初平二年（191年），白波、黄巾贼死灰复燃，攻打魏郡、东郡等地，东郡太守王肱抵挡不住，弃官而逃。
游尘得知消息后，便表曹操为东郡太守，治所东武阳，让他领军讨贼。
原本表奏某人担任太守官职，是要经过审查的。但此时天下大乱，实力为尊，大家为了明面上好看，还是要说表奏过了。至于是否真的派人上奏了，又或者使者在送信途中遇害造成表奏未送达，没人关心。只要朝廷没有公然反对，那就是默认了。
历史上曹操是袁绍的小弟，自然是由袁绍来表奏。随着游尘异军突起，征北军实力凌驾于各路诸侯之上，加上游尘与曹操的关系更为密切，曹操自然选择当游尘的小弟了。
曹操在兖州招兵买马，效仿游尘颁布求贤令，也得到了不少贤才相助。
一日，颍川颍阴人荀衍来投曹操。
荀衍字休若，乃荀彧之兄，荀攸之叔，曹操任命其为行军教授。
荀衍向曹操推荐东郡东阿人程昱，字仲德。曹操早就听过程昱大名，亲自到其府门拜请。程昱对此大为感动，出山相助的同时，又向曹操举荐了淮南成德人刘晔，字子扬，曹操当即备重礼聘请刘晔。
刘晔有感曹操恩情，于是他也推荐了两人，一个是山阳昌邑人满宠，字伯宁；一个是武城人吕虔，字子恪。曹操也听过两人名头，聘二人为军中从事。
满宠、吕虔共同举荐陈留平邱人毛玠，字孝先。曹操同样聘为从事。
又一日，济阴定陶人董昭，字公仁，也来投效曹操，曹操对他礼遇有加。
董昭本是袁绍帐下参军，多有功劳，但袁绍听信许攸、郭图几人之言，对董昭不甚待见。董昭深感袁绍不能成大事，又因游尘动了世家根基，最终决定投奔曹操。
这一顿顺藤摸瓜，直接让曹军的阵容齐整起来。
曹操驻军于东郡顿丘，黄巾贼卜己、张伯、梁仲宁、王度、卞喜等人闻讯，率大军杀来。
曹操用军师戏志才之计，让夏侯惇引一千老弱搦战，佯作不敌，引诱敌人追赶。
“哇呀呀，这贼将怎的如此厉害！快跑！”
可怜夏侯惇身为曹营头号猛将，却不得不陪黄巾贼将王度耍上几招，手中长枪更是都被对方“挑飞”，铩羽而归。
卜己见曹军实力如此孱弱，便放心率大军追赶。
行了不到两里，夏侯渊率五百伏兵杀出，结果因为“时机选择不当”，差点被卜己反包围。
夏侯渊“夺路奔逃”，好不狼狈。
“哈哈哈，人言曹孟德善于用兵，今日一见，不过如此！
弟兄们，杀进顿丘城，全军劫掠三日！”
卜己此言一出，黄巾军恨不得五条腿并用，追得更狠了。
双方一逃一追，转眼便到了一处山谷，前方早没了夏侯渊的身影。
卜己正疑惑间，一声炮响，山谷上方滚木礌石砸来，飞矢如蝗。
黄巾军还不明就里时，不少人就已经脑浆迸裂，更有甚者被箭矢穿成了刺猬。
卜己命令士兵向前冲出山谷，前方两侧有曹洪，李典引弓弩手乱射，顿时放倒一片。
侥幸冲出去的数千黄巾军，还未来得及松一口气，曹纯，乐进又率一千重骑兵杀来。
在开阔地带，冲锋起来的骑兵是步兵的噩梦，更何况是以逸待劳的重骑兵对付一群死里逃生的步兵。
仅仅一个照面，黄巾军就被冲得七零八落，就连统军的渠帅梁仲宁也被乐进一刀削掉半个脑袋。
曹纯继续率骑兵冲锋，很快将对方屠戮一空。
山谷内的黄巾军见状，吓得亡魂皆冒，纷纷掉头向后逃窜，却又遭到夏侯惇，夏侯渊的箭雨洗礼。
黄巾军在山谷内来回逃窜，死伤过半。
直到曹军箭矢耗尽，卜己才率军冲出。
夏侯惇早就想报诈败之仇，身先士卒，给与迎面逃来的黄巾军父爱般的深沉痛击。
这次，王度与夏侯惇交手只一合，就被捅穿了心脏。前后的巨大反差，让他死不瞑目。
混战中，夏侯渊也连斩张伯、卞喜二将。
只有卜己在黄巾力士的拼死护卫下，杀条血路逃出生天。
曹军大获全胜，原本心情舒畅，结果管粮官的话给他泼了一盆冷水。
“主公，游将军借给我军的三万石粮草，还要十日才能到达，但如今军中只有五日之粮了。”
就在此时，程昱站了出来，眼中带着狂热的自信道：
“主公，粮草之事就交给在下！
必定为主公筹得五日之粮！”
“那一切就拜托仲德了！”
此时的曹操还不知道，曹军接下来将喜提五天的肉食……
卜己领教了曹操的厉害后，不敢再与其正面交战，只留下部分人马与曹操对峙，自己则率军包围曹操的郡治东武阳。
诸将都建议曹操回军救援，曹操却力排众议，打算趁机袭击敌军本屯。
“昔日孙膑救赵而攻魏，耿弇欲取西安而攻临淄。
卜己若得知我军西进，必然回撤，则东武阳之急自解。
倘若贼军不回，我就能攻破他们的本屯，而东武阳有子孝，子扬把守，卜己虽人多势众，也定然无功而返。”
曹操亲自引兵向西，猛攻卜己本屯。
一切也正如曹操所料，卜己得知后，当即放弃跟曹仁这个万年老龟壳缠斗，回军路上再度遭到曹军埋伏，死伤惨重，卜己也被曹洪斩杀于乱军之中，余众皆降。
东郡的匪患仅仅平息数月，青州黄巾又发动叛乱，起兵攻打兖州，杀死任城相郑遂，转入东平。
兖州刺史刘岱打算派兵迎击，济北相鲍信劝阻道：
“如今贼兵有百万之众，百姓惶恐震惊，士兵毫无斗志，不可抵挡。
贼人兵眷混杂，前后相随，军中粮草不足，只是以掠夺维持生计。
不如让部队养精蓄锐，坚守不出。
贼众求战不得，想攻又不能，待其气势低落，大人再以精锐士卒击之，则一战可定。”
“本刺史麾下兵精粮足，区区黄巾，不过一群流民草寇，不足为虑！
当年游尘在长社，南阳放了两把火，又在广宗打了两场，便轻松歼灭了黄巾主力，黄巾军之战力可见一斑！
本刺史正要效仿那游尘，一战平定青州黄巾！”
刘岱迷之自信，没有采纳鲍信的意见，坚持出城迎战，最终兵败身死。
眼见黄巾势大，祸乱各郡县，最终在鲍信等人拥护下，由东郡太守曹操接任兖州牧。
曹操见黄巾军得胜后骄傲轻敌，于是设奇兵在寿张迎击黄巾军。
曹操、鲍信率骑兵先到达战场，而步兵却迟迟未到。
黄巾势大，曹操和鲍信抵挡不住，深陷重围。
鲍信拼死救出曹操，自己却死在了黄巾军人海战术之下，时年四十一岁。
后来曹军的步兵赶到，终于将黄巾军击退。
曹操悬赏重金，希望寻找鲍信的遗体，最终却一无所获，只得用木头刻出鲍信的模样，洒泪祭拜。
曹操吸取教训，再次进兵，最终大破黄巾军，迫降黄巾三十余万，一举平定山东。
曹操从降卒中取精锐之士编入军中，让最近才投效过来的大将于禁操练士卒，号为青州兵。
自此，曹操军势大盛，渐渐成为一方强力诸侯。
初平三年（192年），扬州刺史陈温去世，袁绍让前山羊太守袁遗领扬州刺史。
袁术与袁绍不和，于是率军击破袁遗。
袁遗败走沛国，被手下士兵杀死。
中原大地战火纷飞，荆州自然也不能幸免。