远古时代，神农氏的势力逐渐衰落，各地部落互相攻伐，残害百姓，而神农氏已经没办法征讨这些部落。当时，天下九州之内，洪水灾害还没平息，茂密的丛林遍布大地，部落零散分布，各自占据山川之地，互相掠夺。
有熊国的首领少典，娶了有蟜氏的女子附宝做王妃。一天，附宝在郊外行走，突然遇到北斗七星中的枢星发出感应，一道流光从天上坠落，绕着她的身体转了三圈。当天夜里，附宝梦见一条苍龙钻进自己怀里，醒来后就怀有身孕，经过二十四个月，最终在寿丘生下一个儿子。这个孩子天生就有神灵之气，还在襁褓中就会说话，幼年时思维敏捷、聪慧过人，长大后忠厚勤勉，成年后更是明辨事理、极具智慧，少典便给他取名“轩辕”——他就是后来被尊为华夏共同祖先的黄帝。
轩辕长大成人后，继承了有熊国的基业。当时天下共同的首领神农氏（炎帝）的后代，管理松弛，部落联盟也慢慢瓦解。轩辕于是修养德行、整顿军队，研究五行之气的变化规律，教导民众种植五谷，安抚百姓，丈量四方土地，还教人们砍伐树木建造房屋、开垦土地耕种庄稼，用粟米作为粮食，用麻纺线制作衣物，百姓都对他心悦诚服。但炎帝的后裔榆罔，还想维持共同首领的地位，于是和轩辕在阪泉的原野上交战。第一次交战时，轩辕的部众用石头当作武器，榆罔的部落凭借神农氏的余威，驱赶野兽组成军阵，轩辕的军队稍稍后退。轩辕这时领悟到“德行才是用兵的根本”，于是在夜里焚香祭拜上天，希望用仁德感化对方，而不是靠武力征服。第二天，上天降下甘霖，洗去了阵前的暴戾之气，轩辕亲自率领族人拿着农具站在阵前，向对方展示耕种带来的好处；又命令伶伦用芦苇制成乐器吹奏，演奏《承云》这首乐曲，乐声和谐舒缓，榆罔部落的人听到后，都扔下武器痛哭起来。榆罔被轩辕的仁德感动，于是率领部落归附，两个部落合并为一，华夏部落联盟从此初步形成。轩辕也尊称榆罔为“炎帝”，共同继承神农氏的祭祀礼仪。
但混乱的时代还没结束，南方九黎部落的首领蚩尤，有八十一个兄弟，个个都是野兽的身体、人的面孔，铜做的头颅、铁铸的额头，能吃沙子和石头，还能呼唤风雨。蚩尤看到轩辕和炎帝联合，便率领九黎的部众向西入侵中原，所到之处，烧毁农田和房屋，掠夺人口和牲畜，百姓都四处逃亡。轩辕想用品德感化他，先后三次派遣使者去沟通，可蚩尤每次都杀掉使者，还撕裂使者的尸体来羞辱轩辕。轩辕叹息道：“不是我喜欢打仗，而是这个残暴的恶贼不被上天容忍啊！”于是在涿鹿召集诸侯，誓师讨伐蚩尤。
涿鹿的原野上，阴冷的狂风呼啸不止，黑色的雾气四处弥漫。蚩尤命令风伯飞廉掀起大风，雨师屏翳降下大雨，片刻之间，狂风席卷大地，暴雨倾盆而下，地上的积水达到一丈多深，轩辕的军队阵脚大乱。轩辕登上高台眺望，看到蚩尤军队中弥漫的黑色雾气像毒蛇一样缠绕，知道这是妖术，于是取出昆仑山的玉石制成玉璧，焚香向天地祷告。不久，天空中闪现金色光芒，一条黄龙从云层中跃出，鳞片像太阳的光芒一样流淌闪烁，这正是轩辕召唤来的应龙。应龙张嘴把地上的积水引向东海，地面渐渐显露出来。蚩尤见状大怒，又召来夸父族的巨人，这些巨人手持巨大的木头，想要撞毁轩辕的营垒。轩辕急忙命令应龙叼着燃烧的石头投过去，石头落到地上就燃起大火，烈焰冲天，夸父族的人忍受不了火烤，纷纷后退。
可蚩尤的神通还没用尽，又制造出大雾，大雾连续三天都没散开，轩辕军队的将士全都迷失了方向，甚至互相惊扰。轩辕于是在夜里观察天象，发现北斗星的斗柄始终指向南方，便命令风后按照北斗星的形状，制造出“指南车”。指南车中间立着一个木人，木人的手永远指向南方，就算在大雾中，军队也不会迷失方向。与此同时，轩辕听说西方有位名叫女魃的女神，住在赤水的北边，身上带着像烈日一样的火焰，能止住风雨。于是派遣使者拿着玄圭（黑色的玉圭）前去邀请，女魃被轩辕拯救百姓的心意感动，便跟着使者来到前线。刚到阵前，女魃展开衣袖一挥，身体周围腾起灼热的红色雾气，大雾立刻消散，暴雨也停了下来，太阳重新高悬天空。蚩尤军队中的水汽快速蒸发，士兵们都口干舌燥，再也没有力气作战。
轩辕见时机成熟，手持轩辕剑率领军队冲锋——这把剑是采用昆吾山的赤铜，经过三百六十天冶炼铸造而成的，剑铸成那天，有一条青龙绕着熔炉鸣叫。蚩尤带领八十一个兄弟拼死抵抗，用铜头铁额迎着剑锋撞击，火星四处飞溅，可轩辕剑锋利无比，竟然能斩断他们的铁额。应龙也在阵中盘旋，用爪子抓、用嘴啄，九黎部落的人伤亡惨重。蚩尤见形势危急，想化作一阵风逃跑，女魃抛出一团红色火焰，把他的身形定住。轩辕追上前，一剑砍下蚩尤的头颅。蚩尤的头颅落到地上，化作一片红色的枫树林，直到现在，涿鹿还有“蚩尤血”这个地名，传说就是当时蚩尤鲜血浸染而成。
战争结束后，轩辕收纳了九黎部落的百姓，合并炎帝、有熊、九黎等各个部落。为了让各个部落同心同德，他提取各个部落图腾的精华，把有熊部落的蛇身、东夷部落的鱼鳞、炎帝部落的鹿角、北狄部落的鹰爪、南蛮部落的虎掌融合在一起，创造出“龙”的图腾，向天下宣告：“从今天起，华夏一族，都是龙的后裔。”各个部落看到龙图腾既威严又包容，都真心信服，华夏民族共同体从此有了精神象征。
平定蚩尤后，轩辕取代神农氏成为天下共同的首领，号称“黄帝”。他知道天下刚刚安定，百姓需要教化引导，于是广泛招揽有才能的人，推行教化政策，创下了无数神奇的功绩。
首先是创造文字。黄帝看到先民们用结绳的方式记录事情，事情繁多的时候绳子就会混乱，常常出现差错，于是任命仓颉担任左史，让他创造文字。仓颉独自居住在阳虚山上，观察奎星弯曲的形状，留意鸟兽脚印的痕迹，看见山川起伏的轮廓像图画一样，草木生长枯萎的状态各有形态，于是领悟到“按照事物的类别描绘形状”的道理。最初创造“日、月、山、水”这些字，都模仿事物的真实形态；又创造“上、下”这两个字，用一条长横线作为界限，短横线在上面就是“上”，在下面就是“下”。文字创造完成的那天，天上降下粟米，鬼神在夜里哭泣——上天用降粟米的方式祝贺人间有了文明，鬼神用夜里哭泣的方式哀叹自己从此无法隐藏踪迹。黄帝得到文字后，命令手下人把文字刻在龟甲、兽骨上，传给各个诸侯，百姓都学习使用文字，从此华夏告别了野蛮落后的时代，开启了文字文明的开端。
其次是制定音律。黄帝听到天下的声音，有的悲伤、有的喜悦，有的刚劲、有的柔和，想要用音律调和百姓的心境，于是任命伶伦担任乐官。伶伦接受命令后，向西走到昆仑山的北面，采摘懈谷的竹子，把竹子截成竹筒，每根竹筒长三寸九分，吹起来的时候，声音像凤凰鸣叫一样动听，这就是“黄钟”律。他又选取十二根竹管，按照凤凰的鸣叫声，确定出十二律吕：雄凤鸣叫六声，对应六阳律（黄钟、太簇、姑洗、蕤宾、夷则、无射）；雌凰鸣叫六声，对应六阴吕（大吕、夹钟、仲吕、林钟、南吕、应钟）。黄帝又命令荣将铸造十二口钟，用来配合十二律吕，演奏《咸池》这首乐曲。每当举行祭天仪式时，钟鼓一起奏响，音律和谐美妙，连各种野兽都跟着节奏起舞，诸侯们都赞叹道：“这真是上天的乐曲啊！”
再就是开创医药。黄帝看到百姓遭受疾病折磨，有的死于瘟疫，有的死于伤痛，于是召集岐伯、雷公等医生，在明堂里讨论医学道理。黄帝问：“人为什么会生病呢？”岐伯回答说：“天地间有金、木、水、火、土五种元素，人体内有肝、心、脾、肺、肾五个脏器，五行之间相互滋生又相互制约，五脏之间相互辅助又相互影响，人生病的原因，都是因为五行失衡、五脏功能失调。”黄帝又问：“用什么方法治疗疾病呢？”雷公回答说：“草木有不同的药性和味道，金属、石头也有不同的特性，可以借助它们的特性来调节人体的失衡状态；还有针灸、艾灸的方法，可以疏通经络、引导气血运行。”黄帝于是和岐伯走遍山川，亲自品尝各种草木，辨别它们寒热温凉四种药性，酸苦甘辛咸五种味道，记录下哪种草木能治疗哪种病症——比如麻黄可以驱散风寒，甘草能调和各种药物的药性，丹参可以促进血液流通。两人把讨论的医学道理、药方，一一记录下来，编成《黄帝内经》十八卷，传给后代，拯救无数百姓脱离疾苦。直到现在，中医又叫做岐黄之术，源头就来自这里。
除此之外，黄帝还命令共鼓、货狄制造船只和船桨，方便人们渡过江河湖海；命令邑夷制造车子，方便交通运输，“轩辕”这个名字，也因为他造车的功绩而来；命令胡曹制作衣服，上身穿的叫衣，下身穿的叫裳，让百姓懂得礼仪规范；命令隶首创造算术方法，制定长度、容量、重量的标准，方便人们进行交易；命令宁封子担任管理制陶的官员，烧制陶器，让百姓抛弃简陋的土器改用陶器，饮食更加洁净。黄帝又划分田野、设置州郡，安排左右大监，监督天下各个部落，各个部落和睦相处，祭祀天地鬼神、名山大川的活动也越来越多——只要是天下的名山，黄帝都会亲自前往举行封禅仪式，祭拜天地，祈求天下太平、百姓安康、物产丰富。
黄帝治理天下一百年，天下安定太平，百姓安居乐业，晚上不用关门防盗，路上丢失东西也不会有人私自拿走。但黄帝清楚，人的寿命是有限的，而天道是无穷无尽的，他想寻求长生的方法，以便永远保护华夏百姓。后来听说崆峒山上有位叫广成子的上古仙人，住在石头屋子里，懂得天道的关键道理。黄帝于是放弃帝王的尊贵身份，穿着粗布衣服，踩着草鞋，前往崆峒山拜见广成子。
到达崆峒山后，黄帝看到山势高达万仞，云雾缭绕，没有可以攀登的道路。于是他斋戒三天，摘掉帽子、光着脚，步行上山。走到半山腰时，一位叫赤松子的仙人出现，问道：“你是天下的君主，为什么要这样辛苦自己呢？”黄帝回答说：“我听说广成子懂得天道，我想向他请教长生的方法，不是为了我自己，而是为了保护百姓。”赤松仙子被他的诚心感动，于是带领黄帝来到石头屋子前。广成子正躺在床上不起来，黄帝在台阶下跪拜，说：“听说先生明白最根本的道，希望先生能告诉我，怎样修养身心，才能活得长久？”广成子没有回应。黄帝再次跪拜，说：“我希望听您讲讲天道的关键、阴阳变化的规律。”
广成子这才猛地坐起身，说：“你问的这个问题，正好问到了道的精髓！我告诉你：最根本的道的精华，深邃幽暗；最根本的道的极致，昏沉静默。不看不听，保持精神的宁静，身体自然会保持健康。一定要保持安静、保持清净，不要让身体劳累，不要让精神动摇，这样才能长生。眼睛不要乱看，耳朵不要乱听，心里不要胡思乱想，你的精神就会守护身体，身体就能长生不老。”说完，广成子传授给黄帝《自然经》一卷，又指向昆仑山的方向，说：“昆仑山是天帝在人间的都城，有西王母住在那里，你可以去拜见她，获得象征土德的凭证。”
黄帝感谢广成子后，就前往昆仑山。昆仑山方圆八百里，高达万仞，山上长着一种叫木禾的植物，高达五寻（一寻约八尺），树干粗达五围（一围指两臂合抱的长度）；东边有青鸟栖息，西边有三足乌站立，北边有九尾狐游走。黄帝走到昆仑山上，看到西王母乘坐着云车，由白虎驾车，左右两边有仙女手持旗帜，仙乐缭绕。西王母对黄帝说：“你治理天下有功，德行和土的特性相契合，天下的中央属于土，土是万物生长的根本，你应当承接土德，成为中央天帝。”于是授予黄帝玄圭（象征土德的祥瑞之物），又赏赐他长生不老药，说：“这药可以帮助你飞升成仙，但你需要先回到人间，了结尘世的缘分。”
黄帝带着玄圭和长生药返回部落，知道自己即将离开人间，于是召集大臣们，立昌意为太子，叮嘱他们说：“我离开后，你们要辅佐昌意，遵守我的治国之法，不要丢失华夏的精神根基。”又把《黄帝内经》、音律知识、文字方法，一一托付给大臣，百姓们听说后，都痛哭流涕地挽留他。
黄帝在鼎湖岸边，修筑祭坛炼制丹药。丹药炼成那天，天空中出现吉祥的云彩，一条黄龙从天上降落，鳞片反射着太阳的光芒，胡须像悬挂在天空的云彩一样长。黄龙低下头，对黄帝说：“天帝召唤你，可以乘坐我上天。”黄帝登上龙背，大臣和百姓们争相抓住龙的身体，想跟着黄帝一起上天，黄龙抖动鳞片，人们都掉落在地上，只有黄帝和七个人飞升上天。百姓于是取出黄帝留下的衣服和帽子，埋葬在桥山，这就是黄帝陵。
黄帝飞升上天后，天帝任命他为“中央土德帝”，居住在紫微宫，统管四方天帝（东方青帝太昊、南方赤帝炎帝、西方白帝少昊、北方黑帝颛顼），主管五行中的土元素，负责孕育万物。他虽然在天界，却依然牵挂着华夏百姓：看到人间发生瘟疫，就托梦给岐伯，让《黄帝内经》完整地流传下来；看到诸侯之间发生纷争，就派遣神龙下凡，显示“龙的后裔同出一源”的征兆，让诸侯停止战争；看到百姓遭遇灾荒，就命令风雨按时到来，让五谷丰收。
后来道教兴起，尊奉黄帝为“修仙始祖”，说他得到广成子传授的道法，丹药炼成后飞升成仙，成为道教“三清”之下的重要神灵。而华夏子孙，无论身处哪个地方，都自称“黄帝子孙”“龙的传人”——黄帝讨伐蚩尤时的勇猛，创造文字时的智慧，开创医药时的仁心，飞升后对人间的庇佑，早已变成华夏民族的精神基因，跨越千年时光，永远不会磨灭。