在帮助秦始皇横扫六国的征程中，孙大宝、苏小宝与他们不知真实身份的父亲孙建、扶苏紧密协作，共同书写着一段波澜壮阔的历史篇章。
当秦军在攻打魏国时，遇到了一个棘手的难题。魏国都城大梁城，城墙高大坚固，护城河宽阔且水深湍急，魏军凭借着这些天险，坚守不出。强攻必然会造成秦军重大伤亡，且胜算不大。
孙大宝仔细研究了大梁城周边的地理环境，发现大梁城地势较低，且附近有一条大河。他向扶苏和孙建提出了一个大胆的计策：“我们可截断河水，水淹大梁。”孙建听后，微微皱眉：“此计虽能破城，但城中百姓也将遭殃，恐非仁义之举。”
扶苏沉思片刻道：“孙大宝此计虽狠，但如今战事紧急，魏国久攻不下，拖得越久对我大秦越不利。若能提前告知城中百姓撤离，再行此计，或许可行。”孙大宝点头称是：“公子所言极是，我们可派人混入城中，暗中通知百姓，约定撤离时间。”
于是，他们一面安排士兵悄悄截断河水，改变河道，一面派人潜入大梁城。经过一番秘密行动，成功将消息传递给了城中百姓。约定之日，百姓们纷纷朝着城门涌去。魏军将领察觉到异样，想要阻拦，但百姓们在秦军内应的帮助下，冲破了魏军的防线，顺利出城。
待百姓撤离完毕，孙大宝一声令下，滔滔河水如猛兽般冲向大梁城。城墙在洪水的冲击下，渐渐崩塌。魏军大乱，秦军趁势攻城，一举拿下大梁，魏国宣告灭亡。
在攻打楚国时，楚国地大物博，兵力雄厚，且楚人剽悍，善于山地作战。秦始皇召集众人商议对策，朝堂上气氛凝重。苏小宝站了出来，他分析道：“楚国幅员辽阔，我们不宜分散兵力。可先在楚国边境集结大军，摆出强攻的架势，吸引楚军主力。同时，暗中派遣一支精锐部队，绕道楚国后方，切断他们的粮草供应。”
孙建补充道：“楚国多山地，我军骑兵难以发挥优势。可训练一批擅长山地作战的步兵，配备轻便灵活的武器，与楚军周旋。”秦始皇听后，龙颜大悦，采纳了他们的建议。
扶苏主动请缨，率领大军前往楚国边境。孙大宝随他一同出征，负责指挥佯攻行动，迷惑楚军。苏小宝则与孙建留在秦国，筹备粮草，训练山地步兵。
扶苏和孙大宝在边境与楚军对峙，每日耀武扬威，做出即将攻城的假象。楚军果然中计，将主力部队集结在边境防御。而此时，苏小宝和孙建训练的山地步兵已悄然出发，绕道楚国后方。
这支步兵部队行动迅速，他们翻山越岭，避开楚军的巡逻，成功抵达楚国的粮草囤积地。苏小宝指挥士兵们，趁夜突袭，一把火烧毁了楚军的粮草。楚军得知粮草被烧，军心大乱。扶苏和孙大宝抓住时机，率领秦军发起总攻。楚军腹背受敌，无力抵抗，秦军势如破竹，一路南下，楚国最终覆灭。
在秦国统一六国的最后阶段，只剩下齐国。齐国地处东海之滨，长期与秦国保持友好关系，国内承平日久，战备松弛。但齐国毕竟是大国，若贸然进攻，也会有诸多变数。
孙大宝提出：“齐国自恃与我大秦交好，防备松懈。我们可派遣使者前往齐国，以结盟之名，邀请齐王来秦国会盟。待齐王到达秦国后，将其扣押，再逼迫齐国投降。”
扶苏有些犹豫：“此举虽能兵不血刃拿下齐国，但恐为天下人诟病，说我大秦不讲信用。”孙大宝解释道：“公子，如今天下统一在即，若因小义而失大局，恐错失良机。况且，我们可在事后善待齐王，给予他优厚的待遇，以彰显我大秦的仁德。”
秦始皇权衡利弊后，决定采纳孙大宝的计策。使者前往齐国，齐王果然中计，欣然前往秦国。齐王到达秦国后，立刻被秦始皇扣押。齐国群龙无首，在秦国的威逼下，不得不投降。
至此，在孙大宝、苏小宝、孙建和扶苏的共同辅佐下，秦始皇终于完成了横扫六国的大业，建立了大一统的大秦帝国。然而，随着帝国的建立，他们之前察觉到的那股神秘势力愈发活跃，一场新的危机正悄然降临。
随着大秦帝国的建立，孙大宝、苏小宝、孙建和扶苏四人在朝中声望日隆。然而，那股神秘势力并未因六国的覆灭而偃旗息鼓，反而在暗处蠢蠢欲动，策划着更大的阴谋。
一日，孙大宝在宫中处理政务时，无意间发现了一些奇怪的奏章。这些奏章虽表面上是关于地方民生的事务，但其中一些用词和隐晦的暗示，让他觉得背后似乎隐藏着不可告人的目的。他敏锐地察觉到，这可能与那股神秘势力有关。
孙大宝立刻将此事告知了苏小宝，两人经过一番仔细研究，发现这些奏章都指向了一个名为“暗星会”的组织。这个组织极为隐秘，他们在大秦各地渗透，拉拢官员，收集情报，似乎在筹备着一场针对大秦帝国的颠覆行动。
苏小宝皱眉道：“看来这‘暗星会’来者不善，我们必须尽快将此事告知父亲和公子扶苏，一同商讨对策。”
于是，孙大宝和苏小宝找到了孙建和扶苏，详细讲述了他们的发现。孙建听闻后，神色凝重地说：“没想到在这太平盛世之下，竟隐藏着如此大的隐患。我们不能掉以轻心，必须尽快查明这个‘暗星会’的底细和他们的阴谋。”
扶苏点头表示同意：“父王刚刚统一六国，天下初定，百姓渴望安宁。若让这股势力得逞，大秦将再次陷入战乱，百姓又要生灵涂炭。”
四人决定兵分两路，孙大宝和孙建负责在朝中秘密调查与“暗星会”有牵连的官员，苏小宝和扶苏则乔装打扮，前往民间探寻“暗星会”的巢穴。