大明王朝虽然灭亡了，但毕竟是中原汉族大一统王朝，曾经的强大一度令四方小国和部落畏之如虎，甚至一度影响到了欧罗巴洲、非洲和北美洲等地，正所谓是瘦死的骆驼比马大。
早在李自成大顺政权攻入皇城后，崇祯帝在煤山上吊自杀后，大明王朝皇族还是剩下了不少的皇子，在反清势力的拥护和保护之下，一路向江南一带撤退。
崇祯帝堂兄：福王朱由崧在众多皇室成员和民族英雄史可法的拥护下建立了弘光政权，并封史可法等人为护国大将军兼南明弘光政权督师，镇守南明门户扬州古城，后人尊其为史督师。
并定都城为：南京应天府。
作为南明第一个政权，很快就控制了江南富庶的大片地区，然而，弘光政权内部却并不太平。福王朱由崧虽登上皇位，但他贪图享乐，不思进取，整日沉迷于酒色之中。朝堂之上，党派之争愈发激烈，东林党与阉党余孽相互倾轧，争权夺利，全然不顾国家的危亡。
与此同时，北方的清军正厉兵秣马，准备挥师南下。清军前统帅多尔衮深知南明的富庶和重要性，他制定了详细的作战计划，意图一举消灭南明政权，统一中原。
史可法在扬州得知清军即将南下的消息后，心急如焚。他一方面加强扬州的城防建设，训练士兵，另一方面向朝廷请求支援，希望能够集中力量对抗清军。然而，朝廷内部的争斗使得支援迟迟未到，史可法只能独自率领扬州军民坚守孤城，一场惨烈的战斗即将拉开帷幕。
与此同时，大明王朝的另一支皇室后代，崇祯帝堂侄——唐王朱津键在忠于自己的力量拥护下联合宝岛民族英雄郑成功之堂弟郑之龙很快也建立了自己的政权。
此时的大清王朝正想在次派鳌拜前往云贵川交界处围剿大西余部孙可望和李定国，然而天算不如人算，一场突如其来的疾病彻底的将孙可望和李定国击倒，就在清军准备趁大西余部主将患病之时发起进攻时，意外发生了。孙可望和李定国所患之病竟是一种极为罕见的蛊毒，此蛊是南明一位神秘谋士为扭转局势所设，目的是诱使清军深入。鳌拜不知是计，率清军进入云贵川交界处的深山。这里地形复杂，瘴气弥漫，清军刚一深入，便陷入重重困境。而此时，孙可望和李定国在神秘医人的救治下，病情逐渐好转。他们迅速组织大西余部，联合当地少数民族武装，对清军展开反击。鳌拜的军队被打得节节败退，损失惨重。与此同时，史可法在扬州依旧坚守，虽支援未到，但扬州军民士气高昂。唐王朱津键的政权也在积极筹备，准备与其他抗清势力联合，共同对抗清军。一时间，局势变得更加错综复杂，一场关乎天下归属的大战，正悄然酝酿。
虽然南明已经建立了弘光政权和隆武政权，然而朱由榔和朱津键二人却暗地里互相攻击，都在争夺正统权利，有时甚至还刀兵相见，双方都站在了对立面，各怀鬼胎。
此时的中原大地，反抗清兵势力逐渐由明面转化为暗地里打击，先前的强大反清势力洪门天地会和哥老会逐渐变成了主力，而加入的江湖十大门派的江湖侠士独来独往习惯了，受不了洪门天地会和哥老会的一些规定和莫名的约束，逐渐变得很不稳定，同时也为了保存各自门派的实力，开始有所顾忌，还有的门派甚至想要退出，就在江湖门派人心惶惶之际，一个神秘的组织悄然现身。他们自称“光复盟”，打着光复大明的旗号，四处联络江湖豪杰。其首领身份神秘，行事诡谲，却有着非凡的号召力。“光复盟”提出一套全新的抗清策略，主张联合所有反清力量，摒弃门户之见，共同对抗清军。一些原本想要退出的江湖门派，在“光复盟”的劝说下，又重新燃起了斗志。与此同时，弘光政权和隆武政权也察觉到了“光复盟”的存在。朱由崧和朱津键都想将“光复盟”纳入自己的麾下，以增强自身的实力。双方开始暗中派人接触“光复盟”，试图拉拢他们。而“光复盟”则保持着中立，宣称只以抗清为目标，不参与任何政权的争斗。此时，清军也得知了“光复盟”的消息，清军前统帅多尔衮决定先分化瓦解这股新兴力量，再各个击破反清势力。一场围绕“光复盟”的明争暗斗，即将在中原大地上演。
此时的大清王朝正是抓住了弘光政权和隆武政权的不团结，于是在次施展出了杀手锏——“反间计”
大量派出了高级间谍和奸细分别渗透弘光政权和隆武政权内部，这些奸细和间谍均由原先的汗血铁骑成员和少数投靠满清王朝的血影教成员组成，这些成员实力强大，轻功和武力非常恐怖，几乎是来去自如，转瞬即逝，他们潜入两个政权内部，四处散布谣言，制造矛盾。在弘光政权中，奸细们造谣史可法与隆武政权勾结，企图谋反，导致朝堂上对史可法的质疑声不断。而在隆武政权里，又传出朱津键与清军有私下交易的消息，使得内部人心惶惶。
“光复盟”很快察觉到了清军的阴谋，首领决定主动出击。他们一方面派出成员深入两个政权内部，澄清谣言，稳定人心；另一方面，组织力量对清军的间谍进行围剿。
与此同时，史可法和郑之龙等有识之士也意识到了团结的重要性。他们秘密联络，准备促成弘光政权和隆武政权的和解，共同对抗清军。就在各方势力暗自较劲之时，一场更大的危机正悄然逼近，而这一次，将决定南明的生死存亡，也将改变中原大地的格局。
同一时间老谋深算的孝庄太后和顺治皇帝也明白准噶尔丹的神秘部队汗血铁骑突然的渗透并非偶然，肯定有着不可告人的秘密，弄不好会成为大清王朝潜在的内部威胁，然而大清王朝正缺乏全面的武林高手护卫皇城，恰好汗血铁骑个个武功高强……
汗血铁骑组织严密，表面上是以武林高手行走江湖，然而他们互相之间并不认识，清一色的夜行衣，后背以奔跑的汗血宝马为标致 ，象征着速度、忍耐力和组织的神秘，其实他们跟汗血宝马并无半点联系，孝庄太后心生一计，她打算招安汗血铁骑，让他们为大清所用。于是，顺治皇帝下旨，以丰厚的赏赐和极高的待遇为诱饵，向汗血铁骑抛出了橄榄枝。汗血铁骑内部顿时分成了两派，一派主张接受招安，认为这是一个获得荣华富贵的好机会；另一派则坚决反对，担心这是大清的阴谋，会让他们陷入危险之中。就在汗血铁骑内部争论不休时，“光复盟”也得知了这个消息。首领意识到，如果汗血铁骑被大清招安，将会大大增强清军的实力，对反清大业极为不利。于是，“光复盟”决定派人潜入汗血铁骑内部，劝说他们不要接受招安，转而加入反清阵营。一场围绕汗血铁骑的争夺之战，在大清、南明和“光复盟”之间展开，局势愈发紧张，各方都在为自己的利益和目标奋力一搏，而中原大地的命运，也将在这场争斗中走向未知……