朱载坖很清楚，对于倭国肯定是要严加防范的，防止其东山再起，成为大明的祸患，最好的办法就是将其加以郡县，但是此事不可操切，否则的话反而会遭到反噬，所以要逐步推动，现在首先是削弱倭国的抵抗能力，对于倭国境内的各种反抗势力予以消灭，同时在文化上予以同化。
除此之外，还要对于倭国的行政区划予以调整，按照大明的府州县体制予以设立，为日后的郡县打好基础，朱载坖当然很清楚，这样做势必会在倭国激起反抗，但是朱载坖就是要激起这些倭人的反抗，否则的话，朱载坖就没有借口严厉镇压这些倭人，同时对于倭国朝廷予以清洗，再安插大明官员或者是忠于大明的倭国官员，这点是非常之重要的。
这些事情朱载坖需要先做起来，趁朱载坖还能够有精力的时候，将这些事情尽可能的推动起来，只要形成了强大的惯性，这些事情最终就会水到渠成的完成，所以朱载坖对于此事还是很重视的，除此之外，自然就是卫所的改革和西北的屯垦以及水利事宜，朝廷为此编制了大量的预算，准备分五年投入一千五百余万元的资金，整顿西北的水利和交通，同时整顿西北的军屯。
西北主要有陕西都司、甘肃都司、青海都司、宁夏都司和西域的各个卫所所组成，现在隶属于左军都督府管理，下辖各卫所六十余个，首先自然是对于这些卫所的整顿和军屯的恢复，朱载坖命令行都督府和卫尉寺、都察院首先核实现在实用军户数量，补充军户到各个卫所之中，同时组织军户力量清理军屯，分配土地，兴修水利，这次的水利兴修，不仅仅要动员各个卫所的军户，地方官府也要参与进来，制定详细的方案，不仅仅要修好各种水利工程，同时要加以维护，同时制定合理的水源分配办法，保证地方和卫所的屯田都能够从中受益。
除此之外就是在河套等地大规模种树，不仅是为了巩固边防，也是为了保护这些水利设施，减少风沙和水土流失，使得黄河的泥沙含量减少，减少水患，同时也要在河南大兴水利，加强堤防，以保证北方的粮食产量，对于边防任务较轻的地方，可以将卫所改为屯卫，增加屯垦的比例，保证粮食供应。
除此之外，对于现在的大明来说，最重要的就是加强经略西域，对于西域道路交通情况的改善和兵站体系的设立，朝廷对于西域的供应能力得到了加强，以从嘉峪关到哈密为例，哈密距嘉峪关一千五百余里，本设十八站，在经过兵站都司的确定之后，沿途设置兵站二十五处，用于轮换骡马，休息士卒等，可以在十六天将西域官军所需要的物资运抵哈密，然后以哈密为转运中心，将现在朝廷所控制的各种的各种地方予以串联起来。
现在朝廷接济西域的驿道是从京师出发，经由北直隶、、山西、陕西、甘肃等省省会，到达嘉峪关，然后经哈密越天山，到达交河、庭州等地；但是朱载坖认为，除了这些道路之外，还要添设北线补给道路，北线自张家口和南线分道，一路向西，经山西、陕西、甘肃各省北部进入蒙古地界，直抵巴里坤。
同时还要和蒙古商量，开辟经由土默特部直接抵达西域的补给道路，不仅仅是要加强对于西域的控制，同时还要加强对于土默特部的控制，朝廷不仅仅要通过经济和政治手段加强对于土默特部的控制，必要的军事手段也是要采取的，通过驿路加强朝廷对于蒙古诸部的控制，是朱载坖一直要做的事情。
朱载坖之前派遣张学颜去往蒙古一个重要的任务就是商讨这些驿站的设立，首先是加强土默特部和大明的联系，同时要派遣驻归化城的重臣，方便就近处理一些涉及到蒙古的事务，同时也要征调土默特部参与西域的战事，同时规划从哈密到乌鲁木齐的驿路，西路自哈密或巴里坤，经肋巴泉、木垒河、奇台、庭州、阜康等地，到达乌鲁木齐，共 25 处台站，计 1500 里；每站配备车辆三百辆和相应的牲畜，用于转运官军所需要的各种物资和粮秣。
同时规划西域整体的驿路体系，朱载坖在和兵部、邮政总署、五军都督府等相关衙门规划整个西域的交通和邮驿，朱载坖的核心策略是以北制南，所以天山北路的驿道就是非常之重要的，朝廷必须整顿道路，以方便大明对于蒙古、西域的掌握。
天山北路台站，除主干道以外，还有干道、支道。如从哈密到乌鲁木齐，或越天山先到巴里坤，然后西行；或自会宁驿过天山到肋巴泉，与主干道汇合；或先到吐鲁番，经根特克、白杨河、喀喇巴尔噶逊，再到乌鲁木齐。又如从古城到科布多，除了从孚远驿北上到达科布多的干道外，还可以经旱沟、芨芨湖、老君庙、北塔山，走草地至科布多或乌里雅苏台，而且沿途都要设有台站。
按照朱载坖的规划，从乌鲁木齐，经庭州、绥来、晶河，到伊犁惠远城，沿途设有军台20 座，驿站 21 座，营塘 14 座，并在红山嘴、洛克伦、玛纳斯山口及沙拉托会等地建有用于保护道路的巡检司，从乌鲁木齐经巴里坤至哈密，有营塘 23座、驿站 18 座，用以转运各种物资和文书传递等。
按照相关衙门的预计，朝廷将会以乌鲁木齐为中心，新开辟六条驿道，新旧驿站道路加起来共 2 万余里，驿站合计 259 处。西域各城之间道路每隔90 里设置驿站，向各方向伸展出若干条交通干线与支线，形成射线状驿路，使天山南北与内地交通网络得以贯通。
而这些，都需要朝廷大量的投入，现在朱载坖的要求是在官军已经夺取的地方建设兵站和驿站，同时继续增兵西域。