昭宗君臣回到长安，秩序逐渐恢复。
崔胤自感两次政变均靠他得以平息，加之又有朱全忠撑腰，变得愈发恃功而骄，不可一世。
他先后找茬贬掉了宰相陆扆、王溥。另一名宰相卢光启，也因曾得罪过他，被赐死；同时，还处死了与宦官交往密切的宫女、僧道等三十余人。
昭宗对此颇有微词，有次与韩偓聊天，评价崔胤说：“他虽忠心，然而比起卿来，却要有心机的多！”
韩偓道：“掌管天下的人，一言一行都在万众瞩目之下，怎能单靠动心思、耍手腕来治理。不如以诚待人，短期内效果可能不太明显，但长此以往必有所得！”
二月初七，朝廷大封功臣。
赐朱全忠为“回天再造竭忠守正功臣”，赐其僚佐为“迎銮协赞功臣”、将领为“迎鸾果毅功臣”。
昭宗仍觉不够，再次下诏加封朱全忠太尉、兼天下兵马副元帅、梁王。加封崔胤司徒兼侍中。
翰林学士韩偓深得昭宗赏识，早有用他为相的意思。加之从凤翔返回长安，崔胤接连废掉三位宰相，昭宗便向韩偓提及此事。
韩偓推辞不受，向昭宗荐举了御史大夫赵崇、兵部侍郎王赞。昭宗信任韩偓，就要提拔这二人为宰相。崔胤厌恶他们分散自身权力，拜托朱全忠替他出面拒绝！
朱全忠直接找到昭宗，开口便问：“赵崇轻薄，王赞无能，韩偓怎能引荐这两人为相！”
昭宗见朱全忠面色不善，嗫嚅着不敢回答，此事只得就此作罢。
二月十二日，韩偓被贬为濮州司马。
韩偓是朝中唯一能与昭宗聊到一起的大臣，昭宗知他要走，悄悄与他泣别。
韩偓看着倦容满面的昭宗，沉重的说：“此人已不是当年的朱温，臣得以老死他乡也算幸事，臣实在不忍看您蒙受弑君、篡位的侮辱！”
朱全忠正处于事业的上升期，既要继续与群雄角逐扩张势力，又要巩固新近夺取的地盘，事情千头万绪，早有回归之心。
他虽想把昭宗弄到洛阳，但担心会遭来天下非议，影响到他齐桓、晋文的高大形象。只能慢慢创造机会，光明正大的请昭宗临幸。
眼下最紧要的，是在关中安插棋子、预设力量，头脑清楚的朱全忠随即着手做好临行前的各项准备！
二月二十一日，令朱友裕为镇国节度使（辖华、同二州，即今陕西渭南华州区、大荔县），把守关中东大门。
二十四日，任命朱友伦为宿卫都指挥使，统率两万步骑兵留驻原神策军营区。
任命宣武将领张廷范为宫苑使、王殷为皇城使、蒋玄晖为充街使，把长安控制权牢牢掌握在自己人的手中。
二十七日，朱全忠向昭宗辞行！
昭宗为他安排了隆重的饯行仪式，又是宴请又是赐诗。
君臣二人貌似依依不舍，佯装对泣而别，上演了一出君亲臣忠的好戏。
朝廷百官也在长乐驿为朱全忠列队送行，崔胤又独自送至霸桥，自己置办酒席为朱全忠饯行，一直折腾到二更时分，才进城回府。
河东使者返回晋阳，向李克用汇报了崔胤在朝中横行霸道的情形，李克用冷笑道：“崔胤身为宰相，竟敢外借朱贼势力，内胁大唐君王。他既主持朝政，又执掌兵权。权重必会遭人忌恨，势大一定引发祸乱。依我看，家破国亡的日子就要到了！”
朱全忠回到汴州，急于平复淄青节度使王师范叛乱，很长时间没有过问长安事务。
十月十五日，长安城内一次偶发的亡人事故，又将朱全忠的注意力吸引过来。
这天，宣武军留守长安的都指挥使朱友伦，在与客人打马球时，不慎坠马被踏而亡。
朱友伦是朱全忠的侄子，得知此事的朱全忠既悲且怒，怀疑是崔胤所为，一气之下将参与马球的十余人全部处死，并派另一个侄子朱友谅接替朱友伦。
崔胤当初借助朱全忠消灭了宦官，而朱全忠也很好的利用了这次宫廷政变，打服了李茂贞，吞并了关中。
随着实力的快速扩张，朱全忠逐渐有了篡夺帝位的想法！
崔胤人虽不着调，但毕竟也是大唐的既得利益者。他只想用朝廷这个外壳去实现个人利益的最大化，从没想过要把这个外壳打碎，覆巢之下无完卵的道理他还是懂的。
当他发现了朱全忠的野心后，开始忧虑恐惧。从表面看仍与朱全忠保持着亲密关系，但内心却起了隔阂。
他向朱全忠提议：“长安与李茂贞交界，不能全无防范。如今朝廷的六军十二卫徒有虚名，我想招募些新兵将其充实，这样您便无需再为西边的安全费神了！”
朱全忠是个老江湖，见识过太多的尔虞我诈，崔胤这点伎俩自然瞒不过他。但他并未说破，而是点头默许，暗中派人冒充平民应征入伍，用以探知崔胤动向。
崔胤对此毫无所知，满腔热忱的投入到训练士卒、购置武器、修缮城防中，忙的不可开交。只是他没发现，朱全忠那张貌似温和的脸上，已开始变得狰狞。
元佑元年（904年）正月，朱全忠密奏朝廷，举报崔胤专擅权力，扰乱国家，离间君臣。请求将他及其同党郑元规、陈班等一并处死。
昭宗一则无力劝止，二则崔胤实在猖獗，昭宗对他也早有看法。
正月初十，朝廷按朱全忠意图，下诏列举崔胤罪状，撤销其所有职务、爵位，任命裴枢、独孤损分掌六军，解散崔胤所招士卒。任命兵部尚书崔远、翰林学士柳璨为相。
正月十二日，朱全忠密令朱友谅出兵，将崔胤等人斩于家中。
崔胤为了个人利益，拿大唐江山和昭宗安危作交换，一味迎合金主朱全忠，致使昭宗两次被逼逃离长安。掌权后又别有用心，得罪了金主，最终身死命丧。想想被他害死的那些忠臣良相，以及无辜被杀的数百宦官，也算罪有应得！
朱全忠在攻克邠州时，李茂贞的义子、节度使杨崇本投降，朱全忠将他妻子送往河中（山西永济）为质。杨妻貌美，朱全忠与她发生了关系，之后又将她送还给了杨崇本。
戴了绿帽的杨崇本怒火万丈，与李茂贞联系：“唐室将亡，义父怎可坐视不管！”
随即把名字改回李继徽，联合李茂贞出兵进逼京畿。没想到这一行为，却给了朱全忠一个把昭宗迁往洛阳的最好理由。
正月二十一日，昭宗临幸延喜楼，朱全忠牙将寇彦卿奏报：“邠、歧军队逼近京畿，请皇上迁都洛阳。”
等到昭宗下楼，宰相裴枢已经接到朱全忠催促百官东行的命令。
二十二日，长安百姓在宣武军的逼迫下，携老带幼分批离开家乡，人们边走边骂：“贼臣崔胤误国，让我们流离失所！”
二十六日，昭宗车驾离开长安！
朱全忠安排将领张廷范彻底拆毁城内建筑，将木料投入渭河沿水东下运至洛阳。
辉煌了近三个世纪的长安，自此沦为废墟，彻底失去了成为国都的基础！
二十八日，昭宗抵达华州（陕西渭南市华州区），市民夹道迎接，山呼万岁。
此情此景，令昭宗感伤落泪。他探出头，语调低沉的说：“不要再称万岁了！从今往后，我已不再是你们的君王！”
当晚，昭宗一行在华州休息。昭宗对身旁侍者叹惜道：“纥干山上冻杀雀，何不飞去生处乐！如今我漂泊至此，竟不知将要流落何处。”
二月初十，昭宗行至陕州（河南三门峡市陕州区）。因洛阳宫室正在整修，暂时在此逗留。
十一日，朱全忠朝见！
昭宗将他引入内室去见何后，何后哭着告诉昭宗：“从今起，我们夫妇性命全落到朱全忠手里了。”
三月二十二日，昭宗派身边近侍潜出陕州，携他亲笔密信向王建、杨行密、李克用告急，信中称：“朕一旦到了洛阳，必被幽禁。所有诏书将出自全忠之手，朕的意思再无法传出！”
只是此时此刻，大家都在各忙各的，谁还顾得上他呢！
四月十六日，洛阳宫室修竣，朱全忠奏请昭宗早日出发。
司天监王墀对昭宗说：“近日星相有变，秋季东行不利。”昭宗遂以皇后刚刚生产，身体不便为由，请求等到十月再走。
朱全忠怀疑昭宗别有他图，同时也担心夜长梦多，交待牙将寇彦卿催促昭宗出发。
五月初三，昭宗迫不得已从陕州向洛阳进发。
初八，朱全忠在新安（河南洛阳辖且）迎驾，他通过内线得知了王墀的话，让人诬告王墀以及晋国夫人可证、内都知韦周等人阴谋杀害朱全忠，将他们收监斩杀。
五月初九，昭宗在谷水（洛阳附近）休息。
崔胤死后，六军十二卫解散，昭宗身边只有两百余名陪打球、供差遣的半大孩子陪同。
即便如此朱全忠仍不放心，便以请吃饭为由，把这二百余人一并勒死。又从军中挑了两百多人，冒充他们陪侍昭宗，过了好几天昭宗才发觉。
此时的昭宗，连身边仆役都已是朱全忠的人。
五月初十，车驾到达洛阳。昭宗亲临正殿，接受百官朝贺。
十四日，任命蒋玄晖为宣徽南院兼枢密使，王殷为宣徽北院兼枢密使，张廷范为金吾将军，韦震为河南尹兼六军诸卫副使，朱友恭为左龙武统军，氏叔琮为右龙武统军。
这些人都是朱全忠最信任的心腹将领，昭宗就像关进笼中的鸟儿，再没了任何挣扎的余地。