自从一代枭雄吴三桂愤怒离开前往山海关后，李自成的大军更加的疯狂，一路烧杀抢掠，战火过后，到处都是满目疮痍 ，黎民百姓流离失所。
吴三桂的离开，对李自成来说没有丝毫的影响，反而令其更加的疯狂。此时李自成的数十万大军密密麻麻声势浩大，将大明王朝皇城围得水泄不通。众多军士架起各种云梯和火炮日夜攻打！
皇城内，金銮殿乾清宫崇祯帝心急如焚，坐立不安，面对这样的局面，早已经无可奈何，此时唯一的忠心太监总管王振和黄体乾说道：“陛下！快逃吧！现在还来得及，只要逃出皇城，我们在集合力量卷土重来！”崇祯帝眼神中满是挣扎，他望着这熟悉的宫殿，心中五味杂陈。“朕乃大明之君，怎能弃祖宗社稷于不顾！”崇祯帝愤怒地吼道。可看着外面愈演愈烈的战火，他又渐渐冷静下来。“逃，又能逃到何处？”他喃喃自语。这时，突然一道金光闪过，一个仙风道骨的老者凭空出现。老者开口道：“陛下莫急，贫道可助陛下暂时抵挡一阵。”崇祯帝先是一惊，随后眼中燃起希望，连忙起身相迎。老者施展仙法，在皇城上空布下一层结界，李自成的炮火竟一时无法攻破。但老者也告知崇祯帝，此结界只能撑三日，让他尽快想办法。崇祯帝再次陷入沉思，他知道这或许是最后的机会，必须做出一个艰难的决定，是继续坚守等待转机，还是趁着这三日逃出皇城另谋出路。
轰的一声巨响皇城外围顿时火光冲天，禁卫军首将石遵、锦衣卫大都督彭绍珍急匆匆的奔向乾清宫大喊道：“陛下，城门失守了，李贼的大军已经冲入皇城了，微臣已经抵挡不住了，陛下快逃吧！”
此时崇祯帝心如死灰，慌乱中拔出佩剑，大声喝道：“谁敢逃跑，朕定将其斩首，说完一剑刺出，数名士兵血溅当场。”
然而混乱中，树倒猢狲散，局面早已经失控，各自都忙着逃命，场面一片混乱！”
崇祯帝双眼血红，手持滴血的佩剑，对着前面的几位妃子说道：“如今朕也顾不上你们了，你们与其被闯贼抓住受辱，还不如朕先送你们上路，也能保住你们的清白！”
说完一剑向自己身旁的王贵妃刺去，噗嗤一声，剑尖将王贵妃刺穿，鲜血很快染红了锦衣，王贵妃尖叫一声倒在地上很快身亡，看着满地的鲜血，崇祯帝愈发疯狂，紧接着又刺向李贵妃、杨美人、唐才人……
接着又看向一旁的太子、梁王、福州王，毫不留情的挥剑刺去，就在崇祯帝即将刺向最小的皇子时，那仙风道骨的老者再次出现，抬手挡下了他的剑。“陛下，莫要再造杀孽。贫道虽只能护这皇城三日，但已为陛下寻得一线生机。”老者说完，手中法诀一掐，一道传送门出现在众人面前。“此门可通往一神秘之地，陛下可携皇室血脉暂避一时，待时机成熟，再图复国大业。”崇祯帝犹豫片刻，看着满地的鲜血和混乱的场面，最终放下了剑。他抱起最小的皇子，带着剩余的皇室成员和几位忠心的臣子踏入了传送门。而此时，李自成的大军已经冲进了乾清宫，只看到一片狼藉和满地的鲜血。李自成看着这一切，心中五味杂陈，他没想到崇祯帝会如此决绝。但他也知道，自己的大业已经完成了一半，接下来，他要好好治理这天下。而踏入传送门的崇祯帝，又将在神秘之地遭遇什么，一切都是未知……
黑暗、无尽的黑暗，不知过了多久，崇祯帝一行来到一个山坳处，望着远方雄伟壮观的皇城，想起自己的无数先皇祖先，更想起自己的皇祖朱元璋太皇和成祖朱棣先皇，忍不住泪流满面，声泪俱下的说道：“先皇，我对不起你们，我大明王朝三百年基业竟然毁在我的手里！我不是一个称职的君王，是我亲手将大明江山毁灭，如今我有何面目去见先皇祖宗。”
于是说道：“你们都走吧！”说完取下自己的腰带，往前面的一棵歪脖子树上一挂，一代大明崇祯皇帝就此陨落，就在崇祯帝双脚离地之时，那仙风道骨的老者又现身了。他衣袖一挥，一股无形的力量将崇祯帝托了下来。“陛下，莫要如此消沉。这神秘之地暗藏诸多机缘，或许能让皇室重兴。”
崇祯帝愣住，眼中重新燃起一丝希望。此时，周围出现了一群身着奇异服饰之人，他们打量着崇祯帝一行，充满警惕。原来这神秘之地有自己的势力划分，且各方争斗不断。老者告诉崇祯帝，只有在这纷争中站稳脚跟，获得资源和力量，才有可能重回中原。
崇祯帝咬了咬牙，决定放下过去的悲伤，带领众人在这神秘之地开启新的征程。他们一边躲避其他势力的侵扰，一边学习这里的治国之法。而远在中原，李自成虽占领了皇城，但也面临着各方压力，天下局势依旧动荡不安，崇祯帝能否在这神秘之地崛起，重新夺回大明江山……
此时，各方势力依然争斗不息，山海关外，大清依旧猛烈攻打。
面对混乱的局面，李自成看着偌大的皇城空无一人，也不仅仰天长叹：“昔日的繁华早已不复存在！”只得下令，停止前进，不得扰民，并下旨道：“无论谁寻到崇祯帝遗体，不得私自处理，必须按照帝王规格厚葬！”
此时张献忠在谋士、军师庞智能、法继祖的建议下早已经率领部众撤出了大明皇城，返回了成都西京，崇祯帝在神秘之地努力发展势力，他凭借着自身的帝王之气和领导才能，逐渐聚拢了一批当地的小势力。他们开始在这片土地上建立自己的据点，开垦农田，训练士兵。而在中原，李自成虽然下了禁令，但他的军队中仍有部分人不听号令，继续在民间掠夺，这引起了百姓的不满。同时，吴三桂得知崇祯帝生死未卜后，决定先观望局势，并未立刻投靠清朝。大清也因为内部权力斗争，攻打山海关的步伐有所放缓。张献忠在成都西京休养生息，积蓄力量，企图等待时机再次扩张。就在崇祯帝的势力稍有起色时，神秘之地的一个强大势力察觉到了他们的存在，派出使者要求崇祯帝他们归顺。崇祯帝自然不肯屈服，一场大战一触即发……