崇祯皇帝的铁腕清洗和宫廷内的剧变，如同投入湖面的巨石，激起的涟漪迅速扩散，演变成了席卷整个京师的滔天巨浪。
最先有所反应的，便是那些自诩为“清流”的士子群体。他们如同被捅了马蜂窝一般，纷纷涌上街头。各种抨击皇帝、痛骂厂卫的言论，通过传单、檄文、乃至街头巷尾的演说，四处散播。他们将崇祯皇帝比作夏桀商纣，痛斥其“宠信阉宦，残害忠良，倒行逆施，致使天怒人怨！” 指责的焦点，集中在皇帝重开三厂、纵容厂卫横行、废黜（实为削减）养济院、与民争利（指抄家）等“暴政”之上。他们高喊着“清君侧，诛阉党”的口号，要求皇帝立刻撤除三厂一卫，严惩王承恩、方正化、曹化淳、李若链等“权阉爪牙”，并为在承天门外“死难”的士子鸣冤昭雪！一时间，手持纸片、慷慨激昂的游行队伍，在北京城内各处出现，声势浩大，迅速蔓延全城。
这股由士子点燃的火焰，很快便引来了早已在绝望边缘徘徊的另一股力量——城内外的流民乞丐。他们或许不懂什么“清流”、“阉党”的复杂争斗，但他们能听懂士子们口中对朝廷“废黜养济院”、“致使百姓流离失所”的控诉！这直接戳中了他们心中最深的痛处！于是，大批原本蜷缩在破庙、桥洞、小巷中的流民，也纷纷响应士子的呼声，走上街头。他们衣衫褴褛，面带菜色，却也汇聚成一股不可忽视的力量，高喊着“要饭吃”、“要活路”的口号，加入到游行的队伍中。一些情绪激动的流民，甚至直接围堵了负责治安和部分赈济事务的北城兵马司衙门，要求官府立刻开仓放粮。
士子的鼓噪与流民的骚动合流，使得京师的街头秩序迅速崩溃。商铺纷纷关门，小贩们推着摊车仓皇躲避，普通百姓则家家闭户，唯恐被卷入这场突如其来的风波之中，人人自危。
就在京城因士子煽动、流民响应而陷入混乱之际，针对李氏（康妃）和郑氏（郑三俊）家族的清洗行动，仍在残酷地进行着。街头巷尾，关于这两家“毒害皇帝”、“图谋不轨”的传言（或许有厂卫在暗中推波助澜）不胫而走，更让这场清洗显得“名正言顺”。锦衣卫缇骑四处出动，查抄相关府邸，抓捕牵连之人。由于涉案人员众多，且不少人狗急跳墙，负隅顽抗，抓捕过程中甚至发生了激烈的冲突，连带队的锦衣卫掌使（高级军官）都遭到了家丁死士的袭击而受伤，足见局势之骤变与凶险。
与之形成鲜明对比的，是负责维持地方治安的五城兵马司的瘫痪。以被流民围堵的北城兵马司为例，衙门内的差役兵丁们一片混乱。上头命令不明，只让他们“严守衙门，不得擅自出动”。面对外面汹涌的人潮和城内各处燃起的烽火，他们束手无策，只能眼睁睁看着局势恶化。
衙门后院，一个名叫老王的差役，听着外面越来越响的喧哗声和隐约传来的打砸声，心中焦急万分，他家就在衙门附近不远。“婆娘孩子……不会有事吧？” 他坐立不安。几个相熟的弟兄看出了他的心思，悄悄对他使了个眼色，趁着长官不注意，掩护着他从后门溜了出去，回家查看。军纪？命令？在自身的安危和家人的安危面前，早已被抛诸脑后。而老王溜出去后看到的景象，更是让他心惊胆战：街面上混乱不堪，成群的流民如同蝗虫过境，砸开铺门，哄抢货物，甚至开始冲击一些看起来不够坚固的民宅，形同公开的流寇！
就在这混乱的当口，有“清流”背景的巡城御史董良，带着几个随从，来到了北城兵马司衙门。他看到衙门紧闭，差役龟缩，又听到外面流民的叫嚣，勃然大怒。他并未想着如何安抚流民、恢复秩序，反而将怒火撒向了守门的差头（低级军官）。他以“玩忽职守、畏缩不前”为名，竟不经任何审问，当场下令自己的随从，将那名可怜的差头拖出来，活活打死！他想用这种滥杀无辜的方式，来震慑兵马司的差役，强迫他们出动去“弹压刁民”。
剩下的差役们见到顶头上司被御史如此草菅人命般地打死，个个是又惊又怒又怕！他们强忍着拔刀反抗的冲动，只是低着头，敢怒不敢言。衙门内外，气氛紧张到了极点，一场兵变似乎一触即发！
然而，就在这千钧一发之际，一队行动迅捷、眼神锐利的东厂番役，如同从天而降，突然出现在了兵马司衙门门口！为首的，正是那名在酒楼抓捕马奎、又在周府内立下功劳的刘档头！
刘档头看了一眼地上差头的尸体，又看了看旁边兀自盛气凌人的董御史，二话不说，直接上前！
“董良！” 刘档头声音冰冷，“你身为巡城御史，不思安抚军民，反而滥杀朝廷命官，激化矛盾，是何居心？！奉东厂提督王大人令，将尔就地正法！”
不等董良反应过来，刘档头已经抽出腰间的短刃，手起刀落，直接将这位还在耀武扬威的“清流”御史斩杀当场！
他一脚踢开董良的尸体，对着周围目瞪口呆的兵马司差役们厉声喝道：“此官为官不仁，滥杀属下，现已伏诛！尔等听令！立刻整队！随我等出动，平定城中暴乱！但有迟疑、畏缩不前者，以同党论处！”
东厂的强势介入和血腥手段，瞬间震慑了全场！那些原本还处于混乱和愤怒边缘的差役们，此刻在厂卫的威压之下，不敢再有任何异动，只能下意识地服从命令，开始重新整队。北城兵马司的控制权，就这样戏剧性地、也是必然地，落入了东厂的手中。京师的这场大乱，也即将迎来更加残酷的铁腕镇压。