历代诸家本草
《神农本草经》中记载，掌禹锡提到：过去传说《本草经》共三卷，是神农所着，但并未明确见于典籍记载，《汉书·艺文志》中也没有相关记录。汉平帝的纪事中提到：元始五年，朝廷下令征召天下通晓方术和本草的人，由各地用轻车传送到京城。
《楼护传》记载：楼护年少时就能背诵医经、本草和方术典籍数十万字，这一名称大概最早见于此处。唐代李积等人根据梁代《七录》中收录的三卷《神农本草经》，推断其为本草着作的起源。但他们又怀疑书中记载的郡县名称包含东汉时的地名，推测可能是张仲景、华佗等人所着，这些看法都不准确。查考《淮南子》可知：神农氏品尝百草滋味，一日之内遭遇七十次毒害，由此开创了医药方术。上古时代尚未形成文字记载，通过师徒口耳相传的医药知识，就被称为。到两汉时期，名医辈出，张仲景、华佗等人才开始依据古代学说加入新的见解，系统编纂着述，从此本草学才正式见于经典文献的着录。
《汉书》虽然提到本草，但无法确定它起源于哪个朝代。《世本》和《淮南子》虽然记载神农尝百草来调和药物，但也没有本草这一名称。只有《帝王世纪》说：黄帝派岐伯品尝草木，编定《本草经》，创立医方来治疗百姓疾病。由此可知本草的名称从黄帝开始。上古的圣贤天生具有超凡智慧，所以能辨别天下万物的性味，配合世人疾病的需要。后世的贤能之士继承并补充，又增加了药物的种类。韩保升说：药物分为玉石、草、木、虫、兽等类，之所以称为本草，是因为其中草类药物数量最多。
李时珍说：《神农本草经》将药物分为上、中、下三品，共记载三百六十五种药物，以此对应周天的星宿数目。
梁代陶弘景又增补了汉魏以来名医所用的药物三百六十五种，编成《名医别录》。全书共七卷，开头叙述药性的本源，论述病名的诊断方法；接着按类别分为玉石类、草类、木类、虫兽类、果菜类、米食类，以及有名未用的三类药物。书中用红色书写《神农本草经》的内容，黑色书写《名医别录》的内容，进献给梁武帝。陶弘景，字通明，南朝宋末曾任诸王侍读，后隐居勾曲山，自号华阳隐居，梁武帝常向他咨询政事，享年八十五岁，谥号贞白先生。这部书对医学很有帮助，但也存在不少错误。
隐居先生在茅山修行时，于吐纳修炼之余潜心研究医术，遍览本草药性，认为其中蕴含圣人的智慧，因而撰写论述。旧传《神农本草经》，我认为确实可信。昔日神农氏治理天下，画八卦以通晓鬼神之意，创农耕以减少杀生之害，推广医药以救治病患。这三项功业，经后世圣贤发扬光大。文王、孔子作卦爻辞阐释天道，后稷、伊尹播种百谷造福众生，岐伯、黄帝、彭祖、扁鹊弘扬医道泽被苍生。历经三千年，百姓至今受惠。但黄帝以前文字未传，药性知识只能口耳相传，否则如何流传？至桐君、雷公时代方载入典籍。此书当与《素问》同源，不过后人多次修订。秦始皇焚书时，医方卜筮之书未毁，故得以保全。后经汉献帝迁都、晋怀帝逃亡，典籍散佚，十不存一。
现今保存下来的医书共有三卷。其中记载的郡县名称采用的是后汉时期的行政区划，推测可能是张仲景、华佗等人的着作。另有一部《桐君采药录》，详细描述了药物的花叶形态和颜色。《药对》四卷则专门论述药物配伍中的主辅关系。自魏晋以来，吴普、李当之等医家又对这些内容进行了增删修订，所载药物数目或五百九十五种，或四百四十一种，或三百一十九种。但这些着作存在药物分类混乱的问题：三品药物混杂不清，寒热药性相互错置，草木与矿物未加区分，虫类与兽类亦无明确辨别。且各类药物记载的疗效各有优劣，医家若不能全面掌握这些资料，就会因见识深浅不同而影响诊疗。
现在我综合各类医籍，详考繁简，以《神农本草经》上中下三品共三百六十五种药物为基础，补充历代名医新增药物三百六十五种，合计七百三十味。无论精粗尽数收录，确保无所遗漏。全书按品类分门别类编排，并标注药物产地、采收时节及道教方术所需材料。连同这篇序言共编为七卷。虽不敢说能超越前代名家，但也可自成一家之言。待我离世后，可将此书赠予真正懂医之人。
桐君是黄帝时代的大臣。《桐君采药录》共两卷，记载了药物的花叶形态和颜色，如今已经失传。
后世又出现了《四时采药》《太常采药时月》等着作。
《雷公药对》中记载：李禹锡提到，这是北齐徐之才所着。书中将各种药物的名称、品类、君臣配伍、药性毒性、相克关系以及主治病症分类记录，共两卷。李时珍说，在陶弘景之前已有此书，《吴氏本草》所引用的雷公言论即出自此书。此书原本是黄帝时期雷公所着，徐之才进行了增补修订。徐之才是丹阳人，学识渊博，精通医术，曾侍奉北齐多位皇帝并受宠信，官至尚书左仆射，八十岁去世。追赠司徒，封西阳郡王，谥号衣冠文物。《北史》中有他的传记。
魏国的李当之是华佗的弟子。他修订了《神农本草》三卷，但世间流传很少。李时珍说：这部书的内容散见于吴氏、陶氏的本草着作中，其中有很多独到的见解。
《吴氏本草》记载：李保升说，魏国的吴普，是广陵人，华佗的弟子。全书共一卷。
李时珍说：这部书记载了神农、黄帝、岐伯、桐君、雷公、扁鹊、华佗以及李氏等人关于药物性味的详细论述。现今的《雷公炮炙论》是南朝刘宋时期雷敩所着，并非黄帝时代的雷公。雷敩自称内究守国安正公，可能是当时的官职名称。胡洽居士对该书进行了重新修订。书中收录了三百种药物，分为上、中、下三卷。
药性的描述、炮制方法、煎煮技巧以及加工处理的手法大多古老深奥，文字也古朴简练，自成一派，大多源自干宁晏先生的学说。书首序言阐述药理，意境尤为幽深玄妙，现将其内容摘录于后。干宁先生名为晏封，着有《制伏草石论》六卷，当属炼丹服石类的典籍。
唐高宗命令司空英国公李积等人修订陶弘景注释的《神农本草经》，扩充为七卷。世人称它为《英公唐本草》，内容有较多增补。显庆年间，右监门长史苏恭重新加以校订注释，上表请求修订。皇帝又命令太尉赵国公长孙无忌等二十二人，与苏恭详细审定，增加药物一百一十四种，分为玉石、草、木、人、兽、禽、虫鱼、果、米谷、菜、有名未用十一部。全书共二十卷，目录一卷，另附药图二十五卷，图经七卷，总计五十三卷。世人称它为《唐新本草》。苏恭的注释虽然明晰，但也有许多错误。
天地间最伟大的德性是化育生命，阴阳运行以繁衍万物；生灵最珍贵的是生命，依赖养育以享尽天年。远古时人巢居穴处，对物质的欲望很少；后来制作金属木器，追求欲望的途径才逐渐增多。然而饮食失调，常违背甘辛调和的法则；六气不和，易错失寒温适宜的规律。内外邪气交相侵袭，形体与精神相互抗争。饮食不当，造成肠胃疾病；风湿乘虚而入，引发手足疾患。病邪缠结肌肤，不知及时救治；逐渐深入膏肓，终致短命夭亡。到神农氏辨识百物，才懂得药石的功用；黄帝以云瑞命名医官，探究诊病的技术。草木皆得其药性，鬼神难逃其洞察。剖取麝香截断犀角，驱除邪毒；飞炼丹药熔制金石，吸纳清气。广泛庇护百姓，普救众生；功绩等同造化，恩德超越天地。人们日常受惠而不自知，至今仍依赖于此。岐伯、医和、巫彭、医缓，在前代开创卓越医道；李当之、华佗、张仲景、吴普，在后世发扬医界盛名。昔日秦始皇焚书，此经典幸免于难；永嘉年间战乱频仍，此医术依然传承。南朝梁陶弘景素来崇尚养生，精研医药方术。
《本草经》相传为神农所着，是不可改易的经典。可惜年代久远，竹简书卷残损蠹蚀，与桐君、雷公等诸家记录多有混杂错漏。于是立意编修，汇集成一家之言，旨在精研医方，润泽医道。然而当时正值三国鼎立，远方见闻难以通达；事未经过众议，注解仅凭一家之学。诸如推崇建平防己而废弃槐里半夏，秋季采摘榆仁却冬季采收云实。误判粱米的黄白之辨，混淆荆子的牡蔓之别。将繁缕与鸡肠草误作异类，反把由跋和鸢尾混为一物。防葵与狼毒妄称同根，钩吻和黄精强归同类。铅锡不能区分，橙柚无从辨别。此类谬误，比比皆是。自此之后，直至今日。虽医家流派各立，名医代代相承，因循旧说，少有订正。甚至误将杜衡当作及己，在络石中寻求忍冬。舍弃陟厘而取用蒟藤，排斥飞廉却改用马蓟。沿袭疑误，施行妄说，竟无人察觉。病患多遭危殆，实在令人慨叹。
不久，朝议郎、右监门府长史、骑都尉苏恭指出陶弘景着作中的错漏，辨明民间用药的混乱，于是上表请求修订本草，深合皇帝心意。皇帝便下诏命太尉、扬州都督、监修国史、上柱国赵国公长孙无忌，大中大夫、尚药奉御许孝崇等二十二人，与苏恭共同详加编撰。我认为动植物形态生成因地域不同而性质有异；四季气候变化，感受不同气运则药效有别。若离开原产地，则药材形质相同而功效迥异；若采摘违背时令，便导致物类虽对而时节错谬。名称与实质不符，药性寒温多有偏差。若将此类谬误用于百姓，危害已极；若施于君王父母，更是大逆不道。于是我们上承圣明旨意，下询众人见解；广颁诏令天下，征集各类药物。无论鸟兽鳞介，皆远道而来；凡具名之根茎花果，无不汇聚。随后深入探究奥秘要旨，广博综合各家医方。
《神农本草经》的内容虽有缺失，但只要验证有效的必定记录；《名医别录》的记载虽保存完整，但未经考证的必定修正。考辨诸说异同，审慎取舍。笔墨明晰，判定各家学说的优劣；彩绘鲜明，详述众药的形态。编撰本草及图经目录等，共成五十四卷。期望能包罗古今医药知识，开阔世人见闻。穷尽医方的精妙，拯救百姓的生命。使这部着作流传万年而不湮没，永垂百代而长存。
梁代陶隐居所着的《药总诀》共两卷，论述药物五味的寒热特性、主治病症以及采集贮存的时间方法。另有一种版本题名为《药象口诀》，未注明作者姓名。
《药性本草》记载：禹锡说，《药性论》共四卷，未注明作者姓名，书中区分药物的性味，阐述君臣佐使配伍治疗疾病的功效。另有一种说法认为是陶隐居所着。但书中关于药效的论述，有些与《本草》相矛盾，怀疑并非陶隐居的着作。
李时珍说：《药性论》就是《药性本草》，是唐代甄权所着。甄权是扶沟人，在隋朝担任秘书省正字一职。
唐太宗时期，有位一百二十岁的老人，皇帝亲临他的住所，向他询问药性知识，于是他献上这部书，被授予朝散大夫的官职。书中对药物主治功效的论述十分详尽。
他还撰写了《脉经》和《千金食治》。李时珍说：唐代孙思邈编撰《千金备急方》三十卷，摘录《素问》、扁鹊、华佗、徐之才等人关于补养的论述，以及本草中有关饮食的内容，将米谷、果、菜、鸟兽、虫鱼等分类，附于食治部分，内容也十分明晰详尽。孙思邈隐居在太白山，隋、唐两朝征召他做官，他都没有接受，活到一百多岁去世。他的着作还有《千金翼方》《枕中素书》《摄生真录》《福禄论》《三教论》，以及《老子庄子注》。
唐代同州刺史孟诜撰写了《食疗本草》。张鼎补充了其中缺失的八十九种内容，连同原有的共计二百二十七条，分为三卷。李时珍提到：孟诜是梁地人，武则天时期考中进士，多次升迁至凤阁舍人，后外放任台州司马，又调任同州刺史。唐睿宗征召他入朝，他坚决推辞。去世时享年九十岁。他根据《周礼》中食医的理论编写了这部着作，内容多有增补。此外还着有《必效方》十卷、《补养方》三卷。《唐史》中有他的传记。
唐代开元年间，三原县尉陈藏器编撰了《本草拾遗》。他认为《神农本草经》虽然经过陶弘景、苏敬等人的补充和集注，但遗漏的内容仍然很多，因此另外编写了序例一卷、拾遗六卷、解纷三卷，合称为《本草拾遗》。
李时珍说：陈藏器是四明人。他的着作广博地参考了众多书籍，精确地考订了各类事物，纠正了错误，搜集了隐秘不显的内容，自《本草》问世以来，无人能及。学识浅薄的人，不细究他内容的详尽，只讥讽他记载的冷僻怪异。宋代人也多有删减。他们哪里知道天地间的物品种类无穷无尽，古今隐没与显现的情况也不同，使用与否因时而异，名称也可能变化，怎能以片面的见解就轻易嘲笑别人的广博见闻呢？比如辟虺雷、海马、胡豆这类东西，过去不为人知而如今已被应用；仰天皮、灯花、破扇子这类物品，都是百姓日常所用的东西。如果不是这本书收录记载，又从哪里查考呢？这正是本草类书籍不嫌详尽的原因。
《南海药谱》共两卷，作者不详，书中杂乱记载了南方药物产地及治病功效，内容缺乏条理。李时珍指出此书即《海药本草》，共六卷，为唐代李珣所着。李珣应是唐肃宗、代宗时期人士，该书收录于《四声本草》中。《四声本草》由唐代兰陵隐士萧炳编纂，他按药名首字的平、上、去、入四声分类排列以便查阅，但无新见解。全书五卷，进士王收为之作序。
《删繁本草》由唐代润州医博士兼节度随军杨损之编撰。该书删减了本草中不常用及有名无实的药物，共五卷。杨损之为唐玄宗开元以后的人，书中并无新的见解。
《本草音义》共两卷，由唐代李含光撰写。另有甄立言、殷子严所着《本草性事类》。禹锡记载：此书由京兆医工杜善方编纂，具体年代不详。全书一卷，按类别解释本草药物名称，并附有各类药物的炮制配伍、禁忌相克、相宜作用及解毒方法等内容。
南唐陪戎副尉、剑州医学助教陈士良编撰了《食性本草》。该书摘取神农、陶弘景、苏恭、孟诜、陈藏器等各家医书中与饮食相关的内容分类整理，并附上食医的各类方剂，以及四季调养脏腑的方法。李时珍评价道：全书共十卷，主要汇总前人论述，没有太多创新见解。古代有淮南王所着《食经》一百二十卷，崔浩《食经》九卷，竺喧《食经》十卷，《膳馐养疗》二十卷，昝殷《食医心镜》三卷，娄居中《食治通说》一卷，陈直《奉亲养老书》二卷，这些着作都记载了饮食治疗的方剂，继承了古代食医的理念。
唐末五代时期，后蜀君主孟昶命令翰林学士韩保升等人联合众医官，以唐代《新修本草》为底本进行校勘增补并添加注释，另编撰《蜀本草图经》共二十卷，孟昶亲自作序，世人称这部着作为《蜀本草》。书中描绘药物形态的图文解说，比陶弘景《本草经集注》和苏敬《新修本草》的记载更为详尽。
宋太祖开宝六年，皇帝命令尚药奉御刘翰、道士马志等九人，参考唐代和蜀地的本草着作进行详细校订，同时结合陈藏器《本草拾遗》等书籍相互考证，修正药物别名，新增一百三十三种药物。马志为这些内容作注解，翰林学士卢多逊等人负责刊定。开宝七年又下诏命马志等人重新审定，由学士李昉等人审阅。书中凡属神农氏所传内容用白字书写，名医增补的内容用黑字区分。全书连同目录共二十一卷。序言写道：三坟古籍中，神农着作占其一；百药得以辨明，皆因本草保存其记录。
旧有的《神农本草经》三卷，是世间流传的版本；《名医别录》与之相互补充编撰。到了梁代的贞白先生陶弘景，才用《别录》的内容参考《本经》，用朱笔和墨笔分别书写，当时称为清晰明了，又考证药物的功效，为之作注释，编成七卷，在南方流传。到了唐代，重新加以参校，增加药物八百多种，添注扩充为二十一卷，对《本经》遗漏的功效加以补充，对陶氏的错误说法予以纠正。然而经过多年流传，又过了四百年，朱字墨字的版本已没有相同的；旧注新注的内容，文字也互有缺失。若非圣明的君主统御天下太平的时运，享有永无止境的福泽，又怎能加以修订和改正呢？于是下令全面考订流传中的错误，刊印为定本，分类体例不当之处，都予以革除。
毛笔的灰是兔毛制成的，原本归在草部，现在改附在兔头骨条目下；半天河水和地浆都属于水类，原列在草部，现调整到玉石类中。败鼓皮移至兽皮部；胡桐泪改归木类。紫矿本是树木产物，从玉石类移出；伏翼实际属于禽类，由虫鱼部调整过来。橘和柚归入果实类，食盐并入光盐条目。生姜与干姜合并为一条。鸡肠草、繁缕、陆英、蒴藋这些形态相似的草药，按类别集中编排。同时参考了陈藏器《本草拾遗》和李含光《音义》的记载，有的考据其他版本，有的采纳医家经验，多方比对以辨明正误。突厥白过去被当作灰类，现确认是植物根茎；天麻根原被解释为赤箭，如今证实二者完全不同。删除错误说法，确立新条目。其余修订之处不胜枚举。广泛采纳各方意见后，最终刻版印行。书中用白字标示神农氏原始记载，墨字记录后世名医增补内容。唐代新增和宋代新增条目都明确标注，详细解释药性形态。纠正前人谬误的注释标为；考证文献的说明写作。内容审定后，条理更加清晰。现将新旧药物共计九百八十三种与二十一卷目录刊行天下，供世人传习使用。
宋仁宗嘉佑二年，朝廷诏令光禄卿直秘阁掌禹锡、尚书祠部郎中秘阁校理林亿等人，协同众医官重新修订本草。新增补药物八十二种，重新审定十七种，总计一千八十二条，称为《嘉佑补注本草》，共二十卷。这部书虽有校订修订，但无重大创见。其序言大略说：《神农本草经》三卷，仅载药物三百六十五种。到陶弘景又增补《名医别录》，也是三百六十五种，并加以注释，分为七卷。唐代苏恭等人又增加一百一十四种，扩充为二十卷，称为《唐本草》。本朝开宝年间，两次诏令医官刘翰、道士马志等人修订，增补一百三十三种，编成《开宝本草》。伪蜀国主孟昶也曾命学士韩保升等人稍作增补，称为《蜀本草》。
嘉佑二年八月，皇帝下诏命臣禹锡、臣亿等人对医书再次校正。我们奉命后，便深入核查研究。我们认为，前代医家在诊断用药时，常将见效的方剂随手记录，导致内容不断增多。这些内容散见于各类医书，浩瀚广博难以穷尽；虽经多次删减修订，但取舍标准不一。有些药物《神农本草经》虽有记载，但叙述简略；有些民间常用之药，却未被太医收录。若不依据实际疗效详细记载，恐将多有遗漏。因此我们请求针对这些疏漏，重新进行补充注释。凡各家医书、药谱所载药物功效，均予收录；但名称过于冷僻、近似怪诞者，则不予采纳。其余经史百家着作中，虽非方剂要药，若其中确有明确可考的用药验方，也一并收录，力求完备周详，以符合圣旨本意。
各种以“本草”命名的着作并非出自一家，现今以开宝年间重新审定的版本为标准。书中对卷次和分类的编排，以及经文与注文的混杂，间或用朱墨两色区分，都依照旧例，不再加以改动。凡是补充注释的内容都依据各家着作的论述，若其意义与原文重复，便予以删减以避免累赘；若前人已有记载但意思不够完整，而后世着作又有补充，则一并保留，以求详尽易懂。每条补充内容都用红笔在开头标注：“臣等谨按：某书云某事。”对于另立条目的内容，则在末尾注明：“见某书。”所引用的书籍，以唐代和蜀地的两种《本草》为首，其余则按着作年代先后排序。凡原书名为“本草”的，引用时只标注作者姓名，如“某人”，唯独唐代和蜀地的版本则称“唐本云”“蜀本云”。
《神农本草经》原文用红字书写；后世名医在《神农本草经》原有条目基础上增补的内容，用黑字穿插在红字之间；其余新增内容则单独设立条目，同样用黑字标注。陶弘景增补的内容称为《名医别录》，其注释附在相应条目之后；唐显庆年间新增的内容也标注为《唐本》先附；宋《开宝本草》新增的内容标注为今附；本次新增而历代本草未载的条目，在各条末尾注明。
原书将药物分为上、中、下三品，本次新增药物难以详细区分品级，按类别附在相近药物之后，如绿矾附于矾石后，山姜花附于豆蔻后，水杨枝附于水杨后等。若某药功效未被《神农本草经》记载但前人注释已提及，本次新增类似内容时不再单独立条，而是附在原有注释后标明，例如地衣附于垣衣条，燕覆附于通草条，马藻附于海藻条等。
前人注释中，陶弘景所注标为陶隐居云，唐显庆年间所注标为《唐本》注，宋《开宝本草》所注标为今注。《开宝本草》考证典籍的内容则用红字标注为今按、今详、又按。若药物名称已见于《神农本草经》但功效记载不全，本次补充内容也附在原注之后。对于当时常用但历代文献未载的药物如胡芦巴、海带等，经太医讨论后单独立条，标为。
《本草经》原载药物九百八十三种，新增八十二种，新定一十七种，共计一千一百八十二条，均按类别编排。李积、陶弘景及《开宝本草》之三篇序言，因其具有重要体例说明价值，仍保留于卷首。
宋代仁宗皇帝曾命掌禹锡等人编修本草，历经多年完成着作；又下令各州县绘制当地所产药物图样，沿用唐代永徽年间的旧例，专门委派太常博士苏颂编纂成《图经本草》，共二十一卷。此书考证详尽，见解独到，但存在图像与文字不符的问题：有的有图无文，有的缺图，有的图文矛盾。例如江州菝葜被误作仙遗粮，滁州青木香实为马兜铃根却混杂附图；棠球子即赤瓜木，天花粉即栝蒌根，却分列重复条目，这些都是细微的疏漏。苏颂字子容，同安人，进士出身，哲宗时期官至宰相，封魏国公。
《证类本草》记载：宋徽宗大观二年，蜀地医师唐慎微将《嘉佑补注本草》与《图经本草》合编，并补录《唐本草》《陈藏器本草》、孟诜《食疗本草》遗漏的五百余种药物，分归各部，新增五种。另摘取《雷公炮炙论》及《唐本草》《食疗本草》、陈藏器着作中未收录的内容附于各条目后。又搜集古今单方及经史百家书籍中与药物相关的记载一并附录，共三十一卷，命名为《证类本草》。进献朝廷后改称《大观本草》。唐慎微相貌丑陋但学识渊博，使历代本草着作及单方得以流传后世而不致湮没，皆归功于他。政和年间，朝廷再命医官曹孝忠校订刊行，故此书又称《政和本草》。
宋哲宗元佑年间，阆中的医士陈承将《本草》和《图经》合编，中间添加了一些自己的话，称为《本草别说》。宋高宗绍兴末年，朝廷命令医官王继先等人校正本草，也附上了一些内容。这些文字都浅显粗俗，没有高深的见解。
《日华诸家本草》记载：禹锡说，本朝初年开宝年间，四明地区有人编撰此书。作者未留姓名，只自称日华子或大明。该书序言汇集了近代诸家本草所用的药物，按寒热、性质、味道、植物、果实、虫类、兽类等分类，对药物功效的论述非常详尽，共二十卷。时珍说：据《千家姓》记载，大姓出自东莱。日华子可能姓大，名明。也有人说他姓田，但无法确定是否属实。
李时珍说：宋代政和年间，医官通直郎寇宗奭撰写了《本草衍义》。该书以《补注神农本草》和《本草图经》为基础，考据药物实情，核验医理逻辑，广泛引证并加以辨析，提出了许多独到见解，李东垣、朱丹溪等医家都十分推崇。但书中将兰花误作兰草、卷丹误作百合，是其不足之处。原书及序例共二十卷，平阳人张魏卿将该书内容分别附于各类药物条目下，合编为一部着作。
《洁古珍珠囊》李时珍说：这部书共一卷，是金代易州名医张元素所着。张元素，字洁古，考进士未中，转而学医，深入阐发《黄帝内经》的奥秘，参透天人关系的精微道理。他认为古方不能治新病，于是创立自己的医学体系。书中辨析药性的气味、阴阳、厚薄、升降、浮沉、补泻、六气、十二经，以及随证用药的方法，归纳出主治、秘诀、心法、要旨，称为《珍珠囊》，极大地弘扬了医理，堪称《灵枢》《素问》之后第一人。后人将其改编为韵文以便背诵，称为东垣《珍珠囊》，这是错误的。可惜只论述了百种药物，未能全面评价。他还着有四卷《病机气宜保命集》，又名《活法机要》。
后人误以为是河间名医刘完素的着作，伪造序言并添加在卷首，题为《用药法象》。李时珍指出：此书共一卷，是元代真定名医李杲所着。李杲，字明之，号东垣。精通《春秋》《尚书》《周易》，为人忠信有操守，家境富裕且乐善好施，按例担任济源监税官。他师从张洁古学习医术，并进一步发扬光大，被世人尊称为神医。此书以张洁古的《珍珠囊》为基础，增补用药通则、各经引经药、治疗纲要及灵活用法编撰而成。他认为世人常将内伤与外感混淆施治，因此详细辨析脉象证候、元气与阴火、饮食劳倦、虚实关系，另着有《医学发明》九卷、《兰室秘藏》五卷。他还剖析经络脉法，参照伤寒六经辨证法则，写成《此事难知》二卷。另有关于痈疽、眼科的专着若干种。
《汤液本草》李时珍记载：此书共两卷，由元代医学教授、古赵人王好古编撰。王好古，字进之，号海藏，是李东垣的得意门生，兼具儒者风范的医家。他摘录本草典籍及张仲景、成无己、张洁古、李东垣的论述，融入个人见解汇编成书。另着有《汤液大法》四卷、《医垒元戎》十卷、《阴证略例》《论萃英》《钱氏补遗》各一卷。
李时珍说：这部书共八卷。元代海宁医家吴瑞，选取本草中与饮食相关的内容，分为八类，仅少量增添了几种药物。吴瑞，字瑞卿，是元文宗时期的人。
元朝瑞州路医学教授胡仕可，曾选取本草药物的性味功效与形态绘图，编成歌诀以便儿童学习。我明朝的刘纯、熊宗立、傅滋等人，也都编写过本草歌诀和药性赋，用来指导初学者背诵记忆。
元末朱震亨所着的《本草衍义补遗》。朱震亨是义乌人，字彦修，曾跟随许白云学习道学，世人称他为丹溪先生。他曾师从罗太无学习医术，因而掌握了刘完素、张从正、李杲三家的医学精髓并加以发展，成为医家的一代宗师。
这部书是根据寇宗奭《本草衍义》的内容加以扩展而成，收录了近两百种药物，多有创新见解；然而将兰草误作兰花，胡粉错认为锡粉，不免拘泥于旧说，且将各类药物按五行分类，显得牵强附会。作者还着有《格致余论》、《局方发挥》、《伤寒辨疑》、《外科精要新论》、《风木问答》等着作。
李时珍说：《本草发挥》这部书共三卷，是明朝洪武年间朱丹溪的弟子、山阴人徐彦纯所编纂。书中汇集了张洁古、李东垣、王海藏、朱丹溪、成无己等数位医家的论述，合编成书，并没有增添其他内容。
李时珍说：明朝洪武初年，周定王因忧虑旱涝灾害导致百姓饥荒，向乡野老农咨询访问，收集了四百四十种可供荒年食用的草木根苗花果，绘制它们的形态，注明产地、枝叶、花果特征、性味及食用方法。全书共四卷，内容详实可靠。近来有人翻刻此书，却删减了大半内容，虽因见识浅薄所致，也是该书的劫难。周定王号诚斋，天资聪慧，还编纂了《普济方》一百六十八卷、《袖珍方》四卷及诗文乐府等着作。嘉靖年间，高邮人王磐撰写《野菜谱》一卷，描绘植物形态并附说明文字以助救荒，但记载较为简略。
李时珍提到：明朝宣德年间，宁献王朱权汇集了崔昉的《外丹本草》、土宿真君《造化指南》、独孤滔《丹房镜源》、轩辕述《宝藏论》、青霞子《丹台录》等书中记载可用于炼丹的金石草木材料，编撰成《庚辛玉册》。全书分为金石部、灵苗部、灵植部、羽毛部、鳞甲部、饮馔部、鼎器部七类，共两卷，收录五百四十一种物品。书中详细描述物产的形态特征，区分阴阳属性，具有重要考证价值。宁献王道号，学识渊博贯通百家，撰写的医书、占卜、农艺、园艺、琴谱、棋艺、仙学、诗词等着作达数百卷。《造化指南》共三十三篇，记载五十三种灵草，据传为土宿昆元真君所述，由抱朴子作注，实为宋元时期方士伪托之作。古代还有《太清草木方》《太清服食经》《太清丹药录》《黄白秘法》《三十六水法》《伏制草石论》等书籍，均属同类丹道着作。
李时珍说：弘治年间，礼部郎中、慈溪人王纶选取本草常用药物，并摘录张洁古、李东垣、朱丹溪等医家着作中的序例内容，简要编成八卷，名为《本草集要》。该书未作增补，一味拘泥于古法。王纶，字汝言，号节斋，考中进士，官至都御史。
李时珍提到：正德年间，九江知府、江陵人汪颖编写了《食物本草》。东阳人卢和，字廉夫，曾将本草中与食物相关的内容整理编纂成此书。汪颖得到原稿后，将其修订为两卷，分为水、谷、菜、果、禽、兽、鱼、味八类。
李时珍说：这本书是明朝嘉靖年间京口人宁原编写的。书中收录了可以食用的东西，只是简单记载了几句，没有什么创见。
李时珍说：明朝嘉靖年间，祁门县医生汪机编写了《本草会编》。汪机，字省之。他因不满王纶《本草集要》不记载草木形态，便删除了传统本草的上、中、下三品分类法，改为按物种类别编排，将菜部与谷部合并为草部，果部归入木部，加上各家序例共二十卷。这部书内容简略看似方便，但分类混杂反而难以查阅。开篇用荠菜为首，可见见识浅薄；抹去前代医家观点，更显得内容零散。主观臆测居多，缺乏真知灼见，仅有少数几条见解值得采纳。
李时珍说：这部书共十二卷，由祁门医士陈嘉谟编写。陈嘉谟，字廷采。他在嘉靖末年依据王纶的《本草集要》分类编排，每种药物都详细记载了气味、产地采集、治疗功效及使用方法，并采用对偶句式编写，便于记忆诵读。书中不时加入自己的见解，多有创新阐发。因该书对初学者十分实用，故命名为《蒙筌》，确实名副其实。