此时中原大地在隆武政权覆灭之后，在江浙中心地区和闽南沿海地区再次建立了一个政权，鲁王朱以海以浙江临安为中心建立了一个新的政权——由于其并没有正式称帝，遂以“鲁王监国”为号，同时拢络了隆武政权残余势力以临安为政治中心，继续抗击清兵，鲁王监国政权初立，百废待兴。朝堂之上，大臣们争论不休，一派主张全力北伐，收复失地；另一派则认为应先巩固后方，积蓄力量。鲁王朱以海在两者间犹豫不决。与此同时，清兵并未给他们太多喘息之机，一支精锐的清军正悄然南下，目标直指临安。这日，探马来报，清军已至边境。朱以海大惊，急忙召集众臣商议对策。就在此时，一位神秘的道士求见，称能助鲁王破敌。朱以海半信半疑地召见了他。道士献上一计，竟是利用当地的特殊地形和即将到来的暴雨天气，设下陷阱伏击清军。朱以海权衡再三，决定一试。数日后，清军踏入了鲁王军队的包围圈，暴雨倾盆而下，清军陷入混乱，鲁王军队趁机出击，大获全胜。此役过后，鲁王监国政权士气大振，开始谋划更为长远的抗清大计……
岭南百越大地，古城广州，唐王朱津键之弟朱津傲在隆武政权灭亡时，仓皇出逃至百越大地岭南古城广州，并在此也建立了一个政权，史称“绍武政权”并以广州为都城，然而刚愎自用的朱津傲狂妄自大，与鲁王监国政权和后来的南明永历政权相互对抗，就在绍武政权内部还在为权力争斗不休时，清军的探子早已将其内部情况摸得一清二楚。一支清军精锐部队在将领的带领下，悄然逼近广州。绍武政权的哨兵却丝毫未察觉危险的降临。
与此同时，鲁王监国政权得知了绍武政权面临的危机，朝堂上再次引发激烈争论。一部分大臣认为绍武政权狂妄自大，与己方为敌，不应救援；另一部分则觉得唇亡齿寒，应摒弃前嫌共同抗清。朱以海再次陷入抉择。最终，他决定派出一支小股部队前去侦查情况，以便相机行事。
而广州城内，朱津傲还沉浸在自己的“皇帝美梦”中，对即将到来的灾难浑然不觉。清军趁着夜色，突然发动攻击，绍武政权的军队仓促应战，顿时陷入混乱。就在局势岌岌可危之时，鲁王派来的侦察部队赶到，虽人数不多，但给绍武军队带来了一丝希望……
此时的大清王朝面对着中原反清势力的强大也是举棋不定，于是四大辅政大臣在次建议孝庄太后和顺治皇帝以静制动，暂且部分撤兵，修养生息，发展经济以安定民生！
顺治皇帝一听大声道：“四大辅政大臣提出的方案正合朕意，年年长久征战，我大清国库迟早也会耗尽”孝庄太后也点头赞同，当下便拟旨部分撤兵。这消息传至南方各抗清政权处，鲁王监国政权和绍武政权都松了口气。朱以海与朱津傲竟罕见地达成共识，双方决定摒弃前嫌，联合起来对抗清军。他们派使者频繁往来，商议共同抗清的策略。
而此时，清军虽部分撤兵，但仍有少量部队驻守在战略要地。鲁王和绍武政权的联军经过精心筹备，决定先对这些驻守部队发动小规模的试探性攻击。联军士气高昂，趁着夜色向清军营地进发。然而，清军早有防备，双方陷入了一场激烈的战斗。战场上硝烟弥漫，喊杀声震耳欲聋。鲁王和绍武政权的联军能否在这场战斗中取得胜利，又能否借此机会扩大战果。
然而仓促成立的绍武政权在广州南沙.伶仃洋半岛驻扎的清水水师的攻击之下很快就攻破了广州城的防线，绝望的朱津傲在白云山顶自杀身亡，成立不到四十来天的绍武政权就宣告灭亡。
此时远在南京应天府的弘光政权朱由崧虽然逐渐的衰落，但民族英雄史可法远离中原，经过长达十数年的休养，逐渐变得强大起来，扬州城防和军队也越发坚不可摧。
同时在西南五省另一个强大的南明永历政权也宣告建立，鲁王监国看到了永历政权的强大，第一个表示拥护和投靠，永历帝欣然接纳鲁王监国政权，将其势力纳入麾下，南明抗清力量得以进一步整合。史可法得知消息后，也派出使者与永历政权联系，表达合作抗清之意。永历帝大喜，遂邀请史可法前往西南共商大计。史可法权衡利弊后，留下部分兵力驻守扬州，自己则率精锐部队奔赴西南。与此同时，清军虽部分撤兵，但并未放弃对南明政权的围剿。他们暗中调兵遣将，准备对永历政权发动新一轮的攻击。永历政权内部，各方势力正在为如何应对清军的进攻而争论不休。就在此时，神秘道士再次出现，他带来了一个惊人的消息：清军后方出现了不稳定因素，有一股神秘力量正在暗中策动叛乱。永历帝等人看到了转机，决定联合各方力量，里应外合，对清军发动一场大规模的反击战，一场决定南明命运的大战即将拉开帷幕……
同一时间中原的反清势力也越发壮大，在“光复盟”和洪门天地会、哥老会的正确领导下，开始进行了强有力的反抗大清王朝，一时间“反清复明、将满清鞑子”赶出中原的口号响彻整个中原大地，永历帝迅速召集各方将领，制定作战计划。史可法提出应先派精锐潜入清军后方，与那神秘力量取得联系，扰乱清军部署。鲁王监国则建议正面战场加大攻势，吸引清军注意力。永历帝综合众人意见，兵分两路展开行动。
潜入清军后方的部队顺利与神秘力量会合，他们四处破坏清军粮草辎重，烧毁营帐，清军顿时大乱。而正面战场，南明联军士气高昂，如猛虎下山般冲向清军阵营。清军腹背受敌，节节败退。
就在南明军队即将取得重大胜利之时，神秘力量突然倒戈，与清军联合起来夹击南明联军。原来这神秘力量是清军设下的圈套，故意放出消息引南明上钩。南明军队陷入绝境，一场危机正悄然降临，反清大业再次蒙上了一层阴影。