夏至前夜，八岁的小夏在阁楼发现一个布满铜绿的怀表。表盖内侧刻着朵褪色的蒲公英，秒针停止在十一点五十九分。当她用衣角擦去灰尘，怀表突然发出清脆的嗡鸣，表盘里钻出个拇指大小的银发小人。
“我是时间精灵钟摆，”小人抖开缀满齿轮的披风，“你的曾祖母偷走了我的时间花种，现在整片时光花园即将枯萎！”小夏望向窗外，发现街道上的一切都变得模糊，行人的脚步像被放慢的胶片，连飘落的树叶都悬停在空中。
钟摆解释，时间花种能让时光正常流淌。百年前人类为了留住青春，偷走花种酿成永生药水，导致时间失衡。如今最后一株时间花即将凋谢，若不及时补种，世界会永远定格在这一刻。小夏握紧怀表：“我该怎么帮你？”
他们循着微弱的花香味，来到被藤蔓缠绕的废弃温室。月光透过破碎的玻璃，照亮架子上摆满的旧试管，其中一支残留着银白色的粉末。钟摆突然颤抖：“这是用时间花粉提炼的药水！”话音未落，阴影中窜出三只长着齿轮翅膀的机械乌鸦，尖锐的喙闪着寒光。
小夏抓起试管当武器，机械乌鸦却灵巧地避开攻击。危急时刻，她将粉末洒向乌鸦，粉末遇光化作金色丝线，缠住了金属翅膀。钟摆趁机打开怀表，将乌鸦吸入表盘的齿轮迷宫。
在钟摆指引下，小夏踏上寻找时间花种的旅程。第一站是记忆湖，湖底沉睡着存放花种的水晶瓶。当她潜入水中，无数记忆泡泡将她包围：曾祖母在花田劳作的温馨画面，富商们贪婪争夺花种的丑恶嘴脸，还有时间花园逐渐荒芜的景象。
“小心记忆漩涡！”钟摆的提醒晚了一步，小夏被卷入最深处的漩涡。在无尽的黑暗中，她听见曾祖母的叹息：“我只是想让美好的时光停留......”泪水模糊了视线，小夏突然明白，真正的美好不是凝固时光，而是珍惜当下。她鼓起勇气挣脱漩涡，发现水晶瓶就在触手可及的地方。
带着第一颗花种，他们来到锈蚀镇。这里的一切都被铁锈覆盖，居民们像提线木偶般重复着相同的动作。镇长是个浑身齿轮的铁皮人，他挡住去路：“交出花种，我就能永远统治这里！”
小夏注意到镇长胸前的裂缝里，藏着枚褪色的蝴蝶结。“这是你女儿的吧？”她轻声问。铁皮人猛地僵住，齿轮发出痛苦的吱呀声。记忆画面浮现：镇长为了让病逝的女儿复活，与黑暗炼金术师做了交易，用时间花种换取永生机械躯体，却永远失去了感情。
“时间不该被用来制造永恒的痛苦。”小夏将花种埋进镇中心的枯井。金色藤蔓破土而出，铁锈纷纷剥落，居民们恢复了笑容，铁皮镇长也变回普通人，捧着蝴蝶结泣不成声。
随着收集的花种增多，小夏发现每颗种子都承载着不同的遗憾：被战争摧毁的玫瑰花园，因贪婪消失的精灵村落，还有被遗忘的童年乐园。在最后一片沙漠，他们遇到了守护最后花种的沙巨人。
“人类夺走了太多，我不会再让你们破坏！”沙巨人扬起的沙尘暴遮天蔽日。小夏却张开双臂，任由沙子打在脸上：“我们不是来夺取，是来弥补！”她将收集的花种抛向空中，种子化作金色雨滴，滋润着干涸的土地。
沙巨人渐渐缩小，露出里面被困的时间精灵。原来她就是钟摆失踪的妹妹沙漏，三百年前为了保护花种，自愿与沙巨人融为一体。“对不起，我来晚了。”钟摆紧紧抱住妹妹。
时间花园在黎明中重生，小夏将最后一颗花种埋进土壤。七种颜色的时间花同时绽放，花瓣上流转着过去、现在和未来的光影。钟摆将蒲公英形状的怀表送给她：“这是时间的礼物，当你需要回忆，就打开它。”
世界重新开始流动，小夏回到家中，发现桌上多了朵永不凋谢的蒲公英。每当夜晚来临，她就会打开怀表，听着齿轮转动的声音，看着表盘里绽放的时间花——那些被修复的记忆，永远绽放在时光的长河里。