在以恩利尔、恩基、宁花萨歌为首的神族冷静观测下，恐龙纪元的设计，逐渐暴露出其固有的缺陷。这些巨兽如同一个粗糙的初代程序，体型庞大，消耗惊人，行为逻辑简单。它们贪婪的食量足以在可预见的时间内，将绿意盎然的星球再次啃噬成一片荒芜，最终陷入自我毁灭的死循环。恩利尔审视着这个“失败作品”，决定启动一次版本更新。
神族尝试将一个不起眼的物种引入生态系统——哺乳动物，用它替代恐龙。它们体型小巧，能耗更低，似乎更具发展的潜力。然而，初代哺乳动物与恐龙相同的“卵生”设计存在明显漏洞，其卵极易被捕食，导致种群数量增长缓慢。神族工程师们随即进行了第一次热修复：将卵生改为胎生袋养。这虽然提升了幼崽的存活率，却也为母体带来了沉重的负担，影响了其生存效率。于是，第二次优化补丁随之发布：进化为纯胎生。这一改进，极大地提升了哺乳动物的竞争力，为未来更复杂的“应用程序”——智慧生命的诞生，铺设了坚实的基础。
这一切的优化都基于一个前提：当时的地球引力远小于今日。没有月球引力的持续牵制，地球自转更快，强大的离心力抵消了部分重力，使得恐龙的骨架得以支撑其庞大的身躯。生物的进化史，在神族手中，就如同精密器械的升级史，遵循着从单一到多元，从粗糙到精密，从庞大到高效，从形态单调到色彩纷呈的迭代规律。
然而，就在神族准备系统性地让恐龙退出历史舞台，为哺乳动物腾出生态位时，一场意外的“黑客攻击”打断了所有计划。
距今约六千五百万年，一艘隶属于爬虫族的外星母舰，觊觎地球上丰富的矿产资源（尤其是宇宙稀有的黄金和山铜），不请自来。神族自然不会将自己经营了数亿年的实验场拱手相让。劝离无效后，激烈的星际战争在近地轨道爆发。
神族的科技显然更胜一筹，爬虫族节节败退。在绝望中，爬虫族领袖动用了未经实战检验的新型大规模杀伤性武器，爆炸点就在如今墨西哥的犹卡坦半岛。这次攻击未能完全摧毁神族目标，其释放的异种能量却与地球的海洋及地壳产生了剧烈的催化反应，引发了全球性的环境灾变。
致命的辐射尘席卷天地，遮天蔽日，地球陷入了长达数百年的“核子冬天”。阳光被阻断，植物凋零，食物链彻底崩溃。包括绝大多数恐龙在内的庞大生物群，以及留守地球的神族观测员，都在此次生态灾难中灭绝。爬虫族虽赢得了短暂的战术优势，却面对一个被彻底污染、资源无法开采的星球，也只能悻悻离去。
一场星际冲突，以两败俱输告终。
当恩利尔率领神族天使们乘坐月亮号母舰，在核冬天结束后重返地球时，面对的是一个满目疮痍的世界。幸存的生物在衰败中挣扎。创世神立即下令启动紧急生态重建协议。
随着满载补给的月亮号逐渐靠近，其引力再次拉扯地球，进一步减慢了地球的自转速度。巨大的空中电梯像船锚一样将月亮号和地球牢牢连接在一起。因为庞大的月亮号舰体挡住了大量阳光，地表大片区域陷入漫长的黑夜。月亮号底部悬挂的九个圆形核聚变探测器，沿着空中电梯的索道分布，如同串在神树上的果实。白天，由月亮号主体提供主要光照与热量；夜晚，则由这九个“果实”轮流照明和发热，维持地表生态的最低需求。后来诞生于此地的智慧生命，无法理解这超越时代的科技造物，他们仰望天空，认为那巨大的圆形金属体就是“天”本身，并由此衍生出“天圆地方”的宇宙观。而那连接天地、挂着“月亮”与九个发光体的空中电梯，在他们眼中，便成了神话里托着太阳的神树——扶桑。
神族天使们对幸存者进行了大刀阔斧的基因改造，以应对剧变的环境。食草动物被赋予了消化肉食的能力以扩大食物来源；部分陆地哺乳动物被引导走向海洋。早期的巴基鲸，留在陆地的分支演化为鹿与河马，而下海的分支，则在海洋丰富的资源和浮力支撑下，体型突破了陆地引力的限制，疯狂增长，演化成了后来的鲸与海豚。类似的故事也发生在其他啮齿动物等族群身上。此时，月亮号一直通过空中电梯锚定在地球近地轨道，其持续存在的引力导致地球自转持续变慢，整体重力缓慢增大，这迫使后续演化的陆地生物体型普遍缩小，而摆脱了重力束缚的海洋巨兽则迎来了它们的鼎盛时代。
在漫长的修复后，地球重现生机。神族也开始了新的创造。他们用自己的dNA与地球生物基因结合，创造出了一系列强大的助手：鹰首人身、牛首人身、胡狼人身……这些存在于后世《山海经》中的奇异存在，拥有接近神族的力量、智慧与漫长的寿命。他们成为神族治理和改造世界的得力臂助。
然而，神族很快发现，一些早期的造物开始出现“权限异常”，他们不再绝对服从命令。这些拥有神族力量与漫长生命的强大个体，本身就成了潜在的不稳定因素，甚至开始挑战神族的绝对权威。
为此，阿努下达了新的核心指令：必须锁死后续造物的神族基因权限，确保其绝对可控。
研究在继续。一种因穴居而侥幸躲过灭绝的小型直立恐龙进入了神族的视野。女娲提取其基因，与经过严格限制和锁死的自身部分dNA相结合，创造了一个新的生命体。她外表似柔美女性，实为雌雄同体，背生类似翼龙的皮膜翅膀，下肢为双足但也保留了一条比女娲蛇尾更为纤细的尾巴。恩利尔将她命名为莉莉丝。
这次创造，在锁死大部分神族力量与永生权限上取得了部分成功。莉莉丝虽未获得完整的神族权能，却依然拥有远超寻常造物的肉体力量，并且，她完全继承了神族那强大的精神潜力。
莉莉丝的诞生，是一个新的开始，也是一个巨大变数的伏笔。她站在伊甸园的边缘，眼神复杂地望向那片由她的造物主们掌控，却又即将因她而掀起波澜的新世界。