“己巳之变”分为两个阶段，在第一阶段的试探中，皇太极发现大明除了袁崇焕难以对付之外，其他将领根本不值一提。
过了年之后（天聪四年）正月，范文程再次向皇太极献策：
“大汗，袁崇焕乃是我大金进犯中原的最大阻碍。我们何不再次进犯中原，引他离开辽东，然后找机会除掉他。”
如果打攻城战，后金军不是袁崇焕的对手，如果打野战，袁崇焕很难战胜后金军，双方各有强项。
皇太极听后，欣然点头，称赞道：“此计甚妙，就依先生所言行事。”
明崇祯三年（1630年）正月，皇太极再度亲率十万人马，取道蒙古，突破明长城喜峰口，迅速直逼北京城下。
实际早些时候，袁崇焕就上书崇祯皇帝，着重强调一定要加强比如喜峰口段薄弱的防御，提醒皇上后金军兴许从这里突袭京城。
明朝初年，为防备蒙古人的侵略，明成祖朱棣下令对北方边防加强修筑，
设立了辽东、蓟州、宣府、大同、太原、陕西、延绥、宁夏、甘肃九大边防军区，即所谓的“九边”。
明长城东起鸭绿江，西至酒泉，绵延数千里，一堡一台都有驻军把守，
到了明后期，所有的注意力都集中到了辽东，其他8个防卫堡垒几乎废驰无人把守。
袁崇焕提醒皇上加强其他八个堡垒的防卫，可惜崇祯没往心里去。
后来堡垒形成了镇，八个堡垒成了八镇。
崇祯没加强防备，主要原因是明朝财政紧张，很不幸，被皇太极钻了空子。
朝堂之上，文官们还在不停地勾心斗角、争权夺利。
内阁首辅温体仁为了巩固自己的权势，联合党羽弹劾礼部侍郎钱谦益，指控他在科举考试中营私舞弊。
双方在朝堂上争论得面红耳赤，互不相让，全然不顾皇太极的大军已经兵临城下，国家正处于生死存亡的危急关头。
皇太极进攻北京城的消息传来，举国震惊。
崇祯帝急得像热锅上的蚂蚁，在大殿里不停地来回踱步，嘴里喃喃自语：“这可如何是好，这可如何是好……”
袁崇焕更是心急如焚，他深知一旦放弃宁远城，明朝的防线将无人可守。
可是崇祯帝紧急传诏，命他回防京城，诏书一日十道，无奈之下，他只得带兵回京解京城之围。
其手下大将祖大寿、满桂、赵率教也纷纷带兵回救京城。
皇太极的目的就是要引袁崇焕离开辽东，如今目的已然达成，便决心除掉袁。
京城保卫战打响了。
……
此时崇祯四方发布勤王诏书，其中一位女将军秦良玉接到诏书带兵赶来了。
秦良玉，今重庆忠县人，明末着名的女将军。
她接到勤王诏书后，即刻带领三千白杆兵，捐出家产充当军饷，星夜兼程赶往了北京，驻军永定门外。
此时皇太极军队已经严阵以待，各地勤王的官兵虽有二十多万人，但都畏惧清军铁骑，无人带头出战，
只见秦良玉挺身而出，主动向皇太极的八旗军发起了进攻，其率领的白杆兵作战勇猛配合默契，大败多尔衮的精锐部队。
袁崇如同一位经验丰富、技艺高超的指挥家，有条不紊地调度各方军队，与祖大寿等将领密切配合，将军队的战斗力发挥到了极致。
他们日夜守护在城门前，战袍被血水汗水浸透又风干。人不卸甲、马不歇蹄，时刻等待迎战后金军。
京城下的袁崇焕和秦良玉，巧妙地布置防线，不断与后金军展开激烈的交锋。
袁崇焕与祖大寿配合默契，一个冲锋在前，奋勇杀敌；一个侧翼包抄，出其不意。
二人一唱一和，让皇太极的军队屡屡受挫。双方连续激战了十数日。
此时士兵们疲惫不堪，但士气高昂。
皇太极始终无法突破袁崇焕的防线，只能望城兴叹，回到大帐，急得他在营帐里不停地来回踱步，却又无计可施。
同样抓耳挠腮还有崇祯帝，此时他六神无主，完全没了主意，满心只想着如何保住自己的皇位，自私自利的本性暴露无遗。
朝堂上，文官们还在不停地争吵、互相指责，全然不顾国家正面临的巨大危机，依旧沉浸在无谓的权力争斗之中。
袁崇焕看着疲惫不堪的士兵们，心中满是心疼。于是，他向崇祯帝请求道：
“陛下，士兵们连日征战，已经疲惫到了极点，恳请陛下打开瓮城，让士兵们进城休息，恢复体力，以便更好地抵御后金军。”
然而，崇祯帝却对他起了疑心，担心袁崇焕借机打开城夺他的天下。
“袁崇焕号召力很强，千万不能让他进城。”
崇祯害怕袁对自己的皇位构成威胁，冷冷地拒绝道：“不行，朕怎能轻易让大军进城？万一有变故，朕的江山社稷岂不是危在旦夕？”
袁崇焕无奈，只能继续带领士兵在城外与后金军苦战，承受着巨大的压力。
皇太极见久攻不下，十分焦急。如果这样持续下去，后金军军粮还是问题。
看到皇太极焦急得样子，足智多谋的范文程献上一计——反间计。
范文程对皇太极说道：“大汗，我知道您博览群书，一定看过三国演义，不知您还记得里面蒋干盗书的故事吗？”
皇太极兴奋道：“先生意思是，像周瑜那样巧使反间计？”
“正是，我们可故意在明军俘虏面前透露，说袁崇焕已与我们暗中勾结，约定共同夺取北京城。”范文程微笑说道。
“先生妙计安天下，正好前两天逮住了两名太监，我们当着这两名太监的面，故意……”
“对！就是这样。”范文程点头道。
君臣二人主意一定，到了晚上依计而行，故意背着两名太监小声嘀咕与袁崇焕秘密接触的事，还说小声点，别给袁巡抚找上麻烦等等。
然后在部队吃中午饭时，看守故意放松对两名太监的看守，
二人趁机逃跑，让他俩回去把这消息传给崇祯帝的。”
两名太监跌跌撞撞地跑回京城，将听到的所谓“惊天秘密”一五一十地告诉了崇祯帝。
崇祯帝本就生性多疑，再加上之前袁崇焕擅自杀掉毛文龙一事。
原来，在袁崇焕第三次复出后，仗着自己持有尚方宝剑，怀疑毛文龙拥兵自重，不听指挥，还私自与后金有往来，便将其斩杀。
袁崇焕先斩后奏，当时让崇祯帝惊愕不已，心中极为不满，甚至有点愤怒，但是想到用人之际，崇祯忍了。
如今听到太监的密报，加上袁崇焕要求进城休息一事，各种叠加的不满爆发，崇祯顿时火冒三丈，深信不疑地认定袁崇焕是个叛徒。