安帝初年：孙恩起义与北府兵变（约黄帝纪年4601 - 4608年，公元389 - 396年）
隆安三年（公元399年）的深秋，会稽郡（今浙江绍兴）的枫叶红得像血。一个叫孙恩的道士，带着几百个信徒，拿着木棍、锄头，冲进了会稽郡府。郡太守王凝之是王羲之的儿子，却沉迷道教，每天躲在府里炼丹，直到叛军砸开大门，他还念叨着“神仙会来救我”——结果被孙恩一刀砍了脑袋。
消息传到建康，司马道子正在王府里跟儿子司马元显喝酒。他拿着急报扫了一眼，满不在乎地说：“不过是些刁民闹事，让刘牢之带着北府兵去收拾了就是。”司马元显才十六岁，比父亲还狂妄，拍着桌子喊：“爹，不如让我去！我亲手把孙恩的脑袋砍下来，给您下酒！”司马道子被儿子哄得高兴，真就封了司马元显为“骠骑大将军”，让他跟着刘牢之出征。
可司马元显哪里会打仗？他带着一队亲信，一路上只顾着抢百姓的财物，还没见到孙恩的军队，就把粮草挥霍得差不多了。刘牢之看着这位“主帅”，心里满是无奈——他知道，这仗还得靠自己。
刘牢之是北府兵的老将，当年淝水之战时，他率领前锋部队冲锋陷阵，立了大功。可这些年跟着司马道子，早就没了当年的锐气，满脑子都是升官发财。他率军到了会稽，没急着进攻，反而派人去跟孙恩谈判，说：“只要你投降，我保你当个太守。”孙恩却不吃这一套，回信说：“我要的是司马道子的脑袋，不是什么太守！”
谈判破裂，刘牢之只能下令进攻。北府兵虽然战斗力不如从前，但对付孙恩的流民军还是绰绰有余。双方在会稽城外打了一场，流民军很快就败了，孙恩带着残部逃进了海里——他是琅琊孙氏的后代，家族世代靠海为生，早就准备好了船只。
刘牢之见孙恩跑了，也没去追——他觉得只要把叛军赶出会稽，就算交差了。可他没想到，孙恩是个打不死的“小强”。没过多久，孙恩就带着船队，在沿海的郡县烧杀抢掠，还喊出了“诛杀司马道子、司马元显”的口号。百姓们早就恨透了司马道子的苛捐杂税，纷纷加入孙恩的队伍，叛军人数很快就涨到了十几万。
司马道子这下慌了，赶紧让刘牢之再次出兵。可刘牢之却开始讨价还价，说：“北府兵粮草不足，士兵们也没拿到赏钱，要是再不给钱给粮，我可没法打仗。”司马道子没办法，只能从国库拿出十万两银子、五万石粮食，给了刘牢之。
刘牢之拿到钱粮，才慢悠悠地率军出发。他知道孙恩的军队虽然人多，但大多是没经过训练的流民，只要打几场胜仗，就能把他们打散。果然，刘牢之在临海（今浙江临海）大败孙恩，斩杀叛军三万多人。孙恩再次逃进海里，可这次他损失惨重，再也没了之前的气势。
可就在刘牢之准备彻底消灭孙恩时，建康城里又出了乱子。司马元显见刘牢之功劳越来越大，心里很嫉妒，就跟司马道子说：“刘牢之手握重兵，要是他跟孙恩勾结，咱们就完了。不如趁他还没回来，削了他的兵权。”司马道子觉得儿子说得有道理，就下了道圣旨，任命刘牢之为“会稽内史”，让他把北府兵的兵权交给自己的亲信司马尚之。
刘牢之接到圣旨时，正在军营里庆功。他看着圣旨，气得把酒杯摔在地上：“老子出生入死，到头来却要被这两个蠢货削权！”部将们也很不满，纷纷劝他：“将军，司马道子父子昏庸无道，不如咱们率军回建康，把他们杀了，另立贤君！”
刘牢之犹豫了——他虽然贪财怕死，但也知道谋反是灭族的大罪。可转念一想，要是真把兵权交出去，自己迟早会被司马道子父子害死。犹豫了半天，他终于下定了决心：“好！咱们就回建康，清君侧！”
可刘牢之没料到，他的部将里，有个叫刘裕的年轻人，早就看穿了他的心思。刘裕出身寒门，早年靠砍柴、卖草鞋为生，后来加入北府兵，因为作战勇猛，很快就升为参军。刘裕知道刘牢之优柔寡断，要是跟着他谋反，迟早会失败。于是，刘裕偷偷联络了几个心腹，准备在关键时刻，反戈一击。
刘牢之率军回师建康，一路上势如破竹，很快就打到了建康城外的新亭。司马道子和司马元显吓得躲在皇宫里，连门都不敢出。可就在刘牢之准备进攻皇宫时，刘裕突然率领自己的部队，倒向了朝廷，还喊出了“诛杀反贼刘牢之”的口号。
刘牢之的军队本来就军心涣散，见刘裕倒戈，顿时乱了阵脚。士兵们纷纷扔下武器，要么逃跑，要么投降。刘牢之看着眼前的景象，知道自己大势已去。他带着几个亲信，逃到了新洲（今江苏南京西南），最后在一棵树上上吊自杀了。
刘裕杀了刘牢之，平定了叛乱，一下子成了建康城里的“英雄”。司马元显想拉拢刘裕，就封他为“建武将军”，让他继续率军镇压孙恩。刘裕接受了任命，他知道，这是自己崛起的好机会。
刘裕率军进攻孙恩，跟刘牢之的打法完全不同。他不仅军纪严明，不许士兵抢掠百姓，还亲自率军冲锋陷阵。在刘裕的猛攻之下，孙恩的军队节节败退。最后，孙恩在临海被刘裕打败，走投无路之下，跳海自杀了。
平定孙恩起义后，刘裕的威望越来越高。他不仅得到了百姓的支持，还在北府兵里培养了自己的势力。可司马元显却没把刘裕放在眼里——他觉得刘裕出身寒门，就算有功劳，也翻不了天。司马元显开始更加肆无忌惮地掌控朝政，甚至把晋安帝司马德宗软禁在皇宫里，自己当起了“摄政王”。
司马元显的专权，引起了另一个人的不满——荆州刺史桓玄。桓玄是桓温的儿子，一直想继承父亲的遗志，篡夺晋室的江山。他见司马元显昏庸无道，觉得机会来了，就以“清君侧，诛司马元显”为名，率领荆州军，向建康进军。
司马元显得知桓玄来犯，吓得魂飞魄散。他赶紧让刘裕率军抵抗，可刘裕知道，桓玄的荆州军战斗力很强，而且司马元显不得人心，自己要是跟着他，肯定会失败。于是，刘裕故意放慢行军速度，还暗中派人去跟桓玄联络，说：“只要桓玄大人能诛杀司马元显，我愿意归顺。”
桓玄见刘裕愿意归顺，心里很高兴。他率军很快就打到了建康城外，司马元显的军队一触即溃。最后，桓玄率军冲进皇宫，杀了司马元显和司马道子，掌控了朝政。
桓玄掌权后，一开始还装出一副“贤明”的样子，减免赋税，安抚百姓。可没过多久，他就暴露了自己的野心——他不仅把朝廷的官员换成了自己的亲信，还逼迫晋安帝封他为“楚王”，加九锡（古代帝王赐给诸侯大臣的最高礼遇，通常是篡权的前奏）。
刘裕看着桓玄的所作所为，心里很清楚，桓玄迟早会篡夺皇位。他表面上顺从桓玄，暗地里却在北府兵里联络不满桓玄的将领，准备伺机而动。刘裕知道，自己的机会，很快就要来了。
安帝初年的这几年，东晋就像一艘在风浪中飘摇的破船。孙恩起义差点掀翻了这艘船，刘牢之的兵变又给了它致命一击，而桓玄的崛起，则让这艘船彻底失去了航向。司马道子父子的昏庸、刘牢之的反复无常、桓玄的野心，把东晋一步步推向了灭亡的边缘。
而刘裕，这个出身寒门的北府兵将领，在乱世中崭露头角。他用自己的勇猛和智慧，平定了孙恩起义，诛杀了刘牢之，又在桓玄的眼皮底下积蓄力量。他就像一颗埋在土里的种子，在东晋的废墟上，慢慢生根发芽，即将长成一棵参天大树，终结这个混乱的时代。