至正十一年的夏天，汴梁城的日头毒得能把青石板晒裂。城西门外的大槐树下，说书的张老汉正唾沫横飞地讲着哪吒闹海的故事。围坐着的百姓们听得入神，却没人注意到街角茶馆二楼，有个青衫书生正皱着眉头品茶。
这书生姓陈名元，本是杭州府学的廪生，因看不惯官场腐败，去年辞官游历天下。此刻他正为写一部《三教源流考》四处搜集素材，却不想在汴梁城遇到了怪事。
昨日傍晚，陈元在相国寺外看到一个小沙弥被几个泼皮欺负。他刚要上前解围，却见一个道士突然出现，三两下就把泼皮们打跑了。那道士长得仙风道骨，腰间挂着个紫金葫芦，临走时还冲陈元微微一笑，弄得他莫名其妙。
“客官，再来壶碧螺春？”店小二的声音打断了陈元的思绪。他抬头一看，发现茶馆里不知何时多了个灰袍和尚，正坐在角落闭目养神。那和尚的僧袍破旧不堪，却收拾得干干净净，胸前挂着一串紫檀念珠，隐隐泛着红光。
陈元心中一动，起身走到和尚面前，双手合十道：“大师有礼了，在下陈元，不知能否与大师请教一二？”
和尚睁开眼睛，眼中闪过一丝惊讶，随即笑道：“施主客气了，贫僧法号了空，云游至此。不知施主有何指教？”
陈元刚要开口，忽听楼下传来一阵喧哗。他探头一看，只见几个公差正押着一个年轻道士往衙门方向走。那道士披头散发，身上的道袍沾满了血迹，但眼神却依然桀骜不驯。
“这是怎么回事？”陈元问店小二。
店小二压低声音道：“客官有所不知，这道士叫清风子，是城外三清观的。听说他昨日在城隍庙前打死了人，官府正要拿他问罪呢。”
陈元皱了皱眉，回头看向了空和尚，却发现对方也正盯着楼下的道士。两人对视一眼，都从对方眼中看到了一丝疑惑。
次日清晨，陈元带着干粮，独自一人来到了城外的三清观。这座道观建在一座小山上，红墙碧瓦，气势恢宏。只是此刻观门紧闭，门口还贴着官府的封条。
陈元绕到观后，发现有个侧门虚掩着。他轻轻推开，只见里面是个小院子，地上散落着几片枯叶。正房的门半开着，里面传来断断续续的咳嗽声。
陈元小心翼翼地走进去，只见一个老道士正躺在炕上，脸色苍白如纸。他旁边坐着个小道童，正端着一碗药汤，眼泪汪汪地看着老道士。
“道长，您喝点药吧。”小道童哽咽着说。
老道士摇了摇头，虚弱地说：“没用了，为师大限已至。清风子那孩子……唉，都是为师管教不严。”
陈元心中一动，上前说道：“道长，在下陈元，是来调查清风子之事的。不知能否与您详谈？”
老道士抬起头，看了陈元一眼，叹了口气道：“施主请坐。清风子这孩子命苦，自幼父母双亡，是为师将他养大。他天性纯良，怎会无故杀人？其中必有隐情。”
原来，清风子昨日在城隍庙前遇到了一个恶霸，那恶霸正在欺负一个卖花的小姑娘。清风子路见不平，出手相助，却不想那恶霸是当地县令的小舅子。双方争执之下，恶霸被清风子失手打死，县令便以此为由，要治清风子死罪。
“那恶霸名叫王老虎，平日里无恶不作，百姓们敢怒不敢言。”老道士恨恨地说，“清风子这孩子，唉……”
陈元点点头，问道：“道长，您可知清风子现在被关在哪里？”
“应该是在县衙的大牢里。”老道士说，“施主若能救他一命，老道士来世做牛做马也要报答。”
陈元站起身，郑重地说：“道长放心，在下一定尽力而为。”
从三清观出来，陈元直奔县衙。他本想找县令理论，却被衙役拦在门外。无奈之下，他只好来到城隍庙，想看看能否找到什么线索。
城隍庙内冷冷清清，只有一个老庙主在扫地。陈元上前打听，老庙祝却摇头道：“客官，这事儿我可不敢多说。王老虎的姐姐是县令夫人，咱们平头百姓可惹不起。”
陈元正失望间，忽听身后有人说道：“陈公子，别来无恙？”
他回头一看，竟是昨日在茶馆遇到的了空和尚。了空和尚双手合十，微笑道：“贫僧昨日见陈公子对清风子之事颇为关注，想必也是个仗义之人。不如咱们一起想办法？”
陈元大喜，忙道：“大师有何高见？”
了空和尚压低声音道：“贫僧听说，王老虎的死另有隐情。或许我们可以从他的尸体入手，找出真正的凶手。”
两人商议一番，决定先去停尸房查看王老虎的尸体。夜幕降临后，他们翻墙进入县衙，找到了停尸房。
停尸房里阴风阵阵，王老虎的尸体躺在一张木板床上，身上盖着一张白布。陈元掀开白布，只见王老虎的胸口有一个深深的掌印，皮肤呈青紫色，显然是中毒而死。
“这掌印不像是清风子的。”陈元皱眉道，“清风子是道士，修炼的是道家内功，掌力应该是刚猛路子，而这个掌印却阴柔诡异。”
了空和尚点点头，道：“贫僧也觉得奇怪。或许，真正的凶手另有其人。”
就在这时，门外突然传来一阵脚步声。两人急忙躲到暗处，只见一个黑衣人闪身进来，直奔王老虎的尸体而去。黑衣人从怀中掏出一个小瓶，正要往尸体上洒什么，陈元突然大喝一声：“住手！”
黑衣人一惊，转身就跑。陈元追出去，却发现对方轻功了得，转眼间就消失在夜色中。
回到客栈，陈元与了空和尚彻夜未眠。他们分析，王老虎的死可能与三教中的某一派有关。那掌印阴柔诡异，很像是佛教密宗的手法，而黑衣人使用的毒药又带有道教的特征。
“难道是三教中的某一派在背后搞鬼？”陈元疑惑地说。
了空和尚沉思片刻，道：“贫僧听说，最近江湖上出现了一个神秘组织，自称‘三教合一’，专门从事暗杀活动。他们的成员来自儒、释、道三教，手段诡异，行踪不定。”
陈元点点头，道：“看来我们得从这个组织入手。明日我去拜访汴梁城的儒学院，大师去打探一下佛教寺庙的情况，如何？”
了空和尚双手合十，道：“善哉善哉。”
次日，陈元来到汴梁城的儒学院，找到了院长李夫子。李夫子是当地有名的大儒，对三教之事颇有研究。
“陈公子所说的‘三教合一’组织，老夫也有所耳闻。”李夫子叹了口气，道，“这些年来，三教之间明争暗斗不断，有些人为了一己私利，竟然勾结外敌，做出卖国求荣之事。”
陈元心中一惊，忙问：“李夫子是说，这个组织与元朝的敌人有关？”
李夫子点点头，道：“不错。据老夫所知，他们暗中与红巾军勾结，企图推翻元朝统治。而王老虎的死，很可能就是他们设下的一个局，目的是挑起三教之间的矛盾。”
陈元恍然大悟，急忙赶回客栈，将这个消息告诉了了空和尚。两人决定立刻行动，揭穿“三教合一”组织的阴谋。
三天后，“三教合一”组织在城外的一处破庙中举行集会。陈元与了空和尚化妆成信徒，混入其中。
破庙内灯火通明，几十个黑衣人正跪在地上，听一个头戴斗笠的神秘人讲话。那神秘人声音沙哑，说道：“弟兄们，我们的计划就要成功了。只要挑起三教之间的矛盾，元朝的统治就会土崩瓦解。到时候，天下就是我们的了！”
陈元与了空和尚对视一眼，正要动手，忽听外面传来一阵马蹄声。紧接着，一群官兵冲了进来，将破庙团团围住。
神秘人大惊失色，正要逃跑，却被陈元拦住。两人交手数招，陈元发现对方的武功果然融合了三教之长，难以对付。
就在这时，了空和尚突然大喝一声，施展佛法，将神秘人定在原地。陈元趁机点了他的穴道，将其擒获。
原来，李夫子早已将消息通知了官府。官兵们趁机将“三教合一”组织一网打尽，清风子也被无罪释放。
三个月后，陈元的《三教源流考》终于完成。在书中，他详细记录了三教之间的恩怨情仇，以及“三教合一”组织的阴谋。这本书一经出版，便在社会上引起了轰动，人们开始重新审视三教之间的关系。
清风子回到三清观，继续修行。了空和尚则云游四方，宣扬佛法。陈元则收拾行囊，准备前往下一个地方，继续他的游历。
临走前，陈元来到城隍庙，向老庙主告别。老庙祝笑着说：“陈公子，你可知道，那‘三教合一’组织的头目是谁？”
陈元摇摇头。老庙祝压低声音道：“就是那个神秘的道士，去年在相国寺外救过小沙弥的那个。”
陈元惊讶地张大了嘴巴。老庙祝接着说：“他本是三教中的奇才，却误入歧途。如今虽然被擒，但江湖上的恩怨情仇，又岂是一朝一夕能了结的？”
陈元叹了口气，转身离去。夕阳下，他的身影渐渐消失在官道上。而汴梁城的故事，还在继续……