朱载坖的这些举措，一来是填补空缺，将这些空缺的重要岗位予以填补，同时换上的也都是朱载坖的心腹，如兵部尚书协理京营戎政徐渭和总督京营戎政魏国公徐邦瑞，徐渭自不待言，而徐邦瑞则是和朱载坖关系密切，他们的魏国公之位都和朱载坖关系密切，自然也是朱载坖的心腹之一，虽然能力有所不足，但是稳定京营是足够了。
同时朱载坖发布命令，曹国公李言恭守制结束，加中军都督府都督佥事，兼锦衣亲军都指挥同知，提督巡捕，升右佥都御史、巡抚山东宋应昌加兵部左侍郎，总督直隶等处军务事，同时将京卫都指挥使与提督直隶、大宁等处军务事对调，原京卫都指挥使兼三千营总兵李如松外放提督直隶、大宁等处军务事，调英国公张元功担任领侍卫内大臣兼京卫都指挥使，负责指挥亲军诸卫。
同时朱载坖命令端阳朝会，朱载坖的身体已经有所恢复了，所以朱载坖才决定在端阳节举行大朝会，在群臣面前露露脸，而现在最重要的问题就是首辅张四维的请辞问题，张四维已经多次请辞了，虽然朱载坖也多次挽留，但是张四维去意甚坚，他认为自己现在已经不适合再待在朝廷了，申时行能够领导内阁辅政，同时向朱载坖推荐了王家屏，认为王家屏是可用之才，朱载坖很清楚张四维的意思，就是用自己的去位换取王家屏的入阁。
朱载坖在思量之后决定同意张四维的请辞，加张四维少师兼太子太师，顾问咨询大臣，特进光禄大夫、左柱国赐驰驿，命锦衣亲军护送归乡，同时朱载坖亲自下旨，原督师南京大学士沈鲤升文渊阁大学士回京听用，礼部左侍郎协理学政王家屏升东阁大学士，入阁预机务，督师南京兼理粮饷，翰林学士兼礼部左侍郎、国史馆总裁、百科全书总裁陈于陛加东阁大学士，入阁预机务。
原次辅、建极殿大学士申时行升中极殿大学士，原武英殿大学士王锡爵升建极殿大学士，原礼部尚书兼文华殿大学士罗万化升建极殿大学士，这样的话内阁的情形就比较好玩了，首辅申时行自然是毫无疑问的，但是按照惯例次辅是建极殿大学士，但是朱载坖将王锡爵和罗升任同时升任建极殿大学士，这就使得群臣们有些看不明白了。
不过申时行反倒是看的很明白，这是朱载坖的帝王心术罢了，因为现在的内阁中，嘉靖四十一年的状元、榜样、探花，申时行、王锡爵、余有丁同时在阁，如果申时行担任首辅的话，势必要对于他的权力进行一些限制，所以朱载坖故意不明确次辅的人选，王锡爵和罗万化两人势必在内阁有所龃龉，同时罗万化作为朱载坖一手提拔起来的重臣，也可以在内阁对申时行等人形成制衡，而且沈鲤也回朝，这位可是高拱推荐的人才，同时也是一向不给人好脸色的主。
而新入阁的两位王家屏是什么出身其实大家都很清楚，而且他被派往南京，现在对于朝廷的影响是很有限了，而另外一个是陈于陛，他是朱载坖讲官陈以勤的儿子，和朱载坖的关系自然是不一般的，而且他主要是负责修书，对于朝政和他父亲陈以勤一样，不太关心。
而接下来朱载坖的诏书就是很奇怪的事情，朱载坖下旨，起复原右佥都御史巡抚陕西韩楫为右副都御史，这是一个很奇怪的任命，韩楫是高拱的嫡系，在高拱致仕之后被言官所劾，时隔多年之后，朱载坖却再次将其起复，并且安排高级言官，这是一个极为不寻常的信号，朱载坖对于之前被劾罢的一些臣子予以起复。
同时对于地方的重臣予以调整，原户部左侍郎张学颜加右都御史兼南京兵部尚书参赞机务，总督南直隶，这是一个极为敏感的信号，张学颜也是江陵党的重要成员，而朱载坖现在将张学颜予以外放，所表达的意思让群臣是有些摸不着头脑了，一方面朱载坖任命劳堪这样的人主持大计，对于王国光、方逢时、王篆等人也予以重用，但是另一方面朱载坖也将张学颜这样的人予以调出京师，缓和朝廷的矛盾。
陆绎病愈之后，重新执掌锦衣亲军，对于这次的官员们上疏进行了详细的调查，针对这次大计，不满的主要是有两类人，第一就是之前在张居正时代因为种种原因被张居正及其党羽所处分的人和他们的亲朋好友，他们对于张居正和他的党羽是切齿痛恨的，这点朱载坖当然是很清楚的，不过朱载坖也很清楚，不可能为了他们的个人私利影响朝廷的大政方针。
而另外一部分人则是对于朝廷新政有所不满的人，他们或者是在新政中利益受损，或者是因为考成等种种原因影响了自己的仕途 ，当然也有人是想搞政治投机，对于这些人，该处理的要予以处理，同时东厂也要打击那些散布谣言的人，保证朝廷大计的正常进行。
当然，朱载坖很清楚，这些人不可能就此罢休的，即便朱载坖现在予以震慑，他们中一定是有人会上疏搞事情的，果不其然，浙江道掌道御史余懋学上疏称：“今执政大臣，一政之善，辄矜赞导之功，一事之失，辄诿挽回之难，是为诬上。其蠹一。进用一人，执政则曰我所注意也，冢宰则曰我所推毂也，选郎则曰我所登用也。受爵公朝，拜恩私室，是为招权。其蠹二。陛下天纵圣明，犹虚怀纳谏。乃二三大僚，稍有规正，辄奋袂而起，恶声相加，是为讳疾。其蠹三。中外臣工，率探政府意向，而不恤公论。论人则毁誉视其爱憎，行政则举置徇其喜怒，是为承望。其蠹四。君子立身，和而不同。今当路意有所主，则群相附和，敢于抗天子，而难于违大臣，是为雷同。其蠹五。我国家谏无专官，今他曹稍有建白，不曰出位，则曰沽名，沮忠直之心，长壅蔽之渐，是为阻抑。其蠹六。自张居正蒙蔽主聪，道路以目，今余风未殄，欺罔日滋。”
他将此事直接挑明了，矛头指向张居正。