阿凯化作绿光封印虚无之母的第五年，全球灵植迎来“重生纪元”，世界树的根系重新扎入深海与地心，人类在灵植庇护下建立起百座新城市。可就在小林主持“深渊封印加固仪式”当天，世界树的年轮突然浮现血色纹路，所有面板同步弹出【终焉警报】：【阿凯封印时残留的“寂灭碎片”与虚无之母意识融合，形成“伪神之躯”，正冲破封印，1小时后将抵达地面！】
“阿凯的碎片？”小林猛地跪倒在地，双手按在世界树年轮上，泪水砸在血色纹路里，“怎么会这样……他明明是用净化核心封印的！”
苏禾扶着她站起身，检测仪器屏幕上，深渊层的能量曲线已突破峰值：“是虚无之母的意识太强！它吞噬了阿凯的碎片，现在的伪神之躯，既有寂灭黏液的腐蚀力，又有阿凯的灵植操控权，连世界树都会被它控制！”
话音未落，地面突然隆起，一根缠绕着血色黏液的巨型根须破土而出，狠狠砸在仪式广场中央——正是被伪神操控的世界树根系！根须上的尖刺刺穿了三名灵植守护者，他们的身体瞬间被黏液腐蚀，化为一滩黑灰。
“拦住它！”苏禾大喊着激活灵植防御阵，绿色藤蔓从地面钻出，缠住巨型根须。可藤蔓刚接触到血色黏液，就快速枯萎，根须挣脱束缚，朝着小林挥来。
千钧一发之际，一道熟悉的绿光闪过，姚浩的虚影挡在小林身前，合金刀劈断根须：“我感应到阿凯的意识还在抵抗！伪神之躯的核心在胸口，那里有阿凯的灵植印记，只要击碎核心，就能唤醒他的意识，重新封印虚无之母！”
“可伪神之躯马上就要到地面了！”小林擦干眼泪，握紧姚浩留下的灵植法杖，“我能用灵植网络牵制它，但需要有人靠近核心——现在只有你能做到，姚叔叔！”
姚浩的虚影点头，绿光融入合金刀：“苏禾，你带着幸存者转移到西部灵植堡垒；小林，你用‘生命献祭’强化灵植网络，尽量拖延伪神；我去正面牵制，等你们找到机会击碎核心！”
地面剧烈震颤，伪神之躯的轮廓从深渊裂缝中浮现——高达二十米的躯体由血色黏液和世界树根系编织而成，胸口镶嵌着一颗跳动的黑色核心，核心旁隐约能看到阿凯的面容轮廓。它嘶吼着抬起手臂，无数根须带着黏液射向城市各处，灵植建筑被瞬间摧毁，街道上满是奔跑的幸存者和被黏液感染的行尸。
姚浩的虚影提着合金刀冲上去，刀身绿光暴涨，一刀劈在伪神的手臂上。黏液溅在虚影上，绿光剧烈闪烁，伪神的手臂却快速愈合，反手一巴掌将姚浩拍飞出去，虚影撞在世界树上，光芒黯淡了大半。
“姚叔叔！”小林嘶喊着，将法杖插进地面，“生命献祭，启动！”她的头发以肉眼可见的速度变白，体内的灵植能量顺着法杖涌入大地，世界树的根系疯狂生长，缠住伪神的双腿，暂时将其固定在原地。
苏禾趁机带着幸存者撤退，回头却看到伪神的根须刺穿了小林的肩膀，血色黏液顺着伤口蔓延。“小林！”苏禾转身想要冲回去，却被姚浩拦住：“别冲动！她在用生命拖延时间，我们必须找到核心弱点！”
伪神挣脱根系的束缚，朝着小林走去，胸口的黑色核心闪烁着诡异的光芒。就在这时，核心旁的阿凯面容突然清晰，他的嘴唇微动，姚浩的虚影瞬间读懂了他的口型——“用净化核心的碎片，攻击黏液与根系的连接处！”
“苏禾！还记得阿凯留下的净化核心碎片吗？在堡垒的能量舱里！”姚浩大喊着，再次冲向伪神，合金刀劈向它的膝盖，吸引注意力。
苏禾立刻转身，驾驶灵植战机朝着西部堡垒飞去。战机穿过被黏液覆盖的云层，下方的灵植丛林已变成一片死寂的黑褐色，无数行尸在街道上游荡。她冲进能量舱，抓起那块泛着绿光的碎片，转身朝着伪神的方向飞去。
此时，小林的生命献祭已接近极限，她的身体开始变得透明，灵植网络的牵制力越来越弱。伪神挣脱姚浩的纠缠，一把掐住小林的脖子，黑色核心贴近她的额头，黏液开始侵蚀她的意识。
“阿凯！醒醒！”小林的声音带着哭腔，“我们说好要一起守护这个世界的！”
伪神的动作突然停滞，胸口的核心剧烈闪烁，阿凯的面容再次浮现，眼神里满是痛苦。姚浩抓住机会，合金刀插进伪神的腰腹，绿光顺着伤口蔓延，暂时阻止了黏液流动。
“苏禾，就是现在！”姚浩大喊。
苏禾的战机俯冲而下，她抓起净化碎片，纵身跃出战机，将碎片狠狠刺向伪神胸口——碎片精准刺入黏液与根系的连接处，绿光爆发，伪神发出凄厉的嘶吼，胸口的黑色核心开始龟裂。
“阿凯，快醒醒！”小林用尽最后一丝力气，将法杖插进核心裂缝，“用你的意识，压制虚无之母！”
核心裂开的瞬间，阿凯的意识彻底觉醒，他的声音从伪神体内传出：“姚哥，苏禾，小林……对不起，让你们担心了。”血色黏液从伪神体内涌出，快速蒸发，根系开始枯萎，伪神的躯体渐渐崩溃。
姚浩的虚影冲过去，抱住即将消散的小林和阿凯的意识碎片：“别说对不起，你们守住了一切。”
伪神之躯轰然倒塌，黑色核心在绿光中化为灰烬，深渊裂缝重新闭合，血色黏液彻底消失。小林的身体恢复了血色，阿凯的意识碎片融入世界树，年轮上的血色纹路渐渐变为绿色，面板弹出【终焉警报解除：伪神之躯摧毁，虚无之母永久封印，人类文明进入永续纪元】。
苏禾跑过来，三人相拥而泣。世界树的光芒洒在他们身上，温暖而祥和。姚浩的虚影看着重焕生机的城市，笑着说：“我该走了，以后的世界，就交给你们了。”
虚影渐渐消散，合金刀插在世界树下，刀身的绿光与世界树的光芒融为一体。小林和苏禾握紧彼此的手，看着远处嬉戏的孩子和忙碌的幸存者，心里无比坚定——阿凯的意识融入了世界树，姚浩的意志刻进了每个人的心里，这份守护，将永远延续下去，直到地球的尽头。