胡宗宪当即修书一封，遣快马急驰京师，上奏嘉靖帝，言及盐商首领潜逃之事，并请旨定夺。
嘉靖帝览奏，龙颜大怒，拍案骂道：“此辈奸商，竟敢潜逃海外，逃避国法，实乃罪大恶极！朕意已决，必将其缉拿归案，明正典刑，以儆效尤！”
于是，嘉靖帝再下密诏，令锦衣卫指挥使陆炳，协同东厂提督冯保，速速擒拿盐商首领及其余党，务求一网打尽，不留后患。诏书道：“这些奸商，阻挠国法，欺压百姓，罪不容诛。你们当须竭力缉捕，勿使其逃脱法网。凡涉案之人，无论贵贱，都在缉拿之列。务使盐法得以施行，百姓得以安居乐业，朕亦不负你们的忠勤。”
陆炳、冯保接诏后，即刻调集人手，分头行事，一面加大对盐商首领及其党羽的缉捕力度，一面加强对江南各地盐运的监察，以防盐商再行阻挠。二人都深知此事关乎国体民心，丝毫不敢懈怠，陆炳亲率锦衣卫铁骑，遍搜江南各地，凡有盐商首领及其党羽的蛛丝马迹，均不放过，而冯保则坐镇京师，调度东厂番子，密切监视京城内外动静，以防盐商余党有所图谋。
不久过后，陆炳捷报频传，言已擒获盐商首领数人，其余党羽亦纷纷落网。这些盐商初时尚欲负隅顽抗，然锦衣卫铁骑神勇，东厂番子机敏，他们终是难逃法网。凡被擒获之人，都被押解至总督府，由胡宗宪亲自审讯。
胡宗宪升堂审讯，威仪赫赫，直视阶下囚徒，厉声道：“尔等身为盐商，本应奉公守法，缘何胆敢阻挠盐法，欺压百姓？今被擒获，尚有何辞？”
盐商首领闻胡宗宪厉声责问，面如土色，匍匐在地，颤声答道：“小人等一时财迷心窍，误入歧途，还望大人宽宏大量，饶小人一命。”
胡宗宪听罢，怒目圆睁，拍案而起，斥道：“尔等欺压百姓，阻挠国法，罪孽深重，尚敢妄求活命？真乃冥顽不灵！来人啊，将其等押入天牢，待本官上奏朝廷，再行定夺。”
胡宗宪既斥，就令近侍将盐商首领及其党羽押入天牢，严加看管，以防逃逸。
旋即，胡宗宪复坐堂上，沉吟片刻，挥毫疾书，再上一疏，详述盐商作恶多端之事，并奏请嘉靖帝圣裁。
奏疏道：“臣胡宗宪顿首上言，近日盐商首领潜逃海外，阻挠盐法，欺压百姓，罪状昭彰。幸得陛下圣明，密诏陆炳、冯保，严缉凶顽。今陆炳已擒获盐商首领数人，其余党羽亦相继落网。此皆陛下威福所致，臣等不过奉行天讨。然盐商作恶多端，欺压百姓之状，实不忍闻。臣请陛下圣裁，或明正典刑，以彰国法；或宽其一线，以示皇恩。然无论圣裁若何，臣必鞠躬尽瘁，以保盐法施行，百姓安居乐业。臣不胜惶恐之至，谨昧死上闻。”
书毕，命心腹即遣快马驰送京师。
嘉靖帝览其疏，嘉其忠勤，对胡宗宪的心腹说道：“胡卿所奏，深得朕心。此辈奸商，罪有应得。然法度之外，亦须兼顾人情。朕欲施仁政于天下，岂可一概而论？”
嘉靖帝既嘉胡卿之奏，于是沉吟片刻，续下诏道：“胡卿忠勤可嘉，所奏盐商之事，朕已知晓。此辈奸商，欺压百姓，阻挠国法，实乃国之大患。今既擒获，当须明正典刑，以彰国法。然朕亦知，法度之外，须兼顾人情。朕欲施仁政于天下，岂可一味严刑峻法？尔等当须详察案情，对那些真心悔过、愿助国施法者，可予宽宥，令其戴罪立功。如此，既彰国法，亦显朕之宽宏。胡卿素有忠心，朕深信卿必能妥善处理此事，以安民心。卿当须竭力而行，勿负朕之厚望。”
心腹领命，即刻驰马回江南，将嘉靖帝之意转达胡宗宪。
胡宗宪闻诏，心怀敬畏，叩谢圣恩，道：“陛下隆恩浩荡，微臣感激涕零。臣必当鞠躬尽瘁，死而后已，以报陛下知遇之恩。此辈盐商，作恶多端，欺压百姓，阻挠国法，今既擒获，自当明正典刑，以彰国法。然陛下仁心宅厚，欲施仁政于天下，臣亦当体察圣意，对那些真心悔过者，予以宽宥，令其戴罪立功。如此，既不失国法之威严，又显陛下之宽宏。臣即刻行文各府州县，详察案情，务必做到公正无私，以安民心。”
胡宗宪既承圣命，即刻行文各府州县，令其详察盐商案情，务求公正无私。其文道：“近日盐商作乱，欺压百姓，阻挠国法，幸得陛下圣明，密诏擒拿，今已伏法者众。然法度之外，须兼顾人情，我等当须详察案情，对那些真心悔过、愿助国施法者，可予宽宥，令其戴罪立功。如此，既彰国法，亦显陛下之宽宏。我等身为臣子，当须竭力而行，勿负陛下厚望。今行文各府州县，望尔等详察案情，公正无私，以安民心。”
各府州县接文后，皆不敢懈怠，即刻详察案情，凡有盐商涉案者，皆一一记录在案，上呈胡宗宪。胡宗宪亲自审阅，对那些真心悔过、愿助国施法者，一一宽宥，令其戴罪立功；对那些冥顽不灵、继续作恶者，则严惩不贷，明正典刑。
于是，江南盐事渐趋平稳，百姓安居乐业，商贾亦各遵秩序，不复有阻挠国法之事。
胡宗宪见盐法得施，心中甚慰，然亦知此非长久之计，须得治本之策，方可绝后患。
胡宗宪念及盐事虽平，治本之策尚未得施，于是召幕僚商议道：“盐法之弊，源于商贾的贪婪，阻挠国法，欺压百姓。今虽擒获凶顽，然非长久之计。我辈当寻治本之策，方可绝后患。诸位有何良策，可解此困局？”
众幕僚沉吟思索，片刻后，一士人起身奏道：“大人所言极是，盐法之弊，实乃商贾贪婪所致。然治本之策，窃以为在于改革盐法，使之更为公正合理，商贾无从阻挠，百姓亦得实惠。如此，则盐事可安，后患可绝。”