魔仙堡的危机平息后，小魔仙们带着与人类世界魔仙们缔结的深厚情谊回到魔法海洋。然而，这份来之不易的和平仅维持了短短数月，一场新的危机便如汹涌的暗潮般悄然袭来。
这天，海萤堡的魔法监测系统突然发出尖锐的警报，显示在魔法海洋与人类世界交界的迷雾海域出现了强烈且诡异的能量波动。陆野迅速启动万象解析仪，仪器屏幕上的数据疯狂跳动：“这股能量……像是被封印的古老魔法与某种未知力量的激烈碰撞，而且……检测到了魔仙堡魔法的残留气息！”星澜脸色凝重，月光棱镜泛起不祥的血色：“立刻前往迷雾海域，那里或许藏着足以颠覆两个世界的秘密。”
小魔仙们驾驶着特制的魔法潜艇，全速驶向迷雾海域。越靠近目的地，海水越发浓稠如胶，四周漂浮着破碎的时空碎片，仿佛有一股力量正在强行撕裂空间。突然，潜艇剧烈晃动，一个散发着幽紫色光芒的神秘盒子从迷雾中缓缓浮现。盒子表面雕刻着繁复的符文，符文缝隙间渗出黑色雾气，隐隐传出若有若无的啜泣声。
“这盒子不对劲！”林小星的星光护腕不受控制地发烫，星光在盒子周围扭曲变形。苏糖的月光笛子自动奏响警示旋律，却被诡异的声波干扰得断断续续。就在众人警惕之际，盒子突然自动打开，一道黑影窜出，瞬间消失在迷雾深处。紧接着，无数被腐化的海洋生物从四面八方涌来，它们的身体上布满魔仙堡魔法的符文，眼中却闪烁着深渊般的黑暗。
“是魔仙堡的魔法被扭曲利用了！”小蓝通过远程通讯设备惊呼，“这种符文只有魔仙堡的高层魔仙才知晓，到底是谁在暗中搞鬼？”小魔仙们立刻投入战斗，林小星指挥星光化作光刃斩杀腐化生物，苏糖用笛声扰乱它们的行动节奏，陆野则试图用声波武器分析这些生物身上魔法的弱点。战斗中，小海发现这些腐化生物在被消灭后，会化作黑色烟雾融入迷雾，仿佛在向某个地方传递信息。
经过一番苦战，小魔仙们暂时击退了腐化生物。他们小心翼翼地靠近魔法盒，发现盒内躺着一张残破的羊皮卷，上面用古老的魔仙文字写着：“禁忌之盒，封印着能吞噬所有魔法的‘噬魔者’，唯有集齐三个世界的本源力量，才能重新封印……”还未等众人反应过来，迷雾中传来一阵阴森的笑声，一个身着黑袍、头戴魔仙冠冕的身影缓缓走出——竟是魔仙堡曾经失踪的大祭司暗影！
“没想到吧，小魔仙们。”暗影摘下兜帽，露出一张被黑暗魔法侵蚀得扭曲的脸，“当年我被魔仙女王驱逐，在黑暗深渊中发现了这个禁忌之盒。只要‘噬魔者’苏醒，无论是魔法海洋还是魔仙堡，都将成为我的囊中之物！”原来，暗影因觊觎更强大的力量，被黑暗深渊的力量蛊惑，他偷走禁忌之盒，就是为了利用“噬魔者”摧毁现有的魔法秩序，建立属于自己的黑暗统治。
暗影挥动魔杖，禁忌之盒爆发出更强烈的紫光，整个迷雾海域开始剧烈震动。时空裂缝不断扩大，从裂缝中伸出无数由黑暗魔法构成的触手，缠住了小魔仙们的潜艇。陆野紧急启动潜艇的应急装置，却发现所有魔法系统都在被“噬魔者”的力量快速吞噬。“不行，这样下去我们撑不了多久！”陆野大喊，“必须找到三个世界的本源力量，重新封印盒子！”
小魔仙们决定分头行动。林小星、小蓝前往魔仙堡，寻求魔仙女王的帮助，寻找人类世界的本源力量；苏糖、小海回到魔法海洋的魔法之源，试图唤醒沉睡的海洋本源力量；陆野、小美则穿越时空夹缝，前往传说中的“星界”，寻找宇宙的本源力量。
在魔仙堡，林小星和小蓝见到了焦急的魔仙女王。魔仙女王拿出了魔仙堡代代相传的“希望结晶”，这是人类世界魔法的本源。然而，当他们准备离开时，暗影的手下突然发动袭击，试图抢走希望结晶。林小星用星光筑起屏障，小蓝和魔仙堡的魔仙们奋力反击，终于成功突围。
苏糖和小海在魔法之源遭遇了被黑暗力量唤醒的远古守护兽。守护兽体型巨大，喷出的火焰能瞬间蒸发海水。苏糖用笛声安抚守护兽的情绪，小海则指挥海洋生物组成能量矩阵。在他们的努力下，守护兽终于平静下来，并帮助他们唤醒了沉睡的海洋本源力量——一颗散发着蓝光的“海洋之心”碎片。
陆野和小美在星界的旅程充满艰辛。他们穿越无数星辰，躲避陨石风暴，终于在一座古老的星云中找到了宇宙本源力量的守护者——星界巨龙。巨龙喷出的星尘能将一切物质分解，陆野利用万象解析仪分析星尘的频率，小美则用画笔创造出能抵御星尘的护盾。经过一番较量，巨龙认可了他们的勇气，将蕴含宇宙力量的“星核”交给了他们。
当小魔仙们带着三个世界的本源力量回到迷雾海域时，禁忌之盒已经完全打开，“噬魔者”的虚影即将完全显现。暗影疯狂大笑：“太晚了！一切都将被黑暗吞噬！”小魔仙们没有退缩，他们将希望结晶、海洋之心碎片和星核同时放入禁忌之盒。三种本源力量相互共鸣，爆发出耀眼的光芒。
林小星引导星光，苏糖奏响月光旋律，陆野用科技力量增幅，所有小魔仙和魔仙堡的魔仙们共同注入魔法。在光芒的冲击下，“噬魔者”的虚影发出凄厉的惨叫，逐渐消散。暗影试图反抗，却被净化光芒笼罩，他的黑暗魔法被彻底瓦解，最终化作一缕青烟消失。
禁忌之盒重新闭合，散发出柔和的光芒，漂浮在海面上。小魔仙们知道，这只是暂时的封印，未来或许还会有人觊觎盒子里的力量。回到海萤堡后，他们与魔仙堡的魔仙们共同制定了严密的守护计划，将禁忌之盒藏于只有两个世界的守护者共同开启的秘密之地。这场危机过后，魔法海洋与魔仙堡的联系更加紧密，他们深知，唯有携手共进，才能守护好来之不易的和平，抵御任何企图破坏世界平衡的邪恶力量。