建武十一年（公元35年 乙未年）
春天，三月己酉日，刘秀到南阳，之后又到章陵；庚午日，刘秀回到宫中。
岑彭驻扎在津乡，多次攻打田戎等人，但都没成功。刘秀派吴汉率领诛虏将军刘隆等三位将领，征调荆州的军队，一共有六万多人、五千匹战马，到荆门和岑彭会合。岑彭准备了几十艘战船，吴汉觉得各郡划船的士兵耗费粮食太多，想把他们遣散。岑彭认为蜀兵势力强大，不能遣散这些士兵，就上书向刘秀说明情况。刘秀回复岑彭说：“大司马（指吴汉）习惯指挥步兵和骑兵，不懂水战，荆门这边的战事，就全靠征南公（指岑彭）你拿主意了。”闰三月，岑彭下令在军中招募攻打浮桥的人，先登上浮桥的给予重赏。于是偏将军鲁奇响应招募冲在前面，当时东风刮得很急，鲁奇的船逆流而上，直接冲向浮桥，可桥柱上有反向的杷钩，鲁奇的船被钩住无法离开。鲁奇等人趁势拼死战斗，还扔出火炬焚烧浮桥，风助火势，桥楼崩塌燃烧起来。岑彭率领全军顺着风一起前进，势不可挡，蜀兵大乱，淹死了几千人，汉军斩杀了任满，活捉了程泛，田戎则逃到江州据守。岑彭上奏请封刘隆为南郡太守；自己则率领辅威将军臧宫、骁骑将军刘歆长驱直入江关。他下令军中不许掳掠百姓，军队经过的地方，百姓都献上牛肉美酒迎接慰劳，岑彭推辞不接受。百姓非常高兴，纷纷打开城门投降。刘秀下诏让岑彭代理益州牧，攻下的郡就兼任太守，如果岑彭离开该郡，就把太守的职位交给后将军。岑彭还选拔了一些官员来担任州中的各级官吏。岑彭到江州后，看到江州城坚固，粮食又多，很难一下子攻克，就留下冯骏驻守；自己带兵乘胜直接前往垫江，攻破平曲，缴获了几十万石大米。吴汉留在夷陵，打造露桡战船继续前进。
夏天，先零羌侵犯临洮。来歙推荐马援担任陇西太守，马援攻打先零羌，把他们打得大败。
公孙述任命王元为将军，让他和领军环安在河池抵御汉军。六月，来歙和盖延等人进攻王元、环安，把他们打得大败，接着攻克下辨，乘胜继续前进。蜀人非常害怕，就派刺客刺杀来歙，来歙受了重伤但没死，他赶紧派人快马召来盖延。盖延见到来歙，就趴在地上悲痛大哭，都不敢抬头看。来歙呵斥盖延说：“虎牙将军（指盖延）你怎么敢这样！现在我被刺客刺伤，没办法再为国家效力了，所以才叫你来，想把军事托付给你，你反倒像小孩子一样哭哭啼啼的！我虽然身上带着刀伤，难道就不能带兵杀了你吗？”盖延忍住眼泪，勉强起身，接受来歙的嘱托。来歙自己写了表章，说：“我在夜里人定之后，被不知什么人刺伤，伤到了要害部位。我不是可惜自己的性命，实在是遗憾自己没能尽好职责，给朝廷丢脸了。治理国家以得到贤才为根本，太中大夫段襄，正直可靠，可以重用，希望陛下明察。还有我的兄弟不成器，我担心他们终究会获罪，希望陛下可怜他们，多教导监督他们。”写完扔下笔，抽出刀自杀身亡。刘秀得知后，十分震惊，看了表章后泪流满面。刘秀任命扬武将军马成代理中郎将，接替来歙的职位。来歙的灵柩运回洛阳，刘秀穿着白色丧服亲临吊唁、送葬。
赵王刘良跟着刘秀送完来歙的丧，进入夏城门的时候，和中郎将张邯争抢道路，他大声呵斥张邯倒车，又斥责守门的士兵，让他向前跑了几十步。司隶校尉鲍永上奏弹劾说：“刘良没有藩臣的礼仪，这是大不敬的行为。”刘良是尊贵的皇亲国戚，鲍永却弹劾他，使得朝廷上下一片肃然。鲍永征召扶风人鲍恢担任都官从事，鲍恢也刚正不阿，不畏强权。刘秀常说：“皇亲国戚都要收敛自己，避开鲍永和鲍恢这两个人。”鲍永到霸陵县巡查，路过更始帝的陵墓时，他下车下拜，痛哭尽哀后才离开。向西到扶风时，他杀牛祭祀苟谏的坟墓。刘秀听说这些事后，心里不太高兴，就问公卿们：“鲍永这样做，怎么样？”太中大夫张湛回答说：“仁爱是行为的根本，忠诚是道义的主宰。仁爱之人不忘记旧交，忠诚之人不忘记君主，这是高尚的品行。”刘秀听了这话，心里的不满才消除。
刘秀亲自率军征讨公孙述；秋天，七月，抵达长安。
公孙述派他的将领延岑、吕鲔、王元、公孙恢率领全部兵力在广汉和资中抵御汉军，又派将领侯丹率领两万多人在黄石抵御。岑彭让臧宫率领五万投降的士兵，从涪水到平曲，抵御延岑，自己则分兵乘船沿长江而下回到江州，再逆都江而上，袭击侯丹，把侯丹打得大败；接着日夜兼程两千多里，直接攻下武阳。然后派精锐骑兵疾驰攻打广都，离成都只有几十里了，攻势如同疾风骤雨，所到之处蜀军纷纷逃散。一开始，公孙述听说汉军在平曲，所以派大军前去迎击。等到岑彭到了武阳，绕到了延岑军队的后面，蜀地上下大为震惊。公孙述大惊失色，用手杖敲打着地面说：“这是什么神人啊！”延岑在沅水布置了很多兵力。臧宫的人马众多但粮食很少，粮草转运又跟不上，投降的士兵都想叛逃，一些郡邑又重新聚集兵力，观望成败。臧宫想带兵撤回，又担心士兵反叛；正好刘秀派谒者带兵到岑彭那里，有七百匹马，臧宫假传圣旨，把这些马要来扩充自己的兵力，日夜进军，多树旗帜，登上山顶击鼓呐喊，右边是步兵，左边是骑兵，沿着船前进，喊杀声震动山谷。延岑没想到汉军突然到来，登山远望，十分惊恐；臧宫趁机发起猛攻，把延岑打得大败，斩杀和淹死的有一万多人，江水都被染红变浊了。延岑逃到成都，他的部众全部投降，汉军缴获了他们所有的兵马和珍宝。从这以后，臧宫乘胜追击，投降的人数以十万计。汉军到平阳乡时，王元率领部众投降。刘秀给公孙述写信，陈述其中的祸福，向他表明自己说话算数。公孙述看了信后叹息，把信给亲信们看。太常常少、光禄勋张隆都劝公孙述投降。公孙述说：“国家的兴衰，这是命运啊，哪有天子投降的道理！”身边的人都不敢再说话。常少、张隆都因为忧愁而死。
刘秀从长安返回。
冬天，十月，公孙述派刺客假装成逃亡的奴仆，投降岑彭，夜里，刺杀了岑彭。太中大夫监军郑兴暂时统领他的军队，等吴汉到来后交给他。岑彭治军严谨，对百姓秋毫无犯。邛谷王任贵听说岑彭的威望，从几千里外派使者来投降；正好赶上岑彭已经被害，刘秀把任贵所献的东西都赐给了岑彭的妻子儿女。蜀人为岑彭建立庙宇祭祀他。
马成等人攻破河池，接着平定了武都。先零羌的各个部落几万人，聚集起来进行侵扰掠夺，在浩亹隘口抵抗汉军。马成和马援深入敌境讨伐，把他们打得大败，把投降的羌人迁徙安置到天水、陇西、扶风。
当时，朝廷大臣们认为金城郡破羌县以西，路途遥远，又常有贼寇，商议着要放弃这片地方。马援上书说：“破羌县以西，城池大多完好坚固，容易据守。那里土地肥沃，灌溉便利。如果让羌人留在湟中，那他们造成的危害就不会停止，这片地方不能放弃。”刘秀听从了他的建议。有三千多百姓回归，马援为他们设置了官吏，修缮了城郭，修筑了坞堡哨所，开通了沟渠，鼓励他们耕种畜牧，郡里的百姓安居乐业。马援又招抚塞外的氐、羌，他们都来投降归附，马援上奏恢复他们侯王君长的地位，刘秀全都同意了。于是撤回马成的军队。
十二月，吴汉从夷陵率领三万人逆长江而上，讨伐公孙述。
郭汲担任并州牧，路过京城时，刘秀问他施政的得失，郭汲说：“选拔补充各种官职，应当挑选天下的贤才俊杰，不应该只任用南阳人。”当时在位的官员大多是刘秀的同乡故旧，所以郭汲才这么说。
评论：建武十一年，刘秀政权在军事、政治等方面呈现出复杂且关键的发展态势。
军事上，刘秀对公孙述的征伐进入关键阶段。岑彭在荆门之战中展现出卓越的军事指挥才能，他力排众议，坚持水战策略，利用火攻成功突破蜀军防线，一路势如破竹，深入蜀地，其治军严谨，秋毫无犯，赢得了百姓的支持。然而，来歙与岑彭这两位重要将领先后被刺杀，给战事带来重大挫折。来歙重伤之下仍心系国事，体现出他的忠诚与担当；岑彭被害，使汉军失去一员大将，令人惋惜。不过，臧宫在局势不利的情况下，凭借果敢和智慧，假传圣旨扩充兵力，大败延岑，为战事推进立下大功。
在边疆事务方面，马援出任陇西太守后，成功击败先零羌，之后又妥善处理金城以西的问题，力主不放弃该地区，并采取一系列有效措施，如安置百姓、修缮城郭、招抚外族等，稳定了边疆局势，展现出其卓越的边疆治理能力。
政治层面，鲍永弹劾赵王刘良以及鲍恢的刚正不阿，维护了朝廷礼仪与法纪的严肃，使得皇亲国戚有所忌惮。郭汲对官员选拔提出的建议，反映出当时朝廷用人存在地域偏向问题，也体现了有识之士对公正选拔人才的重视。
总体而言，这一年刘秀政权虽在军事上遭遇将领遇刺等困境，但在各方努力下，对公孙述的征伐仍在推进，边疆地区也逐渐稳定，政权在曲折的历程中持续稳固。