此时的永历政权算得上是大明王朝南明后裔最后的一个政权，同时也是南明存在得最久的一个政权，南明虽然拥有二十五万强大军队，然而内部也是矛盾重重，最主要的还是成立得匆忙，没有强大的经济基础。
南明虽然拥有为数不少的猛将，但最要命的是国库空虚，粮草和军饷严重不足，这就见接的削弱了整个军队的作战能力，俗话说粮是军中胆，将是军中威，凡行军打仗粮草先行，就在这关键时刻，前线传来急报，清军正集结重兵，准备向南明发起新一轮大规模进攻。永历帝心急如焚，急忙召集众臣商议对策。朝堂之上，众人各执一词，有的主张坚守城池，等待时机；有的提议主动出击，打乱清军部署。可无论哪种方案，都绕不开粮草和军饷的难题。就在大家一筹莫展之时，一位年轻谋士站了出来，他献上一计：联合周边一些尚未被清军完全控制的反清势力，以利益相诱，换取他们的粮草支持。同时，在国内开展募捐活动，号召富户们为国出力。永历帝权衡再三，觉得此计可行，便立刻派人去落实。然而，这一切能否顺利实施，能否解南明的燃眉之急。
这一切看似可行，然而反清势力本就属于民间组织和贫苦百姓，哪有那么多物质捐拯，就算是乡绅富户也是杯水车薪，加之清兵采取的是分化攻击的策略，击中兵力攻击一点，最终导致南明万历政权极不稳定，各个将领之间都疲于奔命，没能腾出多余的兵力互相帮助，经常是一个地方刚建立，没几天就被清军攻破，然后永历帝朱由榔和众大臣只得寻找下一个都城，从最初的广州城称帝，然后再到桂林，没几天又不得不放弃桂林，再到湖南的衡阳，如此周而复始，朱由榔跟众大臣都疲惫不堪，正当众人绝望之际，突然有密探来报，在西南深山之中，有一股神秘力量，据说他们拥有无尽的财富和粮草，且一直秉持反清复明之志。永历帝听闻，仿佛抓住了最后一根救命稻草，立刻派那年轻谋士前去探寻。谋士历经艰难险阻，终于找到了这股神秘力量的所在。原来，这是一群隐居多年的武林高手，他们不满清朝统治，一直在暗中积蓄力量。谋士表明来意后，首领沉吟片刻，提出若南明能承诺日后建立一个公平公正的新王朝，他们愿倾囊相助。谋士快马加鞭赶回朝廷禀报。永历帝大喜，当即许下承诺。神秘力量迅速送来大批粮草和军饷，南明军队士气大振。在接下来与清军的对抗中，南明军队凭借充足的物资和高昂的士气，打了几场漂亮的胜仗，暂时稳住了局势……
四百多年前，南宋朝廷，也是这样被强大的元朝追得满世界的跑，就如过街老鼠般过着惨无人道的生活，疲于奔命间丢盔弃甲，伤亡惨重，最终逃亡南蛮之地岭南雷州半岛，崖山一战南宋就此覆灭，如今南明悲剧再次重演。清军就如狗皮膏药一样怎么也甩不掉，就在南明局势稍有好转之时，清军那边也察觉到了南明的变化。他们派出细作混入南明内部，四处散布谣言，说神秘力量此举是另有图谋，是想控制南明政权。这谣言一传十、十传百，朝堂上又开始人心惶惶。一些大臣开始怀疑神秘力量的动机，甚至要求与神秘力量划清界限。永历帝也开始动摇，对之前的决策产生了怀疑。而此时，清军加大了攻势，南明军队刚刚恢复的士气又开始有些低落。神秘力量得知朝堂上的谣言后，首领十分愤怒，但为了大局着想，还是决定先按兵不动。然而，内部的猜疑却如一颗毒瘤般不断扩散，南明又一次陷入了内忧外患的困境，永历帝和众大臣再次陷入了艰难的抉择，不知这一次，南明是否还能像上次一样，找到化解危机的办法。
南明永历政权一路向西南的云贵川逃窜，然而清军早有准备，先一步派出了镇南王吴三桂驻守昆明，基本上控制了云南全境；忠义王洪承畴则驻守西京成都也控制了四川大部，孝义王祖大寿则控制了贵阳和贵州大部。
此时的李定国、郑之龙、焦琏、刘文秀等人由于后勤保障困难也被清王朝的鳌拜、耿精忠和尚可喜等人打得大败，一路西退，伤亡惨重。
走投无路的永历帝只得带着文武百官依靠郑之龙的水师力量庇护下取道太平洋经南越国的湄公河逃到了缅甸国暂时栖身寄人篱下，然而，缅甸国王虽表面上接纳了永历帝一行，但实则心怀鬼胎。他想利用永历帝来制衡清朝，获取更多利益。而清朝得知永历帝逃到缅甸后，立刻向缅甸施压，要求其交出永历帝。缅甸国王陷入两难境地，开始对永历帝等人的态度变得冷淡和恶劣。
与此同时，南明内部依然矛盾不断。一些大臣认为应该设法联络国内残余的反清势力，寻找机会复国；而另一些大臣则觉得寄人篱下，不如向清朝投降以保性命。永历帝心力交瘁，却无力阻止这些争吵。
就在此时，缅甸国内发生了叛乱，新上台的国王为了讨好清朝，决定将永历帝献给清军吴三桂，同时诛杀了永历政权四十多位大臣。永历帝得知消息后，万念俱灰。在被押解回昆明的途中，他望着曾经的山河，泪流满面，心中充满了悔恨与无奈，不知自己的命运最终会走向何方——
很快在昆明吴三桂行营大帐内，吴三桂看着昔日的大明王朝，在看着如今落得山穷水尽的永历帝朱由榔，同时为了向大清表忠心，于是毫无廉耻的问道：“永历帝朱由榔，你可知罪！”
永历帝愤怒的吼道：“吴三桂，你曾经是我大明王朝之臣，如今为了卖主求荣，投靠了满清贼子，若干年后，你对得起你的列祖列宗吗？你将永远都是历史的罪过人！”
于是吴三桂大怒道：“来人将朱由榔父子用弓弦勒死，”昆明城一处郊外，统治了十六年的永历帝竟然落得如此悲惨的下场，此后此处改名为“逼死坡”大明王朝就此覆灭；天意如此，谁也无法改变，满清入主中原更进了一步，然而，就在永历帝被勒死的那一刻，一道神秘的光芒突然笼罩了他的尸体。光芒消散后，永历帝竟复活了过来，而且身上散发着奇异的力量。原来，在西南深山的那股神秘力量，为了延续反清复明的希望，暗中施展了禁术，将一股神秘能量注入到永历帝体内。
永历政权残余势力最终投靠了宝岛郑之龙势力，永历帝复活后，他不再是那个软弱无能的帝王。他将转世为郑之龙之侄，郑成功之后，延平王郑经，继续召集那些忠心于大明的旧部，重新凝聚起力量。而此时，吴三桂因为杀害永历帝，在民间引起了极大的愤慨，他的军队中也开始出现了动摇。