指挥室里，屏幕上的画面让所有人倒吸一口凉气：外太空的卫星轨道上，第十五使徒“阿拉尔（Arael）”正缓缓盘旋。它形似展开翅膀的飞鸟，通体由晶莹的光羽与环形光环构成，核心是一个巨大的透明球体，电流般的纹路在球体表面游走，透着一种诡异的神圣感。
“三台EVA全员出击！”葛城美里敲下指令，声音紧绷，“零号机装备阳电子炮，优先锁定使徒核心！”
地面上，初号机、二号机、零号机呈三角阵型屹立，雨水打在装甲上溅起水花。
绫波丽操控零号机扛起阳电子炮，炮口对准天穹，淡蓝色的能量在炮口汇聚。
“发射！”
随着指令，光束划破雨幕，直逼鸟天使。可使徒凭借惊人的机动力，如同鬼魅般侧身躲开，光束擦着光羽掠过，只在太空留下一道短暂的能量轨迹。
“反击来了！”葛城美里的话音刚落，鸟天使周身的光羽突然亮起刺眼的白光，一道光柱穿透云层，精准地笼罩住二号机。
碇真嗣瞳孔骤缩，立刻操控初号机展开金色At立场，挡在二号机身前——可光柱竟直接穿透立场，毫无阻碍地落在二号机身上。
“调查光柱的作用！让明日香立刻回避！”葛城美里嘶吼着下令，可通讯器里只有一片嘈杂的电流声，紧接着，明日香的哀嚎突然传来：“我听到了哈利路亚……圣歌……别过来！”
此刻的明日香，正被光柱强行侵入意识。耳边不断回响着圣洁的圣歌，眼前闪过无数碎片——母亲的笑容、驾驶舱的黑暗、战败的屈辱……鸟天使正像贪婪的触手，疯狂窥探她的内心，挖掘她最脆弱的记忆。
“滚出去！不要看我的内心！”明日香抱着头在驾驶舱里挣扎，泪水混合着汗水滑落，可意识却在一点点被吞噬。
碇真嗣紧握着操纵杆，明日香的哀嚎像刀子一样扎着他的心，但他强迫自己冷静下来，深吸一口气，将所有注意力集中在初号机上。金色的At立场在初号机右臂凝聚，逐渐形成晶状体，随着手臂回转，晶状体高速旋转——这是他模仿雷天使的攻击模式，将立场压缩到极致的全力一击！
“嗡——”
光束穿透厚重的云层，带着撕裂空气的锐响，直扑卫星轨道上的鸟天使。使徒仓促间展开光羽防御，光束击穿数片光羽，却还是被它惊险避开，没能命中核心。
通讯器里，明日香的挣扎声越来越微弱，像被潮水吞没的残响。光柱笼罩下的二号机，装甲表面的电流纹路愈发密集，而驾驶舱内的明日香，意识正被鸟天使的力量撕成碎片，一幕幕破碎的记忆在她脑海里炸开，如同失控的蒙太奇——
第一个画面，是童年卧室的木门。她推开门，看到母亲吊在房梁上，脚尖离地面还有一段距离，而母亲手边的椅子上，放着一个和她一模一样的人偶，衣襟上还别着她最喜欢的蝴蝶结。母亲自杀前的最后几天，总是抱着那个人偶说话，叫它“明日香”，却连正眼都不看她一眼。
第二个画面，是养母递来牛奶的手。养母的笑容很温柔，可明日香总觉得那温柔像一层薄薄的糖纸，一戳就破。她知道自己是试管婴儿，没有父亲，连母亲都是“借”来的，她像个多余的物件，只能靠“驾驶EVA”证明自己不是废物。
第三个画面，是绫波丽站在EVA格纳库前的背影。那个总是面无表情的女孩，像极了母亲房间里的人偶——没有情绪，没有自我，却能轻易得到碇真嗣的关心，得到NERV的重视。
“我讨厌人偶！我讨厌你！”明日香在意识里嘶吼，可声音却传不出去，只有无边的黑暗和圣歌在缠绕。
“她撑不住了！”葛城美里的拳头砸在控制台，屏幕上明日香的生命体征开始紊乱。就在这时，碇源堂的声音从广播里传来，冰冷得没有一丝温度：“启动备用方案，让零号机前往中央教条区，取出朗基努斯之枪。”
御神言站在指挥室角落，看着屏幕上的鸟天使，眼底闪过一丝了然：果然和《死海文书》的预言一样，这头使徒盘踞在太空，常规武器根本无法触及它的核心，唯有那把钉在莉莉丝身上的朗基努斯之枪，才能穿透天际，终结它的存在。
地面上，零号机突然脱离战场，快步冲向NERV总部的升降平台。平台载着零号机极速坠落，穿过层层防御门，最终停在中央教条区——昏暗的空间里，莉莉丝的巨型躯体被钉在十字架上，银色的朗基努斯之枪斜插在她的胸口，枪身泛着冷冽的光泽。
零号机伸出手臂，握住枪柄，猛地将枪拔出，莉莉丝的躯体微微震颤，暗红色的液体顺着枪孔滴落。
而此刻的碇真嗣，还在拼命尝试攻击。初号机的At立场一次次凝聚，又一次次被鸟天使的光柱穿透，他看着屏幕上明日香逐渐失去光彩的脸，心脏像被攥紧，却只能一遍遍地调整攻击角度，不肯放弃。
零号机带着朗基努斯之枪重返战场，绫波丽操控机体举起长枪，枪尖对准太空的鸟天使。可就在这时，鸟天使突然察觉到危险，照射的光柱骤然扩散，将零号机也笼罩其中。
绫波丽的意识瞬间坠入深渊。无数个“自己”在她眼前浮现——培养皿里泡着的、穿着不同作战服的、甚至是孩童模样的绫波丽，像流水线上的产品，一模一样。
紧接着，画面切换到赤木直子的实验室，孩童模样的第一任绫波丽，正仰着头对赤木直子说：“碇司令讨厌你，你只是他的弃子，现在没用了。”
赤木直子的脸瞬间扭曲，她冲上去掐住第一任绫波丽的脖子，直到那小小的身体不再动弹。随后，赤木直子爬上实验室的窗台，纵身跳下——那坠落的身影，像一片凋零的叶子。
“我只是消耗品，多余的情感不应该产生……”绫波丽的声音在驾驶舱里响起，空洞得没有一丝起伏。自己只是无数个复制品中的一个，没有人期待她的存在，也没有人会为她的消失难过。零号机的动作骤然停下，朗基努斯之枪悬在半空，不再移动。
“绫波！”碇真嗣大喊，想要操控初号机冲过去夺过长枪。可下一秒，光柱也笼罩了初号机，他的意识瞬间被拽进记忆的漩涡。
他看到母亲碇唯穿着白色实验服，站在EVA的核心舱前，脸上带着温柔的笑容。随后，实验舱的警报响起，红色的警示灯闪烁，母亲的身影逐渐被光芒吞噬。他听到碇源堂的声音：“唯，这是为了人类补完计划。”他终于明白，自己一直驾驶的初号机，核心里装着的是母亲的灵魂，而这台机器，正是杀死母亲的“罪魁祸首”。
“妈妈……”碇真嗣的手指松开了操纵杆，初号机的动作也停了下来。雨还在下，光柱笼罩着三台EVA，天穹上的鸟天使依旧盘旋，而地面上的三个少年少女，都被困在了各自的心之深渊里，无法挣脱。