士，修缮器械，也在暗中谋划夺取李密的地盘。当时隋军缺乏粮食，而李密的军队缺少衣物，王世充请求互通贸易，李密犹豫不决；长史邴元真等人各自谋求私利，劝说李密答应。此前，每天有数百东都人归附李密；交换到粮食后，前来投降的人越来越少，李密后悔不已，停止了贸易。
李密打败宇文化及后返回，麾下的精锐士兵和优良战马大多战死，士兵疲惫多病。王世充想乘其不备发动进攻，又担心人心不齐，于是谎称左军卫士张永通三次梦见周公，周公下令让他向王世充传达旨意，要他领兵协助讨伐盗贼。王世充为此建立周公庙，每次出兵前都先祈祷。他又让巫师宣称周公命令仆射迅速讨伐李密，必定能立下大功，否则军队都会染上瘟疫而死。王世充的士兵大多是楚地人，迷信妖言，纷纷请求出战。王世充挑选精锐士兵两万余人，战马两千多匹，壬子日，出兵攻打李密，旗帜上都写着“永通”二字，军容十分盛大。癸丑日，军队抵达偃师，在通济渠南岸扎营，在渠上修建了三座桥梁。李密留下王伯当守卫金墉城，亲自率领精兵前往偃师以北，凭借邙山列阵等待王世充。
李密召集众将商议对策，裴仁基说：“王世充率领全部兵力前来，东都必然空虚，可以分兵把守重要路口，阻止他向东进军，再挑选三万精兵，沿黄河向西逼近东都。王世充回师救援，我们就按兵不动；他再次出兵，我们就再次逼近。这样一来，我们精力充沛，他却疲于奔命，一定能打败他。”李密说：“您说得很好。如今东都的军队有三个不可抵挡的优势：武器精良，一；决心深入我方腹地，二；粮食耗尽急于作战，三。我们只需据城固守，积蓄力量等待时机；他们想战不能战，想退无路可退，不出十天，王世充的人头就能送到您的麾下。”陈智略、樊文超、单雄信都说：“估计王世充的士兵很少，又屡次遭受挫败，已经吓破了胆。《兵法》说‘兵力加倍就主动出战’，何况我们的兵力远超他呢！而且江淮地区刚归附的士兵，希望借此机会立下功劳；趁着他们士气正盛加以利用，一定能成功。”于是众将纷纷附和，愿意出战的占了十分之七八，李密被众人的议论迷惑，最终采纳了出战的意见。裴仁基苦苦争辩却没有效果，捶地叹息道：“您以后一定会后悔的！”魏征对长史郑颋说：“魏公虽然屡次获胜，但猛将精锐大多战死，士兵士气低落，这两点很难对抗敌人。而且王世充缺乏粮食，一心想要死战，难以和他争夺胜负，不如深挖壕沟、高筑营垒来抵御他，不出一个月，王世充粮食耗尽，必然会自行撤退，到时候再追击他，没有不胜的道理。”郑颋说：“这不过是老生常谈罢了。”魏征说：“这是奇策，怎么能说是老生常谈！”说完拂袖而去。
程知节率领内马军与李密一同在北邙山上扎营，单雄信率领外马军在偃师城北扎营。王世充派遣数百名骑兵渡过通济渠攻打单雄信的营地，李密派裴行俨和程知节前去救援。裴行俨率先冲向敌人，中了流箭，摔倒在地；程知节上前营救，杀死数人，王世充的军队溃散，程知节抱起裴行俨，两人同骑一匹马返回；途中被王世充的骑兵追赶，长矛刺穿了程知节的身体，程知节回身折断长矛，还斩杀了追兵，与裴行俨一同脱险。恰逢天色已晚，双方各自收兵回营。李密的猛将孙长乐等十余人都受了重伤。
李密刚刚打败宇文化及，轻视王世充，没有修筑营垒。王世充连夜派遣两百多名骑兵潜入北山，埋伏在溪谷中，命令士兵们喂饱战马、吃饱饭。甲寅日清晨，即将开战，王世充向士兵们宣誓：“今天的战斗，不只是争夺胜负；生死之分，就在这一战。如果获胜，富贵自然不在话下；如果失败，必定没有一人能幸免。我们争夺的是生死，不只是为了国家，大家都要努力！”黎明时分，王世充率领军队逼近李密。李密出兵迎战，还没来得及摆好阵势，王世充就下令全军发起进攻。王世充的士兵都是江淮地区的剽悍勇士，进退如飞。王世充事先找到一个相貌酷似李密的人，将他捆绑起来藏好。战斗正激烈时，派人把他押到阵前，大喊道：“已经活捉李密了！”士兵们都欢呼万岁。埋伏的军队趁机发动进攻，从高处冲下，直奔李密的营地，放火焚烧营帐。李密的军队大败溃散，将领张童仁、陈智略都投降了王世充，李密率领一万余人逃往洛口。
王世充连夜围攻偃师；郑颋守卫偃师，他的部下打开城门迎接王世充。起初，王世充的家属在江都，跟随宇文化及到了滑台，又跟随王轨归附李密，李密将他们留在偃师，想用来招降王世充。偃师被攻破后，王世充找回了兄长王世伟、儿子王玄应、王虔恕、王琼等人，还抓获了李密的将领裴仁基、郑颋、祖君彦等数十人。王世充于是整顿军队前往洛口，抓获了邴元真的妻子儿女、郑虔象的母亲以及李密众将的子弟，都加以安抚，让他们暗中召唤自己的父兄。
起初，邴元真担任县吏时，因贪污受贿逃亡，投奔瓦冈的翟让；翟让因为他曾经做过官吏，便让他掌管文书。李密开设幕府后，精心挑选当时的贤才，翟让推荐邴元真担任长史；李密迫不得已任用了他，但行军谋划之事，却是从未让他参与。李密向西抵御王世充时，留下邴元真守卫洛口仓。邴元真生性贪婪卑鄙，宇文温对李密说：“不杀邴元真，他一定会成为您的祸患。”李密没有回应。邴元真得知后，暗中谋划背叛李密；杨庆听说了这件事，向李密告密，李密本来就怀疑邴元真。到这时，李密即将进入洛口城，邴元真已经派人暗中引来王世充的军队。李密知道后没有声张，反而与众人商议，等王世充的军队一半渡过洛水后，再发起进攻。王世充的军队抵达后，李密的侦察骑兵没有及时发现，等到准备出战时，王世充的军队已经全部渡过洛水。单雄信等人又率领军队自保；李密估计无法支撑，率领麾下轻骑兵逃往虎牢，邴元真于是献城投降。
起初，单雄信勇猛敏捷，擅长使用马槊，在各军中名声最盛，军中号称“飞将”。房彦藻认为单雄信轻易改换门庭，就劝说李密除掉他；李密爱惜他的才能，不忍心下手。李密失利后，单雄信率领部下投降了王世充。
李密想去黎阳投奔徐世积，有人说：“当初杀死翟让时，徐世积差点丧命，如今您失利后去投奔他，怎么能保证安全呢！”当时王伯当放弃金墉城退守河阳，李密从虎牢前往河阳投奔他，召集众将共同商议。李密想向南凭借黄河天险，向北坚守太行山，向东联合黎阳，以谋求进一步发展。众将都说：“如今军队刚遭失利，大家心怀恐惧，如果再停留下去，恐怕用不了多久就会全部叛逃。而且人心不愿，很难成功。”李密说：“我所依靠的就是众人，众人既然不愿意，我也就走投无路了。”想要自刎来向众人谢罪。王伯当抱住李密痛哭失声，众人也都悲伤哭泣，李密又说：“有幸各位不抛弃我，我们应当一同前往关中归附唐朝；我虽然没有功劳，但各位一定能保住富贵。”府掾柳燮说：“明公与唐公是同族，又有过去的交情；虽然没有参与起兵，但您牵制了东都的隋军，截断了隋朝的退路，让唐公不战而占据长安，这也是您的功劳。”众人都表示赞同。李密又对王伯当说：“将军的家属人口众多，怎么能再和我一起前行呢！”王伯当说：“当初萧何率领全部子弟跟随汉王，我遗憾不能让兄弟都来跟随您，怎么会因为您今天失利就轻易离开呢！即使战死沙场，我也心甘情愿！”身边的人无不感动，跟随李密进入关中的共有两万人。于是李密的将帅、管辖的州县大多投降了隋朝。朱粲也派遣使者投降隋朝，皇泰主任命朱粲为楚王。
甲寅日，秦州总管窦轨攻打薛仁果，失利；骠骑将军刘感镇守泾州，薛仁果围攻泾州。城中粮食耗尽，刘感杀死自己乘坐的战马，把肉分给将士们，自己却一点都没吃，只煮马骨取汁，混合木屑食用。城池多次濒临陷落，恰逢长平王李叔良率领军队抵达泾州，薛仁果于是扬言粮食耗尽，率领军队向南撤退；乙卯日，又派遣高墌人假装献城投降。李叔良派刘感率领军队前往高墌，己未日，抵达城下，刘感向城中呼喊：“贼军已经逃走，可以打开城门进城了。”刘感下令焚烧城门，城上的人却往下浇水灭火。刘感知道有诈，派步兵先返回，自己率领精锐部队断后。不久，城上点燃了三堆烽火，薛仁果的军队从南原大举杀来，双方在百里细川交战，唐军大败，刘感被薛仁果擒获。薛仁果再次围攻泾州，命令刘感向城中喊话：“援军已经战败，不如早点投降。”刘感答应了，到了城下，却大声呼喊：“逆贼饥饿不堪，很快就要灭亡了，秦王率领数十万大军，从四面赶来，城中的人不要担心，努力坚守！”薛仁果大怒，抓住刘感，在城旁把他埋到膝盖处，骑马射箭射杀他；刘感直到死去，声音和神色都更加壮烈。李叔良环城固守，仅能保全自身。刘感是刘丰生的孙子。
庚申日，陇州刺史陕县人常达在宜禄川攻打薛仁果，斩首一千多级。
高祖派遣侄子襄武公李琛、太常卿郑元璹带着女妓送给始毕可汗。壬戌日，始毕可汗再次派遣骨咄禄特勒前来唐朝。
癸亥日，白马道士傅仁均编成《戊寅历》，上奏朝廷，朝廷下令推行该历法。
薛仁果多次攻打常达，没能攻克，于是派部将仵士政率领数百人假装投降，常达对他们厚加安抚。乙丑日，仵士政趁机率领部下劫持了常达，裹挟城中两千人向薛仁果投降。常达见到薛仁果，言辞神色毫不屈服，薛仁果敬重他的气节而释放了他。盗贼首领张贵对常达说：“你认识我吗？”常达说：“你不过是个逃命的盗贼罢了！”张贵大怒，想要杀他，有人出面营救，常达才得以幸免。
辛未日，朝廷追谥隋太上皇杨广为炀帝。
宇文化及抵达魏县后，张恺等人谋划脱离他；事情败露，宇文化及杀了他们。心腹亲信渐渐散尽，兵力日益窘迫，宇文化及兄弟再也没有其他办法，只能聚在一起纵情宴饮，演奏女子歌舞。宇文化及喝醉后，埋怨智及说：“我当初根本不知道，是你出的主意，强行拥立我为领袖。如今一事无成，士兵马匹日渐离散，背负着弑君的罪名，被天下人所不容。现在要被灭族，难道不是因为你吗！”说着抱着自己的两个儿子哭泣。宇文智及大怒道：“事情成功的时候，你从不责怪我；现在快要失败了，却想把罪责推给我，你怎么不杀了我去向窦建德投降呢！”兄弟几人多次争吵打斗，说话不分长幼尊卑；酒醒后又继续饮酒，以此为常。部下大多逃亡，宇文化及自知必定失败，于是叹息道：“人生本来就会死，难道不能当一天皇帝吗！”于是毒死秦王杨浩，在魏县即皇帝位，国号为许，改元天寿，设置百官。
冬季，十月，壬申朔日，发生日食。
戊寅日，朝廷宴请突厥骨咄禄特勒，邀请他登上皇帝的宝座以示宠爱。
李密即将抵达长安，高祖派遣使者沿途迎接慰劳，使者络绎不绝。李密十分高兴，对部下说：“我拥有百万大军，一旦放下武器归附唐朝，崤山以东数百座城池，知道我在这里，都会派遣使者前来招降，也会全部归顺；比起窦融归附汉朝的功劳，我的功劳也不算小，难道还会不给我一个三公的职位吗！”己卯日，李密到达长安，有关部门的招待略显微薄，他的部下连续几天没吃到粮食，众人心中颇有怨气。不久，朝廷任命李密为光禄卿、上柱国，赐爵邢国公。李密既没达到预期的愿望，朝中大臣又大多轻视他，掌权者有的还来向他索要财物，李密心中十分不满；只有高祖对他亲近礼遇，常常称他为弟弟，还把舅舅的女儿独孤氏嫁给了他。
庚辰日，高祖下诏任命右翊卫大将军淮安王李神通为山东道安抚大使，山东各路军队都受他调度；任命黄门侍郎崔民干为副使。
邓州刺史吕子臧与抚慰使马元规攻打朱粲，将其击败。吕子臧对马元规说：“朱粲刚战败，上下人心惶惶，请求合力进攻他，一举就能将其消灭。如果再拖延，他的部下会逐渐聚集，兵力变强后又会因缺粮而拼死作战，到时候祸患就深了。”马元规没有听从。吕子臧请求独自率领本部军队进攻，马元规也不允许。不久，朱粲收集残余部众，兵力再次大振，在冠军县自称楚帝，改元昌达，进攻邓州。吕子臧捶胸顿足对马元规说：“老夫今天要因你而死了！”朱粲围攻南阳，恰逢连绵大雨导致城墙损坏，亲信劝吕子臧投降。吕子臧说：“哪有天子任命的一方诸侯向盗贼投降的道理！”率领部下冲向敌人，战死沙场。不久，南阳城陷落，马元规也战死了。
癸未日，王世充收编了李密的美女、珍宝以及十万多名将士，返回东都，将战利品陈列在皇宫阙下。乙酉日，皇泰主下令大赦天下。丙戌日，任命王世充为太尉、尚书令，总领内外诸军事，还允许他开设太尉府，设置属官，选拔优秀人才任职。王世充因为裴仁基父子骁勇善战，便对他们厚加礼遇。徐文远再次进入东都，见到王世充，必定先行跪拜之礼。有人问他：“你见李密时十分傲慢，却敬重王公，为什么呢？”徐文远说：“魏公李密是君子，能容纳贤才；王公王世充是小人，会杀害旧友，我怎么敢不跪拜！”
李密的总管李育德献出武陟县投降唐朝，朝廷任命他为陟州刺史（李育德是李谔的孙子）。其余将领刘德威、贾闰甫、高季辅等人，有的献出城池，有的率领部众，相继前来投降。
起初，北海盗贼首领綦公顺率领三万人攻打郡城，已经攻克外城，进而攻打内城；城中粮食耗尽，綦公顺自认为很快就能攻克，没有设防。明经科出身的刘兰成召集城中一百多名骁勇壮士袭击綦公顺，城中现有的士兵随后跟进，綦公顺大败，弃营逃走，郡城得以保全。于是郡中官员和豪门大族将城中百姓分为六军，各自统领，刘兰成也统领一军。有个姓宋的书佐，挑拨离间各军说：“刘兰成深得人心，必定会对各位不利，不如杀了他。”众人不忍心杀害他，只剥夺了他的兵权，交给宋书佐。刘兰成担心最终会遭遇祸患，逃投奔綦公顺。綦公顺的军中将士欢呼雀跃，想拥立他为主帅，刘兰成坚决推辞，于是被任命为长史，军中事务都听从他的安排。过了五十多天，刘兰成挑选军中一百五十名骁勇壮士，前去劫掠北海郡的物资。在距离郡城四十里的地方，留下十人，让他们多割柴草，分成一百多堆；在二十里的地方，又留下二十人，每人手持大旗；在五六里的地方，再留下三十人，埋伏在险要之处；刘兰成亲自率领十人，在夜里距离郡城一里左右的地方潜伏；其余八十人分别在方便的地方埋伏，约定听到鼓声就劫掠人畜迅速撤离，同时点燃柴草堆。第二天清晨，城中人远远望见没有烟尘，都出城砍柴放牧。接近中午时，刘兰成率领十人径直抵达城门，城上锣鼓乱敲；埋伏的士兵四处出击，劫掠了一千多头牲畜以及砍柴放牧的人后撤离。刘兰成估计劫掠的人已经走远，才慢慢返回。城中虽然出兵追击，但担心有埋伏，因此不敢急追；又看到前方有旌旗、烟火，于是不敢前进，返回城中。不久，城中人得知刘兰成先前率领的人数很少，后悔没有全力追击。过了一个多月，刘兰成谋划夺取郡城，又派二十人径直抵达城门。城中人争相出城追击，走了不到十里，綦公顺率领大军突然赶到。郡兵急忙奔回城中，綦公顺进军围攻郡城，刘兰成一句话招降劝谕，城中人争相出城投降。刘兰成安抚老人和孩子，礼遇郡中官员，见到宋书佐，也像过去一样礼遇他，还资助他送他出境，城中内外安定有序。
当时海陵盗贼首领臧君相听说綦公顺占据北海，便率领五万人前来争夺；綦公顺兵力较少，听到消息后十分害怕。刘兰成为綦公顺谋划说：“臧君相现在距离这里还很远，必定没有防备，请将军日夜兼程袭击他的营地。”綦公顺听从了他的建议，亲自率领五千名骁勇壮士，携带熟食，日夜兼程前去袭击。快要抵达时，刘兰成与二十名敢死队员先行，在距离臧君相营地五十里的地方，看到臧君相的劫掠队伍背着财物返回营地，刘兰成也和部下背着蔬菜、粮食、炊具，假装是劫掠队伍，选择空隙行进，暗中观察，得知了他们的暗号以及主将的姓名；到了傍晚，与盗贼并肩进入营地，背着财物在营地中巡查，摸清了营地的虚实和换岗的暗号。于是在空地上点燃火把做饭，到了三更时分，突然在主将的营帐前拔刀乱砍，杀死一百多人，盗贼们惊慌失措；綦公顺的大军也赶到了，猛烈进攻，臧君相仅以身免，被俘虏和斩杀的有几千人，綦公顺收缴了他的物资、粮食、铠甲和兵器后返回。从此，綦公顺的部众大增。等到李密占据洛口，綦公顺率领部众归附他，李密战败后，綦公顺也前来投降唐朝。
隋朝末年，盗贼四起，冠军县司兵李袭誉劝说西京留守阴世师派兵占据永丰仓，发放粮食赈济贫苦百姓，拿出府库中的物资赏赐战士，向各郡县发布檄文，同心讨伐盗贼；阴世师没有采纳。于是李袭誉请求到山南地区招募士兵，阴世师同意了。高祖攻克长安后，从汉中召回李袭誉，任命他为太府少卿；乙未日，将李袭誉的户籍录入宗正寺（纳入皇室宗族）。李袭誉是李袭志的弟弟。
丙申日，朱粲侵犯淅州，朝廷派遣太常卿郑元璹率领一万步兵和骑兵攻打他。
这个月，纳言窦抗被罢免，改任左武候大将军。
十一月，乙巳日，凉王李轨即皇帝位，改元安乐。戊申日，王轨献出滑州投降唐朝。
薛仁果做太子时，与各位将领大多有矛盾；即位后，众人心中猜疑恐惧。郝瑗因为哭悼薛举而生病，一病不起，因此国家势力逐渐衰弱。秦王李世民抵达高墌，薛仁果派宗罗睺率领军队抵御；宗罗睺多次挑战，李世民坚守营垒不出战。各位将领都请求出战，李世民说：“我军刚战败，士气低落，盗贼凭借胜利而骄傲，有轻视我们的心理，应当关闭营垒等待时机。等他们骄傲自满、我们士气振奋时，就能一战攻克他们。”于是下令军中：“敢说出战的人斩首！”双方相持六十多天，薛仁果的粮食耗尽，部将梁胡郎等人率领部下前来投降。李世民知道薛仁果的将士离心离德，命令行军总管梁实在浅水原扎营引诱敌人。宗罗睺大喜，率领全部精锐进攻梁实，梁实据守险要地势不出战；营中没有水源，人马几天没有饮水。宗罗睺进攻得十分猛烈；李世民估计敌人已经疲惫，就对各位将领说：“可以出战了！”黎明时分，派右武候大将军庞玉在浅水原列阵。宗罗睺集中兵力进攻庞玉，庞玉奋力作战，几乎不能支撑，李世民率领大军从浅水原北边突然出击，宗罗睺率领军队返回迎战。李世民率领几十名骁勇骑兵率先冲入敌阵，唐军内外夹击，呼声震动大地。宗罗睺的士兵大败溃散，被斩首几千级。李世民率领两千多名骑兵追击，窦轨拉住马缰绳苦苦劝谏说：“薛仁果还占据着坚固的城池，虽然打败了宗罗睺，也不能轻易进军，请暂且按兵不动观察局势。”李世民说：“我已经考虑很久了，现在是破竹之势，不能丧失良机，舅舅不必再说！”于是继续进军。薛仁果在城下列阵，李世民占据泾水对阵，薛仁果的骁将浑干等人临阵前来投降。薛仁果害怕，率领军队入城坚守。接近傍晚时，唐朝大军相继抵达，于是包围了城池。半夜，守城的士兵争相跳下城墙投降。薛仁果无计可施，己酉日，出城投降；李世民俘获他的精锐士兵一万多人，男女百姓五万人。
各位将领都前来祝贺，趁机问道：“大王一战取胜，立刻舍弃步兵，又没有攻城器械，率领轻骑兵径直抵达城下，众人都认为不能攻克，最终却夺取了城池，为什么呢？”李世民说：“宗罗睺率领的都是陇山以西的人，将领骁勇，士兵强悍；我特意出其不意打败他们，斩杀俘获的人并不多。如果延缓进攻，他们都会退回城中，薛仁果安抚任用他们，就不容易攻克了；迅速追击，他们就会溃散逃回陇山以西。折墌城兵力虚弱，薛仁果吓破了胆，来不及谋划，这就是我能攻克的原因。”众人都心悦诚服。李世民对待投降的士兵，全部让薛仁果的兄弟以及宗罗睺、翟长孙等人统领，还和他们一起打猎，毫无猜忌。盗贼们畏惧李世民的威严，感激他的恩德，都愿意拼死效力。李世民听说褚亮的名声，派人寻访，找到了他，对他礼遇甚厚，任命他为王府文学。
高祖派遣使者对李世民说：“薛举父子杀害了我很多士兵，一定要将他们的党羽全部诛杀，来告慰死去的冤魂。”李密劝谏说：“薛举虐待杀害无辜之人，这是他灭亡的原因，陛下何必怨恨呢？对于愿意归顺的百姓，不能不加以安抚。”于是高祖下令处死主要谋划者，其余的人都赦免了。
高祖派李密前往豳州迎接秦王李世民，李密自恃有智略和功名，见到高祖时还有傲慢的神色；等到见到李世民，不由得惊叹佩服，私下对殷开山说：“这才是真正的英主啊！不是这样的人，怎么能平定祸乱呢！”
朝廷下诏任命员外散骑常侍姜謩为秦州刺史，姜謩用恩德和信义安抚百姓，盗贼全部归降，士民安居乐业。
徐世积占据着李密原来的地盘，还没有归属任何势力。魏征跟随李密到了长安，于是主动请求前去安抚崤山以东地区，高祖任命他为秘书丞，乘坐驿车前往黎阳，写信给徐世积，劝他早日投降。徐世积于是决定向西归附唐朝，对长史阳翟人郭孝恪说：“这些百姓和土地，都是魏公李密的；我如果上表献给唐朝，就是利用主人的失败，自己邀功求富贵，我实在以此为耻。现在应当登记郡县的户口、士兵和马匹数量，报告给魏公，让他自己献上。”于是派遣郭孝恪前往长安，又运送粮食供给淮安王李神通。高祖听说徐世积的使者到了，却没有上表，只有给李密的报告，十分奇怪。郭孝恪详细说明了徐世积的用意，高祖于是感叹道：“徐世积不背弃恩德，不邀功请赏，真是忠臣啊！”赐他姓李。任命郭孝恪为宋州刺史，让他和李世积一起经营虎牢以东地区，所攻克的州县，委托他们选拔官员补充空缺。
癸丑日，独孤怀恩在蒲坂攻打尧君素。行军总管赵慈景娶了高祖的女儿桂阳公主，被尧君素擒获，在城外斩首示众，以表明没有投降的意思。
癸亥日，秦王李世民回到长安，在闹市斩杀薛仁果，高祖赏赐常达三百段丝帛。追赠刘感为平原郡公，谥号忠壮。在殿庭打死仵士政。因为张贵特别淫乱残暴，便将他腰斩。高祖宴请慰劳将士，趁机对群臣说：“各位共同辅佐拥戴我成就帝业，如果天下太平，可以一起保住富贵。要是王世充得志，各位难道还能有后代存活吗！像薛仁果君臣这样的下场，难道不应该作为前车之鉴吗！”己巳日，任命刘文静为户部尚书，兼任陕东道行台左仆射，恢复殷开山的爵位。
李密长期骄贵，又自恃归附唐朝的功劳，朝廷对他的待遇不符合他的期望，因此郁郁不乐。曾经在大型朝会时，李密担任光禄卿，负责进献食物，他深感羞耻；退朝后，把这件事告诉了左武卫大将军王伯当。王伯当心里也不满意，于是对李密说：“天下大事都在您的掌握之中。现在东海公李世积在黎阳，襄阳公在罗口，黄河以南的兵马，屈指可数，怎么能长久这样下去呢！”李密大喜，于是向高祖献策说：“我空受荣耀宠爱，在京城安坐，没有丝毫报效之功；崤山以东的民众都是我过去的部下，请允许我前去收拢安抚他们。凭借国家的威势，攻取王世充就像拾取地上的草芥一样容易！”高祖听说李密过去的将士大多不依附王世充，也想派李密前去收服他们。群臣大多劝谏说：“李密狡猾多变，喜欢反叛，现在派他去，就像把鱼投入泉水，把老虎放回山中，一定不会回来了！”高祖说：“帝王自有天命，不是这小子能夺取的。即使他叛逃，也像用蒿草做的箭射蒿草罢了！现在让这两个叛贼互相争斗，我可以坐收渔翁之利。”辛未日，派遣李密前往崤山以东，收服还没有归附的残余部众。李密请求和贾闰甫一起前行，高祖同意了，让李密和贾闰甫一同登上御榻，赏赐食物，递过酒杯说：“我们三人同饮这杯酒，以表明同心同德；希望你们好好建立功名，不辜负我的期望。大丈夫一言既出，驷马难追。有人坚决反对弟弟前去，我对弟弟推心置腹，不是别人能离间的。”李密、贾闰甫拜了两拜接受任命。高祖又任命王伯当为李密的副手，一同派遣前往。
有五只大鸟聚集在乐寿，数万只鸟跟随它们，过了一天才离开。窦建德认为这是自己的祥瑞，改元五凤。宗城有人得到玄圭献给窦建德，宋正本和景城丞会稽人孔德绍都说：“这是上天赐给大禹的宝物，请改国号为夏。”窦建德听从了他们的建议，任命宋正本为纳言，孔德绍为内史侍郎。
起初，王须拔劫掠幽州时，中流箭而死，他的部将魏刀儿接替统领部众，占据深泽，在冀州、定州之间劫掠，部众达到十万人，自称魏帝。窦建德假装和他联合，魏刀儿放松了防备，窦建德趁机袭击打败了他，于是包围深泽；魏刀儿的部下抓住他投降，窦建德将他斩首，吞并了他的全部部众。
易州、定州等州都投降了窦建德，只有冀州刺史麹棱拒不投降。麹棱的女婿崔履行，是崔暹的孙子，自称有奇术，可以让进攻的人自行失败，麹棱相信了他。崔履行命令守城的人都坐下，不得擅自战斗，说：“贼军即使登上城墙，你们也不要害怕，我会让贼军自行捆绑。”于是搭建祭坛，在夜里举行道教仪式祈祷，然后自己穿上丧服，拄着竹竿登上北楼痛哭；又让妇女登上屋顶，向四面挥动裙子。窦建德进攻得十分猛烈，麹棱准备出战，崔履行坚决阻止了他。不久，城池陷落，崔履行还在痛哭不止。窦建德见到麹棱，说：“你是忠臣啊！”于是对他厚加礼遇，任命他为内史令。
十二月，壬申日，高祖下诏任命秦王李世民为太尉、使持节、陕东道大行台，蒲州、黄河以北各府的兵马都受他调度。
癸酉日，西突厥曷娑那可汗从宇文化及那里前来投降。
隋朝将领尧君素坚守河东，高祖先后派遣吕绍宗、韦义节、独孤怀恩攻打他，都没有攻克。当时城外包围紧急，尧君素制作了一只木鹅，在鹅颈上放置奏表，详细论述当前局势，将木鹅漂浮在黄河上；河阳的守将得到木鹅，把奏表送到东都。皇泰主见到后叹息不已，任命尧君素为金紫光禄大夫。宠玉、皇甫无逸从东都前来投降，高祖把他们都派到河东城下，向尧君素陈述利害关系，尧君素不听从。高祖又赐给他金券，许诺免他一死。他的妻子也到了城下，对他说：“隋朝已经灭亡，你何必自寻苦恼！”尧君素说：“天下的忠义名分，不是妇人能懂的！”随后拉弓射箭，他的妻子中箭倒地。尧君素也自知大势已去，但立志坚守至死，每次谈到国家，没有不叹息流泪的。他对将士们说：“我过去在藩王府侍奉主上，从大义上讲不能不死。如果隋朝的国运真的终结，天命有所归属，我自然会断头交给各位，任凭你们夺取富贵。现在城池十分坚固，仓库储备充足，大事还不可知，不能萌生二心！”尧君素性情严明，善于统领部众，部下没有人敢反叛。时间一长，仓库里的粮食吃完了，出现人吃人的情况；又抓获了外面的人，隐约得知江都已经陷落。丙子日，尧君素身边的薛宗、李楚客杀死他投降，将他的首级传送到长安。尧君素派遣朝散大夫解县人王行本率领七百精兵驻守在其他地方，王行本听说尧君素被杀，急忙赶来救援，但已经来不及了，于是捕杀了薛宗、李楚客的党羽数百人，将他们全部斩首，重新登城坚守。独孤怀恩率领军队包围了他。
丁酉日，隋朝襄平太守邓暠献出柳城、北平二郡前来投降；高祖任命邓暠为营州总管。
辛巳日，太常卿郑元璹在商州攻打朱粲，将其击败。
起初，宇文化及派遣使者招降罗艺，罗艺说：“我是隋朝的臣子！”于是斩杀了使者，并为隋炀帝举行丧礼，守丧三天。窦建德、高开道各自派遣使者招降他，罗艺说：“建德、开道都是强悍的盗贼。我听说唐公已经平定关中，人心所向都归附他。这才是我真正的君主，我将归附他，敢阻挠议论的人，斩首！”恰逢张道源安抚崤山以东地区，罗艺于是上表归附，与渔阳、上谷等郡一起前来投降。癸未日，高祖下诏任命罗艺为幽州总管。薛万均是薛世雄的儿子，和弟弟薛万彻都因勇猛有谋略而受到罗艺的亲近优待，高祖下诏任命薛万均为上柱国、永安郡公，薛万彻为车骑将军、武安县公。
窦建德攻克冀州后，军威更加旺盛，率领十万人马侵犯幽州。罗艺准备迎战，薛万均说：“敌众我寡，出战必定失败。不如派瘦弱的士兵背城靠水列阵，他们必定会渡水进攻我们。请允许我率领一百名精锐骑兵埋伏在城旁，等他们一半人渡过河时发起攻击，没有不胜的道理。”罗艺听从了他的建议。窦建德果然率领军队渡水，薛万均截击，大败窦建德。窦建德最终没能抵达幽州城下，于是分兵劫掠霍堡及雍奴等县；罗艺再次截击，打败了他。双方相持一百多天，窦建德不能攻克幽州，于是返回乐寿。
罗艺得到隋朝通直谒者温彦博，任命他为司马。罗艺献出幽州归附唐朝，温彦博促成了这件事；高祖下诏任命温彦博为幽州总管府长史，不久，征召他为中书侍郎。他的哥哥温大雅，当时担任黄门侍郎，兄弟二人同在皇帝身边担任亲近机密的官职，当时的人都为他们感到荣耀。
高祖任命西突厥曷娑那可汗为归义王。曷娑那可汗献上大珍珠，高祖说：“珍珠确实是至宝；但我珍视的是大王的赤心，珍珠没有用处。”最终把珍珠还给了他。
乙酉日，高祖前往周氏陂，经过过去的别墅。
起初，羌族豪强旁企地率领部众归附薛举，薛仁果战败后，旁企地前来投降，留在长安，他心中不快，率领数千部众反叛，进入南山，从汉川出兵，所到之处烧杀抢掠。武候大将军庞玉攻打他，被旁企地打败。旁企地行进到始州，劫掠了女子王氏，和她一起醉卧在野外；王氏拔出他的佩刀，砍下他的首级送到梁州，他的部众于是溃散。高祖下诏赐王氏“崇义夫人”的称号。
壬辰日，王世充率领三万人包围谷州，刺史任瑰击退了他。
高祖让李密分出麾下一半人马留在华州，率领另一半人马出关。长史张宝德参与同行，担心李密逃亡，自己会被牵连治罪；于是密封上奏，说李密必定会反叛。高祖的心意于是中途改变，又担心李密受惊叛乱，于是降下敕书慰劳，让李密留下部众慢慢前行，自己单人匹马入朝，重新接受调度。
李密到达稠桑，收到敕书，对贾闰甫说：“敕书让我出关，又无故召我返回，天子之前说‘有人坚决反对’，这是谗言起作用了。我现在如果返回，必定没有活路，不如攻破桃林县，收缴那里的士兵和粮食，向北渡过黄河。等消息传到熊州，我已经走远了。如果能到达黎阳，大事必定能成功。你意下如何？”贾闰甫说：“主上对待明公十分优厚；况且国家的名号，早已记载在图谶上，天下最终会统一。明公已经归顺，又产生异心，任瑰、史万宝占据熊州、谷州，这件事早上发动，他们的军队晚上就会赶到，即使攻克桃林，也来不及集结兵力，一旦被称为叛逆，谁还会容纳我们！为明公打算，不如暂且接受朝命，以表明没有异心，自然谗言不会起作用；如果还想前往崤山以东，再慢慢寻找合适的时机也不迟。”李密大怒说：“唐朝让我和绛侯周勃、灌婴这样的人同列，我怎么能忍受！而且图谶的应验，你我都清楚。现在不杀我，让我东行，足以表明王者不死；即使唐朝平定了关中，崤山以东最终还是我的。上天赐予的机会不夺取，反而要束手就擒！你是我的心腹，怎么会这样想！如果不同心，我就先斩了你再出发！”贾闰甫哭着说：“明公虽然说应验图谶，但近来观察天道人事，已经渐渐违背。现在天下分崩离析，人人都想割据一方，强者称雄；明公刚刚逃亡归附，谁会听从你呢！而且自从翟让被杀之后，人们都说明公忘恩负义，现在谁还愿意把自己的军队拱手交给明公呢！他们必定会担心被明公夺取兵权，反而会抵抗，一旦失势，哪里还有容身之地呢！如果不是蒙受明公深厚的恩德，我怎么敢直言不讳呢！希望明公仔细考虑，只怕大福不会再来。如果明公能找到安身之处，我贾闰甫就算死也心甘情愿！”李密大怒，拔刀想要杀他；王伯当等人坚决劝阻，才放过他。贾闰甫逃奔熊州。王伯当也劝阻李密，认为不能反叛，李密不听。王伯当于是说：“义士的志向，不会因为生死而改变。明公如果一定要这样做，我王伯当愿意和明公同死，但恐怕最终也没有益处。”
李密于是扣押使者，将他斩首。庚子日清晨，李密欺骗桃林县官说：“奉诏暂时返回京师，家人请求寄居在县衙。”于是挑选几十名骁勇壮士，穿上妇人的衣服，戴上面纱，把刀藏在裙子下面，假装是他的妻妾，自己率领她们进入县衙。不久，众人换好衣服突然冲出，占据了县城。驱赶劫掠当地百姓，径直奔向南山，凭借险要地势向东行进，派人骑马告诉过去的部将伊州刺史襄城人张善相，让他出兵接应。
右翊卫将军史万宝镇守熊州，对行军总管盛彦师说：“李密是勇猛的盗贼，又有王伯当辅佐，现在下定决心反叛，恐怕难以抵挡。”盛彦师笑着说：“请允许我率领数千人截击他，必定砍下他的首级。”史万宝说：“你用什么计策能做到？”盛彦师说：“兵法崇尚诡诈，不能告诉你。”立即率领部众越过熊耳山南麓，占据要道，命令弓弩手在道路两侧登高埋伏，刀盾手埋伏在溪谷中，下令说：“等贼军一半人渡过溪谷，同时发起攻击。”有人问：“听说李密想要前往洛州，而你却进入山中，为什么呢？”盛彦师说：“李密声称前往洛州，实际上是想出其不意，逃往襄城，投靠张善相。如果贼军进入谷口，我从后面追击，山路狭窄险要，无法施展兵力，只要有一个人殿后，就难以制服他们。现在我先进入谷中，必定能擒获他们。”
李密渡过陕州后，认为剩下的路程没有什么可担心的，于是率领部众缓慢前行，果然越过南山向东进发。盛彦师发起攻击，李密的部众首尾被切断，无法相互救援。于是斩杀李密和王伯当，将他们的首级都传送到长安。盛彦师因功被赐爵葛国公，仍然兼任熊州总管。
李世积在黎阳，高祖派遣使者把李密的首级展示给他，告知他李密反叛的情况。李世积朝北跪拜痛哭，上表请求收葬李密；高祖下诏归还李密的尸体。李世积为他举行丧礼，完备君臣之礼。大规模准备仪仗护卫，全军穿白色丧服，将李密埋葬在黎阳山南麓。李密向来深得士兵之心，痛哭的人很多都吐了血。
隋朝右武卫大将军李景镇守北平，高开道包围他，一年多都不能攻克。辽西太守邓暠率领军队救援，李景率领部众迁到柳城；后来准备返回幽州，在途中被盗贼杀死。高开道于是夺取北平，进而攻陷渔阳郡，拥有数千匹马，部众将近一万人，自称燕王，改元始兴，定都渔阳。
怀戎县的僧人高昙晟趁着县令设斋供佛，士民大规模聚集的机会，与五千名僧人裹挟参加斋会的民众反叛，杀死县令和镇将，自称大乘皇帝，立尼姑静宣为邪输皇后，改元法轮。派遣使者招降高开道，立他为齐王。高开道率领五千人归附他，过了几个月，袭击杀死高昙晟，吞并了他的全部部众。
有人犯了法但不至于判处死刑，高祖特意下令将他杀死。监察御史李素立劝谏说：“法律是帝王和天下人共同遵守的准则；法律一旦动摇，人们就会手足无措。陛下刚刚开创大业，怎么能抛弃法律呢！我愧任司法官员，不敢接受诏令。”高祖听从了他的建议。从此李素立特别受到恩宠待遇，高祖命令有关部门授予他七品清要官职；有关部门拟定为雍州司户，高祖说：“这个官职重要但不清廉。”又拟定为秘书郎，高祖说：“这个官职清廉但不重要。”于是提拔任命他为侍御史。李素立是李义深的曾孙。
高祖任命舞胡安叱奴为散骑侍郎。礼部尚书李纲劝谏说：“古代的乐工不能与士人并列，即使像师旷、师襄这样贤能的人，也终身世袭不改换职业。只有北齐末年封曹妙达为王，安马驹为开府，拥有国家的人都以此为前车之鉴。现在天下刚刚平定，起义的功臣还没有全部封赏，有高才硕学的人还滞留在民间；却先提拔舞胡为五品官，让他佩戴玉饰、拖着绶带，在朝廷上行走，这不是为后代树立榜样的做法。”高祖不听从，说：“我已经授予他官职，不能追回了。”
陈岳评论说：接受天命的君主，发号施令，要为子孙后代树立榜样；一旦不合情理，就会成为祸端。现在高祖说“已经授予他官职，不能追回”，如果授予官职是正确的，那也就罢了；如果授予官职是错误的，为什么不能追回呢！统治百姓的道理，不能不把“已经授予”作为告诫啊！
李轨的吏部尚书梁硕，有智慧谋略，李轨常常依靠他作为主要谋士。梁硕见各部胡人势力日益强盛，暗中劝说李轨应当加以防备监察，因此与户部尚书安修仁产生矛盾。李轨的儿子李仲琰曾经拜访梁硕，梁硕没有礼遇他，于是李仲琰和安修仁一起向李轨诬陷梁硕，诬告他谋反，李轨用毒酒毒死梁硕，将他杀死。有位胡巫对李轨说：“上天将会派遣玉女从天而降。”李轨相信了，征发百姓修筑高台等待玉女，耗费了大量人力物力。黄河以西地区发生饥荒，出现人吃人的情况，李轨拿出全部家财赈济灾民；仍然不够，想要打开粮仓发放粮食，召集群臣商议。曹珍等人都说：“国家以百姓为本，怎么能爱惜粮仓的粮食而坐视百姓饿死呢！”谢统师等人都是原来的隋朝官员，心中始终不服，暗中与各部胡人结党，排挤李轨的旧部，于是辱骂曹珍说：“挨饿的百姓本来就是瘦弱之人，勇猛强壮的士兵最终不会这样。国家的粮仓粮食是用来防备意外的，怎么能散发给瘦弱之人呢！仆射如果想取悦百姓，不为国家着想，就不是忠臣。”李轨认为谢统师说得对，从此士人百姓离心怨恨。