此时三藩之乱彻底的平定，于是康熙帝决定对有功之臣和三藩之乱余孽彻底的清除，并斩草除根以绝后患——
这一天早朝，紫禁城金銮殿上，康熙帝立即下旨将抓获的三藩之乱余孽亲自御审——
守先将吴三桂之子吴应鸾、吴应勇、吴应彪；尚可喜之子尚之义、尚之信父子；耿精忠之子耿怀义、耿怀德判处斩立决，并且立即执行，就连在京城长住的康熙帝之女玉格格丈夫吴应熊驸马也没能幸免。
临刑之际 ，玉格格前来向康熙帝哭诉：“皇阿玛！吴应熊可是我的亲丈夫，同时也是你的驸马呀！看在女儿的份上能不能饶了吴应熊一命！”康熙听后，头也不回的说道：“他父亲反叛我大清已是灭族死罪，绝对不行，要么你就彻底的忘了他，要么你们一同赴死！”
面对康熙的绝决，玉格格万念俱灰，其实最为冤屈的是尚可喜，本来其已经答应投降大清王朝罢兵休战，没想到的是却被两个儿子给坑了，玉格格泪眼朦胧，瘫倒在地。这时，朝堂上一位大臣站出，道：“陛下，尚可喜忠心可鉴，实是被逆子连累，如今他已年迈，且曾有降意，可否网开一面，留他一条性命？”康熙陷入沉思，许久，缓缓开口：“念尚可喜曾有归降之意，饶他不死，但其家产充公，圈禁府中，不得外出。”
而另一边，刽子手已将吴应鸾等人押赴刑场。午时三刻，刀落头滚，鲜血溅地。玉格格望着这一幕，眼神空洞。突然，一道黑影闪过，竟是一个神秘高手劫走了吴应熊的尸体。守卫们大呼捉拿，可那高手身法奇快，眨眼间消失不见。康熙得知此事，龙颜大怒，下令彻查，一场新的风波又悄然掀起。
处理完三藩之乱后，康熙帝立即对平定三藩之乱的功臣予以嘉奖——
顺承多罗郡王勒尔锦平乱有功，加封一等忠勇公。
安亲王岳乐平乱有功，加封一等毅勇公。
都统觉罗朱满平乱有功，加封忠义侯，赏赐三眼花翎。
参将周培公、图海、赵乐栋、李光第、张英等人赏赐三眼花翎，并加俸禄白银三千两，由于周培公忠孝两全，特封为盛京提督，会同原镇守大臣佟国维、佟麟纲二人一起镇守我大清祖地盛京，严防准噶尔部趁势作乱，忘其不负朕意，即刻上任，周培公领命，心中感慨万千，深知责任重大。他即刻收拾行装，踏上前往盛京的路途。一路上，他观察着民间的风土人情，也留意着各方的动向。
而那神秘高手劫走吴应熊尸体一事，让康熙寝食难安。他派出了最精锐的密探，四处打听那高手的踪迹和背后的势力。与此同时，在一处隐秘的山谷中，神秘高手将吴应熊的尸体安置好，开始施展一种奇异的法术。只见光芒闪烁，吴应熊竟有了一丝生机。原来，这高手是吴三桂暗中豢养的邪道术士，他一直等待着机会，如今劫走尸体，是想复活吴应熊，再图复仇大计。而周培公这边，刚到盛京不久，就收到了关于准噶尔部蠢蠢欲动的情报，一场新的危机正悄然逼近。
这个时候，康熙帝明白，大清王朝最大的威胁就是平定郑之龙部收复宝岛。由于大清水师一直都落后于郑之龙的宝岛水师，前几次都以大清惨败而归，在加之有郑之龙之侄延平王郑经、郑泰、郑安三人的苦心经营和极擅长于海战的海霹雳施琅的巨大威胁，康熙帝一筹莫展，忧心忡忡——
此时从大臣中突然走出一人，躬身向康熙帝行礼道：“陛下，臣想起一人，他对宝岛一切了如指掌，他定有办法！不过陛下得亲自前往盛京，方能找到收复宝岛之妙策，”康熙听后，眼中闪过一丝希望，忙问道：“此人是谁？”大臣答道：“正是盛京提督周培公。他此前在民间收集各方动向，对宝岛之事或许有所了解。”康熙略一思索，觉得可行，当下便决定微服前往盛京。
数日后，康熙抵达盛京，见到了周培公。周培公得知皇帝来意，献上一计：“陛下，可先分化郑经等人势力，再寻机招降海霹雳施琅。施琅若降，宝岛水师便不足为惧。同时，我们可加紧训练水师，提升战力。”康熙听后，连连称妙。
康熙帝随\/后龙颜大悦——说道：“很好，朕就命令你周培公为福建总督，全权负责收复宝岛！”
周培公听后，连连摇头道：“如今臣是有心无力啊！，况且微臣年老体弱，恐难胜任！”不过微臣向陛下推荐一人，他比微臣更加了解宝岛布防，也更加的有远见和谋略，况且他还跟郑经的宝岛水师总督海霹雳施琅有师徒关系。”
康熙听后，更加的急不可耐，问道：“此人是谁！”周培公拱手道：“此人便是姚启圣。他曾在福建任职，对当地民情、海防极为熟悉。而且他与施琅有师徒之谊，若由他出面招降施琅，成功的可能性极大。”康熙听后，眼中闪过一丝惊喜，忙问道：“这姚启圣如今身在何处？”周培公道：“姚启圣因事罢官，现赋闲在家。”康熙当机立断，道：“即刻传朕旨意，起用姚启圣为福建总督，负责收复宝岛事宜。”
数日后，姚启圣接到任命，即刻赶赴福建。他到任后，一方面积极训练水师，打造战船；另一方面，利用与施琅的师徒关系，暗中派人劝降。而此时，那邪道术士已成功复活吴应熊，他们秘密联络郑经，企图联合对抗大清，一场更为复杂激烈的斗争即将展开。
三藩之乱虽以剿灭，但吴三桂逃脱了追捕，吴三桂带着残兵败将，一路退到了云南昆明，旋即，吴三桂登基为帝，改国号为：大周，定都云南昆明。
称帝的吴三桂想起自己曾经的辉煌，如今损失惨重，数十万大军死亡过半，心中难以接受，变得郁郁寡欢，身体也每况愈下，六个月后，吴三桂突然呕血数升，瞪着眼气绝身亡。
吴三桂死后由其孙子吴世藩继承帝位，此时大清王朝已经将昆明城围得水泄不通，匆忙中，吴世藩忙问众大臣如何应对——
朝中大臣争论激烈，有的说：“陛下，不如投降了吧！至少能够留下大周吴氏血脉！”
此时吴世藩年仅十六岁，颇有些志气，双手拍在龙案上，厉声喝道：“谁在敢言投降，杀无赦，本来我父王名声就已经够臭了，如今在投降清军，世人会怎么看待我们！”就在吴世藩强硬表态之时，那复活的吴应熊带着邪道术士秘密潜入了昆明城。吴应熊见到吴世藩，劝说他联合郑经与大清决一死战，称已与郑经暗中联络，双方联手定能扭转局势。吴世藩本就年少气盛，听后热血沸腾，当下决定依计行事。
另一边，大清这边姚启圣训练水师颇有成效，劝降施琅也有了进展。就在他准备进一步行动时，收到了吴应熊联合郑经的密报。姚启圣立刻意识到局势的严峻，一面加急向康熙汇报，一面调整战略。
康熙得知消息后，果断下令分兵，一部分继续围困昆明，一部分抵御郑经可能的进攻。同时，他催促姚启圣加快招降施琅的进程。一场多方势力交织的大战即将在海上和陆地同时爆发，而吴世藩的大周能否在这重重危机中存活，施琅又是否会归降大清，一切都充满了未知。