此时辽东半岛封疆大吏孙承宗座下除了两位最出色的毛文龙和袁崇焕军事天才外，还有祖大寿和洪承畴等人，于是孙承宗给予众人重大任命，袁崇焕为镇守辽东半岛总督，毛文龙为宁远城总督，祖大寿为袁崇焕手下副总兵，洪承畴为毛文龙手下副总兵，在毛文龙被袁崇焕斩杀后，袁崇焕向孙承宗提议将洪承畴直接提升为宁远城总兵，此时洪承畴和祖大寿都十分敬重袁崇焕，三人配合默契，一次次的击败关外后金努尔哈赤军队，令努尔哈赤对三人十分忌惮，然而，后金方面并不甘心一直受挫。努尔哈赤在营帐中苦苦思索破敌之策，他的谋士献上一计——反间计。努尔哈赤依计行事，故意放出假消息，让明朝朝廷误以为袁崇焕有通敌叛国之嫌。
明朝皇帝本就生性多疑，听闻此消息后，立刻对袁崇焕产生了猜忌。很快，袁崇焕被召回京城问罪。洪承畴和祖大寿得知此消息后，大为震惊。他们深知袁崇焕是被冤枉的，却又无法改变皇帝的决定。
失去了袁崇焕的统领，辽东防线顿时人心惶惶。后金军队趁机发起了新一轮的进攻。洪承畴和祖大寿临危受命，带领着士兵们顽强抵抗，但局势却越来越危急。他们心中都清楚，若不能想出应对之策，辽东半岛恐将不保……
此时关外，努尔哈赤面对着一败再败，心中十分愤怒，于是与众将商议，其军师阿泰.素封古柏建议利用崇祯帝的多疑善变采用反间计，只要能够除去了袁崇焕就可以大功告成，努尔哈赤采纳了素封古柏的建议，于是兵分三路：中路由自己亲率，东路和西路由自己的两个儿子皇太极和代善统领，总兵力达到三十多万大举向宁远城和辽东半岛进攻，努尔哈赤大军声势浩大，很快进直逼宁远城和辽东半岛，双方在岛上和海面上展开激战，此时袁崇焕在次展现出军事指挥天才，在洪承畴和祖大寿的全力配合下，瞅准战机，利用大明王朝制造的轰天雷先进火炮，三发火炮向努尔哈赤中军击去，巨大的火球拖着耀眼的火光，轰的一声巨响，努尔哈赤和无数兵士被击倒在地上，努尔哈赤身受重伤，皇太极和代善见状，又惊又怒，急忙稳住阵脚。然而，此时后金军队士气已受重创。就在这时，海面突然涌起巨大的漩涡，从漩涡中竟钻出一群身披鳞甲、头生独角的神秘水兽。这些水兽口吐寒气，所到之处海水结冰，明军的战船纷纷被冻住，行动受阻。
原来，努尔哈赤早有准备，他暗中联合了深海中的水族妖物，让它们在关键时刻助战。洪承畴和祖大寿当机立断，指挥士兵用火球攻击水兽。火球砸在水兽身上，发出滋滋声响，水兽吃痛，开始疯狂攻击明军。
袁崇焕冷静观察战局，发现水兽的弱点在独角。他下令集中火力攻击独角，明军士兵依计行事，经过一番苦战，终于击退了水兽。后金军队见此计不成，士气更加低落。而明军则士气大振，乘胜追击，将后金军队打得节节败退，暂时守住了辽东半岛的防线……
重伤的努尔哈赤很快陷入昏迷，被手下紧急抬往后方救治，代善和皇太极只得率领剩余的士兵全线撤退，暂时退出了关内，回到关外自己的老巢。
没过多久重伤的努尔哈赤不治身亡，一时整个后金大为震撼，皇太极和代善伤心之余，只得全部取消了进攻宁远和辽东半岛的计划，休养生息，在寻战机。
辽东半岛总兵营内，重病中的孙承宗看着自己手下袁崇焕等人不断的成长，并且取得了宁远、辽东半岛大捷备感欣慰。于是语重心长的对袁崇焕等人说道：“目前我们虽然取得了胜利，击退了北蛮后金，只怕他们不肯善罢甘休。
公元1623年，大明王朝封疆大吏孙承宗不幸病逝，临终之际：“无不忧心忡忡的说，大明王朝已经病入膏肓，如今的圣上多疑善变，只怕三位不得善终，袁崇焕等人含泪点头，深知前路艰难。孙承宗一去，辽东局势看似平稳，实则暗流涌动。
此时，朝廷内部党争愈发激烈，崇祯帝对辽东防线的支持也逐渐摇摆不定。而关外，皇太极继位后，励精图治，暗中积蓄力量。
一日，朝廷突然传来旨意，要求袁崇焕削减辽东兵力以节省开支。袁崇焕据理力争，却被崇祯帝斥责。与此同时，皇太极施反间计的风声再次在京城流传，崇祯帝本就多疑，又听信了奸臣谗言，竟再次将袁崇焕召回京城问罪。
洪承畴和祖大寿心急如焚，却无力改变皇帝的决定。他们一面坚守防线，一面四处奔走为袁崇焕鸣冤。然而，局势急转直下，后金军队趁明军人心惶惶之际，再次发起大规模进攻。洪承畴和祖大寿带领士兵拼死抵抗，但在内外交困之下，辽东防线岌岌可危……
此时华夏西安古城以东，关中平原一个叫米脂的小县城内李家庄发生了一件大事，李家庄主李守义突然得了一个与众不同的儿子，传说其降生之际，李家庄上空突然电闪雷鸣，大雨滂沱，大雨中一条青色的魔龙腾空而下，没入了李家庄内，接着就传来婴儿响亮的哭声，天现异象，民间传说此子为天界魔星破军星转世，长大后定会搅得天下大乱，成为威震八方的枭雄；这个孩子便是李自成。他自幼便展现出超乎常人的胆识与智慧，对周遭不平之事敢于挺身而出。随着年龄增长，李自成听闻了辽东战事，对袁崇焕等人的遭遇深感不平。
而此时辽东，洪承畴和祖大寿虽竭力支撑，可防线还是逐渐吃紧。就在他们几乎绝望之时，李自成带着一群热血青年前来相助。原来，他听闻辽东战事，毅然决定前来，欲为保家卫国贡献一份力量。
李自成凭借着过人的谋略和勇猛，很快在军中崭露头角。他与洪承畴、祖大寿紧密配合，重新整顿防线。在接下来的战斗中，他们多次击退后金军队的进攻，辽东防线再次稳固下来。