对于倭国，朱载坖一直是十分之警惕的，这些年也有不少重臣向朱载坖上疏说明倭国狼子野心，久必为患，对于这点朱载坖也是很清楚的，现在倭国之所以相对平静，是因为现在大明还在倭国屯驻了重兵，但是现在倭国朝廷显然已经有些不安分，这点是朱载坖很担心的，这说明大明应该开始调整对倭国的政策了。
朱载坖为此召见了内阁辅臣和相关的部院重臣，还有练兵军务处的参赞军务大臣们的，一道商量应该怎么应对倭国的事情，朱载坖将方逢时和刘綎的奏疏给诸位部院重臣们看了之后询问道：“诸位怎么看此事，倭人又有些不安分了。”
对于此事，王锡爵还是有些发言权的，王锡爵毕竟担任过安东都护，对于倭国的情况还是有些了解的，同样的还有徐渭等人，他们对于倭国的情况也还是知道一些的，他们认为确实是应该改变对于倭国的一些政策了，对于大明而言，之前由于倭国地方势力过于强大，容易影响大明在倭国的利益，所以大明在倭国所采取的是强干弱枝的办法，即对于倭国的地方势力采取加以抑制的态度，同时对于倭国朝廷采取扶持的政策，这是是根据当时倭国的实际情况所作出的决策。
就当时的情况而言，大明的这个办法显然是是有很好的效果的，因为对于当时的倭国来说，所谓的倭国朝廷已经根本没有什么威信可言了，倭国国王比之汉献帝都不如，各个地方势力雄踞一方，而大明不可能在倭国投入重兵，一个一个的予以讨平，所以对于当时的情况，采取强干弱枝是正确的。
但是到了现在，倭国的情况已经是朝廷必须要予以调整政策了，随着倭国朝廷势力的增强，他们试图反抗大明，这是绝对不能允许的，现在倭国是大明重要的资源产地和商品市场，对于大明来说，倭国的地位是十分之重要的，不仅仅是金银、硫磺还有铜料等重要的战略物资，还有未来倭国在交通上的重要地位，这些都是非常之重要的，所以务必要采取有力的措施。
而练兵军务处的参赞军务大臣们意见是很简单的，既然倭国朝廷不听话，就应该换一个，甚至干脆将倭国加以郡县，不过朱载坖认为现在对于倭国实施郡县的时机还不成熟，毕竟倭国是一个长期游离于大明朝贡体系之外的国家，并且倭国从来就不是大明的领土，吃掉一个藩属，对于大明的宗藩体系是极大的冲击，之前大明对于安南等地用兵，尚且可以用收复故土作为理由，但是其实已经在大明的这些藩属中震撼颇大了，这点朱载坖是很清楚的，现在对于大明来说，是要稳定宗藩体系，以宗藩体系加强大明对于这些藩属的经济和政治控制，所以此时将倭国加以郡县其实是不太合适的。
这点朱载坖是很清楚的，但是对于倭国现在的情况，大明也绝对不能坐视，在和重臣们商量之后，朱载坖决定加强在倭国的军事存在，这点是很重要的，安东都护府实力最强大的时候，麾下官军达到过十万之众，对于倭国形成了强大的震慑能力，后来因为倭国的形势逐渐稳定下来，同时大明又在安南等地用兵，所以大明朝廷持续的将安东都护府的官军调走，现在整个安东镇下辖官军仅有三万余，再加上安东五卫和安东五屯卫的卫所官军，可以之兵也不超过五万，而且各个卫所分散在各地，削弱了朝廷对于倭国的控制。
朱载坖决定从亲军诸卫中抽点两卫，轮换驻防安东都护府，增加安东都护府的实力，除了这些脱产士卒之外，也要继续增加在倭国的卫所官军，朱载坖命令再组建镇东五卫，驻守在倭国的战略要地，同时提高安东都护府下设个卫所脱产军士的比例，各卫所脱产和屯田军士五五开，屯卫也要保留三成的脱产士卒，以应对可能出现的问题。
同时就是调整大明对于倭国的政策，之前大明为了统治倭国比较方便，所以一直采取的是加强倭国朝廷的权威，利用倭国朝廷来推行大明的相关政策，显然看来，倭国朝廷显然已经不太明白自己有几斤几两了，必须加以敲打，朱载坖命令安东都护府也要扶持一些对大明恭顺的地方势力，以平衡倭国内外的局势。
对于倭国朝廷，大明也要采取相应的措施，首先就是直接削弱其兵力，之前朱载坖一直在调动倭军前往安南一事上有所犹豫，现在朱载坖决定从倭国朝廷中调走部分倭军，前往安南，协助官军剿除安南的反抗势力，同时密谕提督安南军务吴惟忠，将这批倭军尽可能的留在安南，同时削减倭军的总员额，倭国朝廷军队和各地方势力的军队、巡检等力量，必须低于官军员额的七成，同时继续收缴倭国民间武器，削弱倭国的军事力量。
朱载坖还派遣锦衣亲军赴倭国，详细侦查倭国朝廷内部对大明不满的人，即便是倭王，敢于对大明不满，朱载坖也要让他体面的，同时加强同化，颁布命令，废除倭国的各种假名，全面使用汉字和汉语，加强对于倭国的同化，之前虽然倭国的各种文书皆以汉字写成。但由于汉文经典的文言文极为难解，汉字笔画又多，对当时的倭国人来说，非常难学，便间接造成只限一小部分耐得住十载寒窗的书生，或有钱有势、能雇家庭教师让子女进修的贵族阶层，得以识字书写外，其余大部分民众均是汉文文盲的结果。
所以才会出现所谓的假名，朱载坖命令废除倭国的假名和语言，在倭国推行汉化，即使用汉字，说汉语，以洪武正韵为基础，将其民族特点逐渐予以消磨，为日后的郡县创造条件。