显宗孝明皇帝上永平三年（公元60年 庚申年）
春天，二月甲寅日，太尉赵熹、司徒李欣被免职。
丙辰日，任命左冯翊郭丹为司徒。
己未日，任命南阳太守虞延为太尉。
甲子日，册立贵人马氏为皇后，皇子刘炟为太子。马皇后是马援的女儿，光武帝时期，被选入太子宫，她能够侍奉阴皇后，与其他妃嫔友好相处，礼仪周全，上下都对她很满意，因此备受宠爱；等到明帝即位，她成为贵人。当时马皇后前母姐姐的女儿贾氏也被选入宫，生下皇子刘炟。明帝因为马皇后没有孩子，就命她抚养刘炟，并对她说：“人不一定要自己生孩子，就怕关爱养育不够尽心！”马皇后于是尽心尽力地抚育刘炟，操劳疲惫超过了亲生母亲。太子刘炟也生性孝顺淳厚，母子之间慈爱有加，自始至终没有一点嫌隙。马皇后常常因为皇嗣不够多，积极推荐身边的妃嫔，好像生怕做得不够。后宫中有被皇帝召见的妃嫔，她每次都加以安慰接纳；要是有多次受到皇帝宠爱和召见的，她就给予更高的待遇。等到有关部门上奏要册立皇后，明帝还没表态，皇太后就说：“马贵人品德在后宫中最为出众，就是她了。”马皇后成为皇后之后，更加谦逊庄重，喜欢读书。她常常穿着粗帛衣服，裙子也不加边缘装饰；每月初一、十五众妃嫔和公主朝见的时候，远远看见皇后的袍衣粗糙，以为是绮罗绸缎，走近一看，都笑了。皇后说：“这种丝绸特别适合染色，所以就用它了。”群臣上奏的事情中有难以决断的，明帝多次拿这些事来考验皇后，皇后总能分析得条理清晰，把事情的情况都弄清楚，但她从来没有因为私事去干预朝政。明帝因此对她又宠爱又敬重，感情始终没有衰减。
明帝思念东汉中兴的功臣，就在南宫云台画上二十八位将领的画像，以邓禹为首，接下来依次是马成、吴汉、王梁、贾复、陈俊、耿弇、杜茂、寇恂、傅俊、岑彭、坚镡、冯异、王霸、朱祜、任光、祭遵、李忠、景丹、万修、盖延、邳肜、铫期、刘植、耿纯、臧宫、马武、刘隆，又加上王常、李通、窦融、卓茂，一共三十二人。马援因为是皇后的亲属，唯独没有被列入。
夏天，四月辛酉日，封皇子刘建为千乘王，刘羡为广平王。
六月丁卯日，有彗星出现在天船星以北。
明帝大规模修建北宫。当时正赶上大旱，尚书仆射会稽人钟离意来到宫阙，摘下帽子，上奏疏说：“从前成汤遇到旱灾，用六件事来责备自己，他说：‘是政治不节制吗？是让百姓受苦了吗？是宫室太奢华了吗？是妇人干政太厉害了吗？是贿赂之风盛行吗？是谗佞小人得势了吗？’我看到现在大规模修建北宫，耽误了百姓的农时；自古以来，百姓不觉得宫室狭小是苦事，只担心生活不安宁，陛下应该暂且停止修建，以顺应天意。”明帝下策诏回复说：“成汤所列举的六件事，过错在他一人，你戴上帽子、穿上鞋，不必请罪！”又命令大匠停止修建其他宫殿，减少不急需的工程。还下诏向公卿百官表示感谢，随后就迎来了及时雨。钟离意推荐全椒县长刘平，明帝下诏征召刘平并任命他为议郎。刘平在全椒任职时，施政很有恩惠，百姓有的主动增加财产来缴纳赋税，有的减少自己的年龄来服劳役。刺史、太守巡视辖区时，发现监狱里没有囚犯，百姓都觉得自己生活得很安稳，刺史、太守都不知道问什么，只能颁布诏书后就离开了。明帝性格狭隘苛察，喜欢靠自己听到和看到的隐秘之事来显示自己的明察，公卿大臣多次遭到他的批评指责，身边的近臣尚书以下的官员甚至被他拉扯。明帝曾经因为一件事对郎官药崧发怒，用手杖去打他；药崧吓得跑到床下，明帝非常生气，大声喊道：“郎官出来！”药崧就说：“天子仪态端庄，诸侯风度堂皇，没听说过君主亲自起身打郎官的。”明帝这才赦免了他。当时朝廷上下没有人不恐惧的，都争着表现得严厉苛刻来避免被责罚，只有钟离意敢于直言劝谏，多次封还诏书，大臣们有了过失，他总是设法解救。正好接连出现灾异现象，钟离意上奏疏说：“陛下敬畏鬼神，忧虑体恤百姓，然而天气却不调和，寒暑违背时节，这是因为群臣不能宣扬教化、履行职责，反而把苛刻当成风气，百官之间没有相亲的心意，官吏和百姓也没有和睦的志向，以至于违背了和气，从而导致天灾。百姓可以用德政来感化，难以用强力来制服，《鹿鸣》这首诗一定要提到宴饮作乐，是因为只有人神之心融洽，然后天气才会调和。希望陛下彰显圣德，减轻刑罚，顺应时节来调和阴阳。”明帝虽然没有采纳他的建议，但知道他一片至诚，始终很厚爱他。
秋天，八月戊辰日，下诏把太乐官改名为太予，这是依据谶文来改的。
壬申日是月底，发生了日食。明帝下诏说：“从前楚庄王没有遇到灾异，却因此戒惧自省；鲁哀公时灾祸严重，上天却不降下谴责。如今出现这些变动，或许还可以挽救，有关部门要认真思考自己的职责，来匡正我没有德行的地方。”
冬天，十月甲子日，明帝跟着皇太后前往章陵。荆州刺史郭贺，为官有突出的政绩，明帝赐给他三公的服饰，包括绣有花纹的礼服、礼帽；还下令他巡视辖区时去掉车帘帷幕，让百姓能看到他的仪容服饰，来彰显他的德行。戊辰日，从章陵返回。
这一年，京城和七个郡国发生了大水灾。
莎车王贤用武力威逼夺取了于阗、大宛、妫塞等王国，派自己的将领去驻守。于阗人杀掉了莎车王派来的将领君德，拥立首领休莫霸为王。贤率领各国的几万兵力攻打于阗，却被休莫霸打得大败，他自己脱身逃回。休莫霸进而围攻莎车，却中了流箭而死，于阗人又拥立他哥哥的儿子广德为王，广德派他的弟弟仁去攻打贤。广德的父亲之前被拘留在莎车，贤于是放回他的父亲，还把女儿嫁给广德，与他和亲。
评论
永平三年，东汉王朝在政治、文化、民生及外交等方面呈现出多样的态势与变化。
政治层面，官员任免频繁，太尉、司徒职位更替，反映出朝廷人事结构的调整。同时，明帝对马皇后的册立及对其品德、才能的认可，不仅关乎后宫秩序，更侧面体现出明帝对后妃参与政治的态度。马皇后虽具理政能力却不干预朝政，为后宫树立典范，有助于维护宫廷与朝堂的稳定关系。而云台二十八将画像的绘制，既是对中兴功臣的缅怀与表彰，也借此强化了东汉政权的合法性与权威性，激励后世臣子效命朝廷。
文化上，依据谶文更改太乐官名称，反映出谶文对东汉文化制度的影响，这一现象体现了当时神秘主义文化在政治生活中的渗透。
民生方面，京城及多地出现水旱灾害，给百姓生活带来冲击。面对大旱，钟离意敢于直谏，建议停建北宫以顺天意，明帝虽未完全采纳其建议，但也有所行动，减少工程，这种君臣互动展现出朝廷在应对灾害时的态度与举措。同时，刘平、郭贺等地方官员因德政受到表彰与提拔，反映出朝廷对地方治理的重视，希望通过树立榜样来推动地方官施行仁政，改善民生。然而，明帝性格上的狭隘苛察也使得朝廷上下氛围紧张，这种作风虽意在明察秋毫，但可能会影响官员的积极性与创造性。
外交上，莎车与于阗之间的冲突与权力更迭，反映出当时西域地区局势的复杂性。莎车王贤的扩张引发了地区动荡，而于阗的反抗与新王的崛起，改变了当地的政治格局，最后双方的和亲则暂时缓和了矛盾。东汉在这一过程中虽未直接介入，但西域局势的变化对东汉的西域政策及边境安全有着潜在影响，考验着东汉朝廷对边疆事务的应对能力与外交智慧。