奉先殿前的刺杀，彻底点燃了新帝李琂的怒火与杀意。这不再仅仅是权力斗争，更是对他帝位、对他至亲安全的公然挑衅。他不再有任何犹豫，以雷霆万钧之势，展开了登基前最彻底、最冷酷的清洗。
皇宫是第一目标。他直接动用京畿大营的精锐与皇家暗卫，如同篦子梳头般，对宫禁进行了一次无死角的地毯式搜查与清理！所有身份存疑、行迹可疑的太监、宫女、侍卫，无论其背景如何、职位高低，一律先行拘押，由暗卫与内务府联合进行最严格的审讯。宁可有错抓，绝不放过任何一个隐患！一时间，宫中风声鹤唳，多年埋藏的钉子被连根拔起，数条通往宫外的秘密渠道被彻底斩断。
与此同时，针对朝堂的肃清也同步展开。李琂依据李瑞之前清查京城时掌握的线索、小菊的口供以及暗卫新查获的证据，以犁庭扫穴之势，将大皇子、三皇子在朝中残余的党羽势力连根拔起。罢官、下狱、流放……动作迅疾而果决，毫不容情。曾经的盘根错节，在绝对的力量与新帝毫不留情的决心面前，土崩瓦解。朝堂之上人人自危，却也无人再敢质疑新帝的权威与手段。
内部肃清之后，是安定人心，彰显新朝气象。李琂开始对先帝的后宫、皇子皇女进行尊封与安排，既是遵循礼制，也是稳定宗室，昭示天下。
首先，尊先帝皇后为母后皇太后，迁居慈宁宫，颐养天年。其子五皇子李瑾，封为敦亲王，赐豪华府邸，享双倍亲王俸禄，以示新帝对嫡母一系的优容与安抚。太后对此安排表示满意，深知这是儿子能得到的最好结局，遂安心养老，不再过问外界之事。
对于端妃（二皇子李瑞生母），李琂给予了极大的尊重。尊其为端康太妃（谥号中带“康”字，寓意安泰）。因其性情温和，且二皇子李瑞在此次风波中立场坚定、襄助有功，特许其可随时出宫前往瑞亲王府颐养，含饴弄孙，享受天伦之乐。端太妃对此感激不已，深感新帝宽厚，更加叮嘱李瑞要尽心辅佐。
对于六皇子李璕，李琂深知其志不在此，且其数次于微妙处间接相助（虽无人点破）。李琂特意召见了他，问道：“六皇兄志在星辰，不知日后有何打算？”
李璕依旧是那副疏离平静的模样，答道：“陛下若允，臣愿于京郊择一清净高地，建一观星台，潜心编修历法，观测天象，于愿足矣。”
李琂当即允准，拨付专款，命工部协助建造观星台，并特许李璕可调用钦天监所有资料，封其为“澄慧真人”（非道号，而是取其心澄性慧、通晓天机之意），虽无实权，却地位超然，可随时递折子陈述天象见解。李璕对此安排十分满意，彻底沉浸于他的星海世界之中。
对于兰贵妃，念及其多次暗中传递消息之功，且其幼子八皇子李琅并未参与作乱，李琂下旨：尊其为兰太妃，其子八皇子李琅晋封为醇郡王，赐府邸。而其同母兄四皇子李珉，因罪证确凿，且所犯之事涉及伤害百姓、动摇国本，性质恶劣，仍维持原判，继续圈禁，非诏不得探视，亦不赦其罪。 此举既彰显了皇恩，赏罚分明，也彻底杜绝了后患，无人能指摘。
九皇子李璲年幼，其生母岑贵人早逝，由婉贵人抚养。晋婉贵人为婉太嫔，仍抚养九皇子，赐居宫中宁静院落，衣食供应一概从优，保其安稳长大。
梅妃（无子，只有二公主）晋为梅太妃，其女二公主的婚事，允其自行相看合适人选，届时由新帝赐婚，风光大嫁。
这些举措宽严相济，恩威并施，既体现了新帝的仁厚与公正，也彻底厘清了皇室内部关系，杜绝了未来可能产生的政治风险，赢得了宗室与朝臣的由衷赞许，为元熙朝的开局奠定了稳定的内部基础。朝野上下，渐渐从清洗的恐慌中走出，开始感受到新朝带来的秩序与希望。