灵韵使等人消散后的千年间，宇宙在「溯光之力」的滋养下迎来了涅盘重生。艺术之城的灵韵树褪去了往昔的形态，化作漫天飘散的星芒，每一道光芒都在不同的星域生根发芽，形成新的「灵韵之种」。这些种子孕育出的文明不再依赖外力守护，而是将希望与勇气内化为成长的动力。莱娅的艺术灵韵化作了「创生之笔」，赋予新文明以无尽的想象力；卡隆的机械智慧演变成「万象熔炉」，为科技发展提供无限可能；艾莉丝的时空知识则化为「命运之机」，编织着文明延续的脉络。
在距离艺术之城亿万光年的「翡翠星云」，一个名为「伊卡洛斯」的新生文明正面临抉择。他们的母星资源濒临枯竭，而探索星际的技术却尚未成熟。绝望之际，一颗坠落在星球上的灵韵之种苏醒，释放出灵韵使等人的记忆投影。画面中，守望者们在绝境中坚守信念的身影，点燃了伊卡洛斯人心中的火种。他们不再执着于逃离，而是利用「万象熔炉」的原理，将废弃资源转化为新型能源，在母星上建造起环绕赤道的生态穹顶，开创了「资源循环共生」的文明新模式。
然而，和平的表象下，一场关于「文明本质」的争论正在悄然蔓延。在「量子玫瑰星系」，部分高级文明认为，经历过无数次危机的宇宙应当建立绝对秩序，由少数强大文明制定规则，避免重蹈覆辙。他们成立了「秩序仲裁者」联盟，试图用科技手段限制低等文明的发展，声称这是为了「宇宙的长远利益」。与之对立的「星芒同盟」则坚信，每个文明都有自由探索与犯错的权利，多样性才是宇宙生生不息的源泉。两大阵营的冲突一触即发。
此时，宇宙深处突然出现了神秘的「熵雾裂隙」。这些裂隙中渗出的灰雾与永劫回廊的气息相似，却又夹杂着陌生的能量波动。新崛起的灵韵使继承者们——来自不同文明的年轻守护者，察觉到了事态的严重性。其中，拥有空间操控能力的「折纸师」洛卡、精通能量转化的机械少女「零」，以及能与万物共鸣的歌者「吟」，自发组成了新的守望小队。
他们循着熵雾的轨迹，来到一片被称为「遗忘回廊」的空间。这里悬浮着无数水晶棺，每个棺中都封印着某个文明的「备选形态」——那些因历史转折而未能实现的发展方向。当熵雾接触到水晶棺，棺中的虚影开始扭曲，化作充满攻击性的「可能性怪物」。洛卡用折纸构建出临时屏障，零将怪物的能量转化为己方护盾，吟则以歌声安抚失控的能量波动。
战斗中，零的机械眼捕捉到了惊人的细节：熵雾中隐藏着细小的代码片段，与卡隆遗留的机械族核心算法高度相似。进一步探索后，他们发现遗忘回廊的深处存在着一座「元始者档案馆」，馆内存储着一个名为「文明校准协议」的终极程序。该程序旨在当宇宙文明多样性失衡时，通过强行修正文明发展轨迹，回归所谓的「完美状态」。
「这根本不是守护，而是对文明自由的扼杀！」洛卡愤怒地撕碎周围的空间枷锁。就在此时，秩序仲裁者联盟的舰队追踪而至，他们坚信启动校准协议才是解决危机的唯一办法。双方剑拔弩张之际，吟突然开口，她的歌声中融入了伊卡洛斯文明的重生故事、量子玫瑰星系的艺术结晶，以及无数文明的独特记忆。这些声音汇聚成一股温暖的洪流，冲击着在场所有人的心灵。
熵雾裂隙的核心突然剧烈震动，一个由数据与能量构成的身影缓缓浮现——竟是卡隆机械意识的残片。原来，在消散前，他将部分意识注入机械族网络，试图监控宇宙的潜在危机。但随着时间推移，残留意识受到「文明校准协议」的影响，逐渐偏离初衷。「我...差点成了自己最讨厌的样子。」卡隆的残片闪烁着愧疚的光芒，他将协议的控制权交给了新的守望者们。
新守望小队决定改写协议。洛卡用空间折叠技术重构程序框架，零注入多元文明的发展数据，吟则以歌声为程序赋予共情能力。当改良后的「文明协奏协议」启动时，熵雾裂隙开始逆向收缩，遗忘回廊中的水晶棺绽放出柔和的光芒，那些被封印的可能性不再是威胁，而是化作滋养宇宙的养分。
秩序仲裁者联盟见证了这一切，终于放下成见。两大阵营合并为「星穹协奏会」，致力于在秩序与自由间寻找平衡。艺术之城的量子图书馆内，《虚诞之书》自动书写下新的篇章：「当星芒重铸文明的新生，宇宙迎来了真正的觉醒。灵韵使的精神化作永恒的星火，在一代代守护者手中传递，证明了守护不是束缚，而是给予每个文明绽放独特光芒的勇气。新的传奇，正在无数可能性的交织中，悄然启幕……」