溯源舰队返程后，三域联盟举办了盛大的“混沌肃清庆典”。星尘之源的中枢星港张灯结彩，来自三大星域的居民载歌载舞，机甲小队的成员们被围在人群中央，讲述着破碎星区的战斗故事。银溪带着新守护者们表演了机甲战术演练，金色与青色的能量在星空中划出优美的弧线，引来阵阵欢呼。
云航站在“流火号”的舰首，看着眼前热闹的景象，心中满是欣慰。星垣走到他身边，递来一杯星露果汁：“这是三域文明第一次真正意义上的融合，以后这样的安宁，会一直延续下去。”
就在这时，小陈突然匆匆跑来，脸色苍白：“队长！侦测到星尘之源与星源二号之间的时空出现异常波动，有一道新的‘时空裂隙’正在形成！裂隙中涌出的能量...既不是虚无能量，也不是混沌能量，而是能篡改历史的‘时空回溯能量’！”
云航的笑容瞬间凝固，立刻登上“星陨”机甲，朝着时空裂隙的方向飞去。抵达现场时，眼前的景象令人震惊：一道扭曲的时空裂缝悬浮在星空中，裂缝周围的星轨正在倒转，甚至能看到数年前星尘航道战斗的虚影。更可怕的是，几只由时空能量构成的“时空幽灵”从裂隙中冲出，它们穿过星舰的躯体，所过之处，星舰的设备竟开始倒退到未修复的破损状态。
“时空回溯能量能逆转物质的时间线！如果裂隙扩大，整个星尘航道的历史都会被篡改！”星垣的声音透过通讯器传来，带着焦急，“先民古籍记载，这种能量来自‘时空乱流层’，只有用‘三源时空符文’才能封印，可符文需要三大星域的核心能量同时激活！”
云航立刻下令：“里昂，你带银纹舰队守住裂隙外围，阻止时空幽灵扩散；星链先民首领，麻烦你启动星链核心的能量；我和星垣前辈前往星尘之源与星源二号，激活另外两颗核心！”
“星陨”机甲与“起源号”分头行动，云航驾驶机甲冲向星尘之源的核心圣殿。途中，时空幽灵的数量越来越多，一架路过的商船被时空幽灵穿过，船体瞬间倒退到破损状态，开始朝着星岩坠落。“不能让商船坠毁！”云航操控机甲冲上前，三源融合能量在机甲周围形成一道屏障，挡住时空幽灵的攻击，同时用能量牵引商船，将其送往安全区域。
抵达核心圣殿时，星尘之源的核心能量已出现紊乱，周围的星轨符文开始倒转。云航立刻将秩序核心嵌入圣殿的能量槽，三源时空符文的金色部分开始闪烁。可就在这时，一道巨型时空幽灵从裂隙方向冲来，直扑核心圣殿，试图阻止符文激活。
“星陨”机甲立刻挡在核心前，高频刃注入三源能量，直刺时空幽灵的核心。时空幽灵的躯体一阵扭曲，竟分裂成数十只小型幽灵，从四面八方围攻机甲。云航的机甲被幽灵穿过，装甲瞬间倒退到决战时的破损状态，推进器也出现故障。
“坚持住！星源二号和星链的核心能量马上就到！”星垣的声音传来，“起源号”的星轨符文释放出蓝色能量，暂时牵制住小型时空幽灵。云航咬紧牙关，将剩余的三源能量全部注入秩序核心，金色符文的光芒瞬间暴涨，与星源二号的蓝色符文、星链的青色符文在星空中汇合，形成一道巨型三源时空符文。
符文缓缓落下，笼罩住时空裂隙。裂隙中的时空回溯能量开始消散，时空幽灵也逐渐透明，最终化作一缕青烟。当符文彻底封印裂隙时，周围倒转的星轨恢复正常，受损的星舰也逐渐修复。
危机解除后，云航的机甲失去能量，瘫倒在核心圣殿前。银溪和新守护者们赶来，将他从驾驶舱中扶出。看着重新恢复安宁的星空，云航露出了笑容：“无论遇到什么危险，只要三域文明同心协力，就一定能战胜它。”
三天后，三域联盟召开紧急会议，决定在时空裂隙的位置建立“时空监测站”，由三大星域轮流派遣守护者驻守，实时监控时空能量的波动。同时，三域科学家开始联合研究时空回溯能量，希望能找到彻底阻止其出现的方法。
云航站在监测站的观测台上，望着星尘、同源与星链星域的方向。三大星域的核心光芒在星空中闪烁，如同三颗守护宇宙的星辰。他知道，宇宙的危险从未停止，但只要三域守护者的信念不灭。