此时关外后金，皇太极死后，暂时由摄政王多尔衮、代善一起代为管理后金政权，面对着袁崇焕的死而复生，毫不在意的说道：“此时的袁崇焕就好比没了牙的老虎不足为惧，我自有办法对付他们！”
于是多尔衮远赴后金准噶尔部落请出了神秘的密宗高僧黑煞魂魔和血影圣灵法王利用噬魂大法和密宗炼魂术很快就将袁崇焕再次绞杀，至此后金军队再次全面进攻，此时的辽东防御以经名存实亡，在多尔衮、代善等人的疯狂进攻之下洪承畴和祖大寿再也无法抵挡只好一路向着中原败退。
此时李自成的大军一路势如破竹无人能挡，李自成自号“李闯王”一路向着大明王朝皇城北京进攻，就在李自成大军逼近北京之时，崇祯皇帝在宫中急得如热锅上的蚂蚁。朝堂之上，大臣们各执一词，争论不休，却拿不出一个切实可行的对策。
而另一边，多尔衮得知李自成进军北京，心中打起了算盘。他意识到若能与李自成联手，或许能更快地颠覆大明。于是，他派出使者前往与李自成谈判。
李自成听闻多尔衮的合作提议，心中犹豫不决。他深知后金势力强大，合作虽能增加攻破北京的胜算，但也怕引狼入室。就在他举棋不定时，手下谋士进言：“可先假意答应，待拿下北京后再做打算。”
李自成点头同意。就这样，两方势力暂时达成合作意向，共同朝着北京进发。北京城的上空，乌云密布，一场更为惨烈的大战即将爆发，大明王朝岌岌可危，未来的走向充满了未知……
此时中原大地，战乱频繁，远离大明王朝皇城的西南中心天府之国——巴蜀大地，一代枭雄张献忠强势崛起，依靠得天独厚的大量资源建立了大西政权，定都在今成都（号西京），国号大西。
太平洋南部，闽南以东，赤坎岛.台北一偶之地，土着闽南人在首领郑成功的带领下利用独特的地形和强大的舰船、火炮很快的将荷兰侵略者赶出宝岛，众人一致推举郑成功为王，很快就与大明王朝、后金分庭抗礼，而就在各方势力剑拔弩张之时，巴蜀之地的张献忠却做出了一个惊人之举。他听闻多尔衮与李自成合作，担心两方联手后威胁到自己的大西政权，便暗中派出使者前往赤坎岛，与郑成功商议联盟之事。郑成功本就心系中原百姓，见张献忠有此诚意，便答应与其结盟。
与此同时，北京城的崇祯皇帝仍在苦苦挣扎。他一面调集周边军队勤王，一面试图与李自成和谈。然而，李自成此时已与多尔衮达成合作，根本无心谈判。
大战一触即发，多尔衮、李自成的联军逼近北京，而张献忠、郑成功的联盟也在暗中筹备反击。就在这关键时刻，一个神秘的组织悄然浮出水面，他们似乎掌握着扭转战局的关键力量，各方势力的命运，即将迎来一场惊天巨变……
此时关外后金皇太极共有11个儿子，分别是豪格、洛格、洛博会、叶布舒、硕塞、高塞、常舒、皇八子、福临（顺治帝）、韬塞和博穆博果尔不甘心后金政权落入自己皇叔多尔衮、代善等人的手里，于是趁多尔衮和代善等人远离大本营之际，豪格联合自己的十个兄弟发动了政变，一举控制了后金的都城。消息传到前线，多尔衮和代善大惊失色，急忙停止对中原的进攻，率军回援。而李自成这边，失去了后金的支持，进攻北京的步伐也不得不放缓。与此同时，神秘组织开始在各方势力中暗中活动，他们似乎在寻找一个能让天下重归和平的“天命之人”。张献忠和郑成功得知后金内乱，觉得有机可乘，加快了联盟的筹备，准备趁机扩大势力范围。崇祯皇帝听闻后金内乱，心中燃起一丝希望，再次召集大臣商议对策，试图利用各方矛盾扭转局势。豪格虽然控制了都城，但面临着多尔衮和代善的回军，内部也并非完全团结，局势依然十分严峻。一场围绕着天下归属的大乱斗，在神秘组织的搅局下，变得更加扑朔迷离，各方势力都在这风云变幻中，为了自己的利益和理想，继续着这场没有硝烟的战争。
返回后金的多尔衮和代善，于是与豪格等人为了争夺皇位双方进行了一场殊死搏斗，大清第一巴图鲁不是盖的，在多尔衮的疯狂进攻下，豪格等人很快就死伤惨重，彻底的失败，豪格本人也被多尔衮囚禁了起来，但豪格等人并不甘心失败，于是密秘联络了后金隐藏的势力蒙古各部，很快就将多尔衮等人击败，将多尔衮驱离后金都城，囚禁在西域蛮荒之地轮台叶城，由于年年征战，此时的多尔衮已是重病缠身——
此时的崇祯帝终于得到了一丝喘息，可是还没来得及庆祝：一场巨大的打击接踵而至，李自成的大军已经攻入明王朝皇城，很快建立了大顺王朝，此时副将刘宗敏彻底的疯狂，大势屠杀普通民众，烧杀抢掠无恶不作，一时哭声震天凄惨绝伦，忙得昏头转向的李自成也管不了刘宗敏了。
自立为王的郑成功等人，正想进一步巩固政权，一场突如其来的意外在次将赤坎城拉入混乱的局面，某天夜里郑成功离奇死亡，临死之前，郑成功杀死了自己的妻儿，其子郑敬侥幸逃脱，但是郑敬却是个纨绔子弟，带兵打仗样样不行，彻底的将所有家当彻底败光。
后金都城，自知时日不多了的多尔衮，放下了所有的怨恨，在后金各方势力的调合下与豪格达成了和解，彼时豪格等人也是元气大伤，二人共同扶持幼小的皇九弟福临登基为帝。
五个月后一代后金名将，大清第一巴图鲁多尔衮在郁闷中病逝，刚继承帝位的福临先以睿亲王的皇家规格予以厚葬，并赠予其谥号为“忠武”！