在与普罗维登斯实验室的对抗进入白热化阶段后，11号一行人围绕摧毁病毒样本、守护小岛展开了一系列惊心动魄的行动，从深入敌营到化解危机，每个环节都充满挑战与转机。
小岛密室内气氛凝重，11号铺开手绘的普罗维登斯实验室地图，用石子标注关键位置，组织众人商讨作战方案。马克斯激动地提出强攻设想，却被11号凭借丰富经验冷静否决，最终确定采用潜入战术。随后，众人分工明确：擅长技术的阿雅负责破解实验室系统，心思细腻的凯伦制作假证件，马克斯则留守小岛防备偷袭。在变装准备阶段，11号带领莉娅和露娜采集能变色的特殊植物纤维，阿雅用沉船电脑打印工作证件，凯伦仔细模仿签名笔迹，11号还亲自传授简易易容技巧。准备就绪后，11号、阿雅、凯伦与一名同伴乘坐自制木筏靠近实验室，身着仿制实验服。在第一道关卡，11号沉稳应对守卫盘问，成功通过检查，但进入内部后，人脸识别摄像头的出现让气氛骤然紧张。
众人进入实验室深处，危机四伏。红色激光网格遍布地面，一旦触碰便会触发警报；天花板垂下毒气喷头，墙壁上机械眼来回扫描；远处还传来机器人巡逻的机械声，众人只能躲进杂物间暂避。为突破困境，11号仔细观察激光规律，用长杆试探出安全路线，变装成清洁工后接近监控室，利用磁卡干扰设备，为阿雅争取时间接入系统删除监控记录。然而，即将到达核心实验室时，一名高级研究员对11号产生怀疑，伸手要摘他的口罩，11号果断先发制人将其制服，战斗声响惊动了巡逻队，局势急转直下。
实验室拉响红色警报，11号迅速换上追兵制服，带着阿雅和凯伦混入追捕队伍，通过反向引导追兵、故意制造混乱引发小规模爆炸等方式，试图摆脱困境。过程中，11号听到两名追兵交谈，抓住机会施展离间计，故意透露虚假情报，制造不同部门间的矛盾，使追兵分成两派互相指责。利用混乱，他们甩开追兵，继续寻找病毒实验室，并在通风管道偶遇一名神情恍惚的研究员。经交谈得知，对方曾是IcA成员，被普罗维登斯控制，还透露病毒核心样本与11号的基因密切相关，这一重大发现为后续行动指明了方向。
众人找到实验室档案，证实普罗维登斯一直在利用11号的基因研发病毒，企图复制其战斗天赋制造基因战士，阿雅更发现病毒设计图关键数据与11号基因序列完全吻合。这一真相让11号陷入痛苦回忆，回想起作为克隆体的悲惨过往，内心充满挣扎与自我怀疑。关键时刻，莉娅暖心安慰，强调他是大家的守护者，让11号重新振作，发誓要彻底摧毁病毒。面对基因样本库的三重防护（密码锁、虹膜识别、活体检测），凯伦破解密码失败，在时间紧迫的情况下，11号决定冒险强行突破，制定了阿雅干扰系统、凯伦吸引守卫、自己正面强攻的计划。
在基因样本库前，众人遭遇装备精良、力大无穷且皮肤坚硬如铁的基因强化战士，普通武器难以对其造成伤害，11号灵活躲避攻击，努力寻找敌人弱点。战斗中，他巧妙利用环境优势，将敌人引入狭窄通道限制行动，发现战士颈部是弱点后，用匕首成功击倒一名敌人。与此同时，阿雅和凯伦全力破解防护系统，最终打开样本库大门。进入样本库，11号用激光枪击碎所有装满病毒样本的容器，凯伦则删除核心数据，实验室随即启动自毁程序，众人紧急撤离，成功完成摧毁病毒的艰巨任务。
四人顺利返回小岛，受到孩子们的热烈欢迎。马克斯激动地拥抱11号，露娜为他们戴上花环，篝火晚会上大家分享战斗经历，欢声笑语不断。之后，众人开始规划未来，11号提议建立基因研究中心，用科学造福人类；阿雅和凯伦着手设计新的防御系统，提升小岛安全；莉娅则计划培育新品种植物，用于医疗和生态保护。然而，庆祝活动接近尾声时，11号发现海面上出现神秘船只，船只灯光闪烁组成奇怪信号，他警觉起来，提醒众人做好应对新挑战的准备，新的危机悄然降临，小岛的未来又蒙上一层未知的阴影 。