大蛇丸率先赶回忍界，黑色能量铠甲在阳光下泛着诡异的光泽。他没有急于追逐混沌卷轴，而是直奔各忍村的核心据点，体内吸收的次元能量化作无形的丝线，悄然侵入各忍村首领的经脉：“从今天起，忍界由我掌控，反抗者，死。”
最先沦陷的是砂隐村，首领被能量丝线控制后，立刻下令砂隐忍者臣服，敢有异议者当场被大蛇丸的次元能量重创。紧接着，岩隐、雾隐也先后失守，忍界大半势力落入其掌控，只有木叶凭借历代影级留下的防护阵法，暂时挡住了能量丝线的入侵。
“忍界不能就此沦陷！”博人、鸣人、佐助赶回木叶时，这里已聚集了大量逃亡的忍者。博人看着眼中满是恐惧的众人，举起轮回眼能量刃：“愿意反抗的，跟我们走！我们会夺回忍界！”鸣人也上前一步，九尾查克拉在周身流转，带来强烈的安全感：“我们经历过无数危机，这次也一定能赢！”
反抗军很快组建起来，成员来自各个忍村，虽实力参差不齐，却都带着守护家园的决心。博人将众人分成小队，展开游击战：“我们不与大蛇丸的主力正面交锋，重点破坏他的能量输送据点，唤醒被控制的忍者。”佐助则带着精锐小队，负责侦查大蛇丸的核心据点，寻找其弱点。
第一次行动选在大蛇丸的一处能量输送站，那里由被控制的砂隐忍者看守。博人用轮回眼能量悄悄净化了两名忍者体内的丝线，他们清醒后立刻加入反抗军，合力解决了其余守卫。“大蛇丸的能量丝线需要持续输送能量维持，切断输送，就能唤醒更多人。”博人看着被摧毁的输送装置，对众人说道。
可就在这时，大蛇丸的身影突然出现在半空，黑色能量铠甲下的眼神满是冰冷：“一群蝼蚁，也敢破坏我的计划？”他抬手一挥，次元能量化作数道利刃，直刺反抗军成员。鸣人立刻凝聚九尾仙术螺旋丸，挡住利刃，大喊：“博人带大家撤退，我来拖住他！”
佐助的须佐能乎同时展开，长剑直指大蛇丸的胸口：“你的对手是我们。”博人没有犹豫，立刻带领反抗军撤离，临走前对鸣佐喊道：“我们在预定地点汇合，小心他的次元能量！”
大蛇丸冷笑一声，体内次元能量爆发，黑色能量形成巨大的蛇形虚影，同时攻向鸣佐：“你们以为还能像之前那样侥幸？现在的我，已经掌控了次元之力！”虚影的利爪带着腐蚀性，鸣人的九尾屏障被抓出几道深痕，佐助的须佐能乎也被虚影缠住，难以脱身。
博人带着反抗军撤退到隐蔽据点，立刻开始净化被解救忍者体内的残留能量。他发现，大蛇丸的能量丝线不仅能控制人身，还在缓慢吸收被控制者的查克拉，输送给混沌卷轴——那卷轴已经被大蛇丸安置在他的核心据点，正在快速恢复力量。
“佐助传来消息，大蛇丸的核心据点在宇智波旧址，那里被他布下了重重防御。”一名侦查队员赶来汇报。博人眼神一凝，宇智波旧址是三祖被封印的地方，大蛇丸选择那里，必然有特殊目的。
就在这时，忍界各地传来消息，大蛇丸开始大规模抓捕拥有特殊查克拉的忍者，似乎要用来做某种仪式。博人立刻意识到不对劲：“他要复活三祖！用特殊查克拉作为祭品，让三祖成为他的傀儡！”
而此时的宇智波旧址，大蛇丸正站在混沌卷轴前，卷轴表面的黑暗纹路与周围的能量节点相连，数十名被抓捕的忍者被绑在节点上，查克拉正被卷轴源源不断地吸收。“三祖的力量，加上次元能量和卷轴，忍界将彻底归我所有。”大蛇丸双手结印，仪式正式开始，卷轴发出强烈的黑色光芒，三祖被封印的印记开始出现松动。