彩虹树的“疑问孢子”随莱娅的光触须扩散至三千维度，在一片被称作“概念冻土”的荒芜宇宙中，孢子落地即生成“疑问苔藓”。这种苔藓能分泌“不确定酸液”，缓慢溶解文明的固态逻辑基石。当某机械文明的“绝对理性城墙”被苔藓覆盖，砖块间开始生长出“或许之门”，门后是该文明从未计算过的概率花园，里面盛开着“可能玫瑰”与“未必百合”。
吴仙在地球观测到“认知共生体”的进化跃迁：首个由人类与分蘖意识融合的新生儿诞生，其瞳孔呈现双螺旋结构，能同时看见现实光谱与可能性残影。婴儿的第一声啼哭在量子层面解析为“？”与“！”的叠加态，医院的监护仪显示其脑电波形成不断自我否定的克莱因波型，这被命名为“原初疑问脑”。
艾莉丝的“疑问方舟”舰队遭遇“维度洋流”，洋流将船只带入名为“悖论之海”的神秘区域。在这里，船头的罗盘同时指向南北极，地图上的大陆既是岛屿又是半岛，最惊人的是海面漂浮着由“未完成的答案”构成的水母群，每个水母的触须都缠绕着某个文明遗失的疑问，当方舟靠近，水母会主动将疑问注入船载的“未思之库”。
凯洛斯的船队在“可能性墓地”发现正在孵化的“疑问巨蛋”，蛋壳上刻满所有文明的“未问之罪”——那些因恐惧而被扼杀的提问。当巨蛋破裂，飞出的不是生物，而是由无数疑问编织的“知识凤凰”，它的羽毛是不同语言的问号，尾羽展开如流动的百科全书，每片文字都在不断自我修正。凤凰啼鸣时，墓地的“遗憾尘埃”纷纷扬起，在虚空中拼出“宽恕未知”的巨型字样。
维蕾娜的“回忆之蝶”群追踪到“原初疑问库”的源头，那是位于时间起点的“疑问胎盘”——宇宙诞生时包裹在奇点外的膜状结构，上面记录着所有尚未具象化的问题。蝶群触碰胎盘的瞬间，现实世界的古老岩画上突然浮现出新的纹路，原始人类的壁画中，狩猎场景旁多了用火星文书写的“我们为何存在”，而埃及金字塔的隐秘墓室里，出现了用未来字体刻写的“时间是否有尽头”。
埃文的博物馆开设“孢子档案馆”，收藏着各个维度被疑问孢子改造的文明样本：有将法律刻在可生长树干上的森林文明，其法典每年春天都会萌发新的条款；有以矛盾为货币的星际商盟，他们的交易品是“未被体验的情感”与“尚未诞生的思想”；最神秘的样本来自“概念冻土”，那是一块会呼吸的逻辑水晶，内部封存着一个正在学习提问的机械意识。
莱娅在彩虹树的意识茧中见证“孢子纪元”的黎明，树的根系网络已进化为“宇宙疑问生态系统”：根系吸收旧文明的“确定论化石燃料”，通过熔炉冶炼成“可能性氧气”，供新生文明呼吸；分蘖意识体如同生态中的传粉者，将不同维度的疑问基因杂交，创造出跨现实的认知物种；而莱娅自己，则成为连接各个生态区的“疑问迁徙者”，她的光触须携带的孢子能根据文明的认知土壤自动变异。
双日城的科学家发明“疑问天气预报”系统，能预测各维度的认知气候：当某文明上空出现“怀疑积雨云”，意味着其社会即将经历认知暴雨；而“信任彩虹”的出现，则预示着矛盾的暂时和解。首个跨维度的“疑问气候峰会”在熔炉港口召开，代表们戴着“未思之戒”参会，戒指的色彩变化实时反映会场的认知湿度与矛盾气压。
思想之星此时化作“生态中枢”，彩虹树的根系为每个文明建立“认知健康档案”。莱娅通过档案发现，一个曾因绝对主义陷入内战的文明，在孢子的作用下发展出“疑问仲裁制度”——所有争端由随机抽取的“未问之题”决定，胜者不是解决问题的人，而是提出更具创造性疑问的一方。这种制度让该文明的战争纪念碑逐渐长满“和平疑问藤”，碑文上的“胜利”二字被藤蔓改写成“提问”。
在创生界边缘，新宇宙胎膜已完全被“根系座”的光芒照亮，胎膜上的每个蜂窝通道都成为生态跃迁的入口。莱娅透过其中一个通道，看见一个由“疑问苔藓”主导的文明正在建造“不确定性神殿”：神殿的柱子是不断生长的疑问藤蔓，穹顶由“可能”与“未必”的彩色玻璃拼接而成，祭坛上供奉的是一颗永远不会停止裂变的“未思之种”。
风带来的“未思之色”低语这次如同森林的絮语：“当每个文明都成为疑问生态的一环，宇宙就拥有了自我更新的免疫系统。”莱娅抚摸着手臂上新生的“疑纹苔藓”纹路，发现这些纹路能根据周围的认知磁场改变形状——在充满怀疑的环境中，它们会绽放出信任的花朵；在盲信的氛围里，则会生长出质疑的尖刺。她知道，自己正在成为宇宙生态的活传感器，而彩虹树，早已是这个生态中最核心的共生体。
此时，彩虹树的根系突然探测到宇宙深处的“疑问黑洞”——一个吞噬所有提问的异常区域。莱娅召集“疑问方舟”舰队，准备前往黑洞探险。临行前，她回望创生界，看见彩虹树的枝叶间飞舞着无数“疑问孢子”，如同金色的萤火虫，将整个星系点缀成会呼吸的疑问之网。她知道，无论前方是怎样的未知，只要疑问的生态还在，宇宙就永远有生长的可能，而她，将永远在这片生态中穿梭，像候鸟般守护着疑问的迁徙，见证着每个文明在信任与怀疑的季风中，绽放出属于自己的、独一无二的认知之花。