在一座与世隔绝的小岛上，一群孩子平静的生活被IcA（国际基因协会）的突然造访打破。原本就对外部势力充满警惕的孩子们，因莉娅的一则预言陷入了巨大的恐慌与混乱之中，自此，小岛被卷入了一场惊心动魄的危机漩涡。
莉娅的预言宛如一颗重磅炸弹，瞬间在小岛上引发轩然大波。马克斯愤怒地挥舞着鱼叉，认定IcA居心不良，坚决主张将其驱逐；露娜则焦急地哭着，强调IcA可能掌握着对抗普罗维登斯的关键情报，不能轻易放过这个机会。双方各执一词，争吵声此起彼伏。最终，11号为了探寻普罗维登斯的阴谋，决定带领阿雅和凯伦与IcA代表威廉进行谈判。然而，谈判过程中，阿雅用基因检测仪发现威廉的公文包里藏着能锁定孩子们基因信号的微型追踪器，这一发现瞬间激化了矛盾。
马克斯听到密室里的动静后，误以为IcA要对11号等人不利，立即带着一群手持自制武器的孩子冲进密室。威廉的手下也迅速掏枪，双方剑拔弩张，一场冲突一触即发。关键时刻，11号挺身而出，大声怒吼喝止了双方，暂时稳住了局面。在11号的强硬要求下，威廉当着众人的面毁掉了追踪器，这场危机才得以暂时平息。
风波稍定，威廉向孩子们展示了一个惊人的情报。他打开黑色箱子，全息投影仪投射出的地图上，密密麻麻的红色标记显示着普罗维登斯的实验室。威廉严肃地指出，其中一个实验室正在研制可怕的“末日病毒”，这种病毒能够改写人类基因，将人变成任人摆布的傀儡。凯伦进一步发现，这个实验室距离小岛不到200公里，且病毒已进入最后的测试阶段。更令人震惊的是，孩子们的基因中竟然蕴含着能完美中和病毒的特殊物质，这也是普罗维登斯执着于抓捕他们的原因。
就在大家商议应对之策时，岛上的警报突然响起。凯伦发现防御系统遭到黑客入侵，正在自动关闭。11号果断下令，让阿雅和马克斯带人前往控制中心排查。在那里，他们发现了威廉的一个手下正在疯狂删除数据。面对质问，这名手下不仅毫无悔意，还掏出枪进行威胁。马克斯怒不可遏，率先冲上前与他展开搏斗。在激烈的打斗中，马克斯虽然勇猛，但也逐渐落入下风。危急时刻，11号及时出手，将内鬼制服，众人这才发现他脖子后面的普罗维登斯条形码标记，证实了他的叛徒身份。
内鬼被制服后，普罗维登斯的无人机群铺天盖地地袭来。此时的小岛防御系统尚未恢复，情况万分危急。就在众人绝望之际，威廉站了出来，他表示自己带来的Emp干扰器能够瘫痪无人机，并提出了一个冒险的计划：由11号带人吸引无人机群的火力，为他争取在灯塔上安装干扰器的时间。尽管对IcA仍心存疑虑，但为了守护小岛，11号还是决定冒险一试，马克斯、露娜等孩子也纷纷响应，主动加入战斗。
海滩上，孩子们与无人机展开了激烈的对抗。露娜用投石机击落无人机，马克斯挥舞鱼叉与敌人近身搏斗，11号则全力保护着同伴。威廉带领其他人争分夺秒地在灯塔上安装干扰器。然而，普罗维登斯的第二波无人机群装备了抗电磁干扰装置，继续发动攻击。关键时刻，凯伦对干扰器进行超频改装，成功释放出强大的电磁脉冲，将所有无人机瘫痪，小岛终于转危为安。
战斗结束后，威廉真诚地向11号表达了合作的意愿，他坦言IcA过去确实做过许多错事，但这次真心希望能与孩子们携手，共同阻止普罗维登斯的邪恶计划。11号盯着威廉看了许久，最终伸出手，握住了他的手。这一刻，曾经的对立与猜疑暂时放下，双方达成了意外的同盟，共同踏上了对抗普罗维登斯的艰难征程 。