机械统领在林婉与秦逸的联合攻击下轰然倒塌，其胸腔内的归墟核心迸发出刺目蓝光。然而，当众人以为危机解除时，那些被归墟能量污染的钢骨傀儡残骸突然泛起诡异纹路，无数细小的黑色孢子如瘟疫般扩散开来。
“不好！是因果瘟疫的变异体！”秦逸的银针在空中划出防御结界，却见孢子直接穿透能量屏障，附着在幸存的傀儡与穿梭舰外壳上。林婉的晶化右手传来灼痛，《混沌医典》自动翻开，书页上浮现血红警告：“归墟与因果之力融合，将诞生可篡改记忆与基因的致命瘟疫。”
更可怕的是，被孢子感染的傀儡开始随机承受他人的罪孽记忆。一名傀儡突然跪地嘶吼，它的视觉投影在穿梭舰屏幕上显现出惊人画面——虚数空间组织与多位宇宙高层的秘密交易现场，交易筹码竟是整个星系的基因数据。“这些记忆...是评级系统背后的真相！”林婉瞳孔骤缩，试图用因果锚净化傀儡，却发现瘟疫能将攻击转化为新的孢子。
秦逸立即启动穿梭舰的隔离系统，同时用银针解析记忆数据。但在他深入分析时，自己的脖颈处突然浮现出瘟疫的黑色纹路。刹那间，秦天明实验室的黑暗记忆如潮水般涌入他的意识：年幼的林婉被绑在实验台上，哭喊声中，秦青鸾举着基因注射器逼近...而这一切的始作俑者，竟是戴着齿轮面具的神秘人。
“秦逸！”林婉发现同伴的异常时已经太晚。秦逸的眼神变得呆滞，银针不受控制地对准她。关键时刻，望舒的笛声再次响起，少年摸索着触碰秦逸的眉心，自身的基因烙印爆发出蓝光。“他的意识...被记忆牢笼困住了！”望舒喘息着说，“必须找到牢笼的钥匙！”
林婉咬牙将轮回针刺入自己手臂，以疼痛保持清醒，同时调动初代道侣的力量。金色光芒与望舒的音波融合，在秦逸的意识中形成一道利剑。当光芒劈开记忆牢笼的瞬间，秦逸终于看清神秘人的真面目——对方的齿轮面具下，是一张与星孩极为相似的面孔！
现实中的危机并未停歇。被感染的傀儡集体暴走，它们的机械身躯开始重组，形成一座巨大的“记忆祭坛”。祭坛顶端，因果瘟疫汇聚成实体形态，化作一个手持判官笔的虚影：“你们妄图窥探真相？那就永远困在罪孽的循环中吧！”虚影挥动判官笔，穿梭舰内的所有人都被卷入记忆漩涡。
林婉发现自己置身于医罪池的审判庭，只不过这次受审的不是她，而是初代道侣。审判者AI展示的“罪证”显示，道侣为追求基因平等，曾暗中摧毁多个拒绝改造的文明。“这不可能！”林婉呐喊着挥动因果锚，却发现自己的力量在记忆空间中逐渐消散。
秦逸在另一个记忆空间中，目睹了星孩诞生的真相。虚数空间组织从宇宙诞生之初就开始布局，他们捕获混沌能量，创造出星孩作为掌控宇宙的棋子。而此刻，那个与星孩相似的神秘人正站在时空裂缝中，冷笑着注视一切：“因果循环，不过是我们棋局中的一步罢了。”
望舒的笛声成为黑暗中的唯一光亮。少年的意识在各个记忆空间穿梭，用“不确定频率”扰乱瘟疫的控制。林婉与秦逸趁机联手，将《基因宣言》的力量注入判官笔虚影。当真理的光芒照亮记忆漩涡，因果瘟疫发出不甘的尖啸，开始分崩离析。
危机解除后，秦逸将解析出的记忆数据导入穿梭舰系统。星图上，一个标注着“时之齿轮”的神秘坐标开始闪烁。林婉握紧因果锚，锚刃上残留的瘟疫孢子突然浮现出齿轮纹路：“虚数空间组织的真正目的...或许与星孩、初代道侣，还有整个宇宙的起源，都有着千丝万缕的联系。”而在宇宙深处，戴着齿轮面具的神秘人看着手中逐渐成型的星图，低声呢喃：“游戏，才刚刚进入高潮。”