混沌海母巢一战后，三界进入短暂的休整期。石磊用太古墟的本源髓修复太初鼎，鼎身裂痕处新凝出的盘古纹带着淡金色雷光——那是吸收了秦木灵核净化能量的迹象，鼎的净化威力比之前提升了三成。枯崖的道果被混沌晶刺所伤，需在时间道环的“静流阵”中调养，阵中时间流速比外界慢十倍，他至少要在阵中待上三月才能彻底恢复。
秦木的混元灵核因引爆本源髓能量，体积缩至拳头大小，光泽也黯淡不少。他将灵核贴近元婴道衣，让元婴道力持续滋养灵核，同时借着休整期打磨界域掌控力——界域节点操控术已能稳定操控五十个节点，他试着在界域中布下“雷核困杀阵”，阵成时金红色雷光在丈许空间内交织，连周恒的元婴境后期道力试探都被稳稳拦下。
休整的第五日，秦木在修炼时发现异常：灵核吸收元婴道力的速度突然加快，核身表面浮现出细密的“修复纹”，之前缩小的体积竟在缓慢恢复。他顺着灵核的感应望向洪荒界方向，识海隐约捕捉到一缕微弱的混沌波动——不是来自混沌海，而是藏在太古墟的“地脉深处”。
“残魂没彻底退回混沌海！”秦木立刻将感应告知石磊。石磊用太初鼎探查太古墟地脉，鼎身盘古纹投射出的影像中，一条灰黑色的“混沌丝脉”正顺着地脉古纹蔓延，丝脉尽头连着一团模糊的黑灰气息——正是混沌之主残魂！它在母巢崩碎时并未逃远，而是钻了地脉空子，藏在太古墟的地脉节点中，正借着地脉深处的混沌余能恢复力量。
这发现让三界修士心头一紧。地脉古纹与道纹网络相连，残魂若顺着丝脉污染地脉，整个三界的修行根基都会动摇。石磊当即将太初鼎悬于太古墟上空，鼎身垂下无数盘古纹丝，扎入地脉形成“地脉锁混沌阵”——阵能暂时阻断残魂的能量吸收，但残魂的丝脉仍在缓慢侵蚀古纹，阵纹每日都要消耗大量本源髓维持。
“得引残魂出来。”秦木提出一个冒险的法子，“我的灵核与它有本源联系，若我带着灵核深入地脉，或许能将它引诱到预设的‘混元伏杀阵’中。”石磊起初反对，地脉深处凶险莫测，且残魂虽受创，实力仍比秦木强太多，但眼下除了这法子，再无更好的选择。
临行前，石磊将太初鼎的一缕主器灵注入秦木的灵核：“鼎灵能在危急时刻替你挡下一击，伏杀阵的启动符在你手中，只要残魂进入阵眼，立刻捏碎符印。”枯崖也从静流阵中暂退，将时间道环的“回溯碎片”交给秦木：“碎片能让你在危机关头回溯一息时间，足够你启动阵法了。”
秦木带着灵核潜入太古墟地脉时，地脉古纹已被混沌丝脉侵蚀得斑驳不堪。灵核在前面引路，核身的混沌伪装纹自动亮起，顺着丝脉的方向前行——越往深处，混沌气息越浓郁，秦木的元婴道衣都泛起灰黑色，需时刻用灵核净化才能维持道力运转。
在地脉最深处的“本源晶床遗迹”，秦木终于见到了残魂。它缩成一团灰黑色的雾球，雾球表面缠着无数丝脉，正疯狂吸收晶床遗迹中残留的本源髓能量——残魂的气息比在母巢时弱了近半，但仍有合道境中期的水准，感受到灵核的气息，雾球猛地一颤，发出沙哑的声音：“是你……送上门来，正好用你的灵核补全我的道果！”
残魂的丝脉如毒蛇般射向秦木，秦木早有准备，引动灵核释放混元领域，同时朝着伏杀阵的方向退去。残魂果然被灵核吸引，紧追不舍，丝脉在身后织成灰黑色的网，地脉古纹被网一碰就化作飞灰。秦木且战且退，灵核的混沌伪装纹被丝脉撕裂，道衣上已添了数道血痕，但他距离伏杀阵只剩百丈距离。
“就是现在！”秦木突然捏碎手中的引阵符，地脉中突然亮起金红色的阵纹，混元伏杀阵瞬间启动。阵中石磊、墨影与十名合道境修士同时出手，混元道力凝成巨网，将残魂困在中央。残魂才知中计，怒吼着用丝脉冲击阵网，阵网剧烈震颤，却始终未破——这正是秦木要的效果，他趁机将灵核掷向阵眼，灵核爆发出净化光芒，与阵力融合形成“混元净化囚笼”。
残魂在囚笼中疯狂挣扎，丝脉不断撞击笼壁，笼壁的光芒却越来越盛。石磊趁机引动太初鼎的阵力，鼎身盘古纹与笼壁融合，将残魂的能量一点点剥离——残魂发出不甘的嘶吼，雾球体积越来越小，最终缩成指甲盖大小的黑灰团，被灵核彻底吞噬。
当秦木带着灵核走出地脉时，灵核因吸收了残魂的核心能量，体积恢复至碗口大小，核身的盘古纹与雷纹交织，进化出“混沌寂灭纹”——这是能彻底湮灭混沌能量的纹路，灵核的净化威力比之前提升了十倍。太古墟的地脉古纹在阵力滋养下，也开始缓慢修复，三界的混沌隐患，终于暂时解除。