话说大明嘉靖年间，江南苏州府吴江县有个落第秀才，姓李名文秀，虽才学满腹却时运不济，连续三回乡试皆名落孙山。这日正值腊月二十三祭灶时节，漫天雪花如扯絮般飘洒，李文秀缩在城南租住的柴房里，对着半盆炭火长吁短叹。忽听得叩门声急响，开门见是旧日同窗张员外家的管家，递来一封火漆封口的请帖道：家主明日设宴，特请相公过府一叙。
次日李文秀踏雪赴宴，那张员外原是盐商起家，近岁不知攀上什么门路，竟在运河边建起五进大宅。酒过三巡，张员外屏退左右，压低声音道：贤弟可知青龙会？李文秀手中酒杯一晃：可是那专劫贪官污吏的江湖组织？张员外捻须笑道：明人不说暗话，为兄正是会中执事。观贤弟怀才不遇，不如入会谋个前程。
原来这青龙会乃永乐年间成立的秘密帮会，起初专替朝廷督办漕运，后来会众遍布三教九流，渐渐成了亦正亦邪的势力。李文秀正犹豫间，忽见厅外闪过一道青影，有个戴斗笠的汉子隔窗比划三个手指。张员外脸色骤变，匆匆塞过一锭银子：三日后子时，城隍庙后墙见。
待到约定时辰，李文秀踩着积雪摸到城隍庙，却见后墙暗门洞开，进去竟是条直通地下的密道。七拐八绕来到一处灯火通明的大厅，但见百十号人按青、赤、白、黑四色服饰分立，正中央虎皮交椅上端坐一位虬髯大汉，胸前绣着金线蟠龙。张员外忙上前耳语几句，那虬髯汉朗声大笑：好个酸秀才！某乃江南分舵主雷万钧，今日恰有桩买卖要借重读书人。
原来苏州知府陈廷敬贪墨河工款银二十万两，暗中熔成金砖藏于府衙地库。青龙会早得线报，奈何库门需破解七星连珠机关，非得通晓易经者不可。李文秀年少时曾随道士学过奇门遁甲，当下凝神推演半晌，竟将机关解法说得头头是雷万钧抚掌叫好：若得手，分你三成利！
当夜月黑风高，雷万钧亲率八名好手潜入府衙。李文秀按五行相生之理转动铜盘，果然听得咔嗒轻响，三尺厚的铁门应声而开。众人正待搬运金砖，猛听屋顶炸雷般一声大喝：青龙会的毛贼，俺等你们多时了！但见火光骤亮，数十名弓弩手围得水泄不通，那知府陈廷敬捋须冷笑，身旁立着个戴傩面的黑袍人。
雷万钧怒吼着劈刀上前，却被黑袍人袖中飞出的链子枪缠住手腕。混战中忽见张员外反手一刀刺入雷万钧后心，嘶声道：对不住大哥，陈大人许我做个正经官身。李文秀惊得魂飞魄散，趁乱钻进通风暗道，背后箭矢嗖嗖射来，左肩早着了一下。
也不知爬了多久，李文秀昏沉沉跌出洞口，竟是在寒山寺后的乱葬岗。挣扎着走到枫桥边，终是支撑不住晕倒在地。迷糊中觉有人灌下热汤，睁眼却见个白发老妪正在煎药。那老妪叹道：后生怎去惹青龙会？你道雷万钧真是舵主？不过是个替死鬼罢咧。
老妪自称姓阮，原是青龙会上任医堂堂主。她取出枚青铜令牌道：真舵主唤作云中鹤，三年前便失踪了。如今会中分作两派，一派要寻回旧主，另一派却想拥立新主。又指李文秀怀中掉出的油布包：这是雷万钧临死前塞给你的吧？打开竟是半幅血染的江南漕运图。
养伤十余日，李文秀渐能下地行走。这日阮婆婆急匆匆回来：快收拾细软，黑袍卫追来了！二人从后窗翻出，忽见街角转出个卖炊饼的汉子，阮婆婆甩手三枚银针，那人应声倒地时袖中露出半截青鳞匕首。李文秀失声道：这不是王卖炊么？阮婆婆冷笑：青龙会眼线遍布市井，卖炊饼的、测字的、连乞丐堆里都藏着探子。
二人混出城门，沿运河走到嘉兴地界。阮婆婆指着芦苇荡里一艘乌篷船道：去找船头插翠竹的，自有人接应。李文秀登船见个蓑衣翁正在煮酒，竟是三年前失踪的说书先生柳敬亭。柳先生斟酒道：小老儿隐姓埋名，专候有缘人。那半幅图指向洞庭东山，藏着青龙会镇会之宝——青龙玺。
原来嘉靖皇帝暗中扶持东厂掌控青龙会，将会中忠于皇室的云中鹤舵主软禁。柳先生取出另半幅图：两图合一可见藏玺密道，但需凑齐四把钥匙：青玉箫、赤铜算盘、白瓷药杵、黑铁戒尺。这四物分掌在四位堂主手中。正说着，舱外忽然传来琵琶声，柳先生变色：是赤衣堂的追魂琵琶！
但见月色下驶来三艘快船，船头立着个抱琵琶的红衣女子。阮婆婆抓起药杵迎战，柳先生则舞动烟杆挡住射来的毒针。李文秀慌不择路跳进河里，猛被人拽进水底暗舱，有个声音在耳边道：我乃白衣堂琴师白素衣，专程救你。抬头见个白衣女子正在操舟，舱角还捆着个黑衣汉子：这是叛徒黑无常，已套出话来说青龙玺关乎嘉靖爷的身世秘密。
白素衣道出惊天内幕：嘉靖帝本是青龙会老舵主之子，幼时被送入宫中偷梁换柱。如今皇帝欲毁掉青龙玺灭口，东厂督主曹少钦已亲下江南。三人趁夜驶入太湖，忽见前方火光冲天，有艘楼船正遭围攻。白素衣惊道：是总舵的百花船！话音未落，桅杆上飘落个青衣女子，剑光如虹刺向黑无常心口。
李文秀定睛一看，这女子竟是苏州城里有名的绣娘青鸾。原来她才是真舵主云中鹤之女，三年来扮作绣娘暗查父亲下落。四人合力杀退追兵，青鸾取出青玉箫道：钥匙已得其三，独缺赤铜算盘。但那算盘在曹少钦手中，他三日后要在灵岩山摆鸿门宴。
曹少钦的请帖送到时，李文秀正对着一湖烟雨发怔。青鸾拔下金簪挑破请帖夹层，露出朱砂画的暗道图：他既设局，我们便将计就计。当夜众人按图摸进山庄密道，却见曹少钦端着赤铜算盘坐在太师椅上，身旁站着张员外和红衣琵琶女。曹少钦尖声笑道：咱家早知你们要求，且看这是谁？
石牢里押出个蓬头垢面的老者，青鸾顿时泪如雨下：爹爹！云中鹤颤声道：鸾儿快走，玉玺在...话未说完，张员外突然一刀结果了他性命。混战中文秀抢过算盘，背后却中了琵琶女一掌。危急关头，阮婆婆撒出迷烟，白素衣连弹七弦琴震倒追兵。
众人退守寒山寺藏经阁，青鸾对着四把钥匙垂泪。李文秀忽道：且慢！那日雷万钧临死前曾念佛肚藏珠四字。白素衣猛拍额头：莫非指寺中弥勒佛？连夜撬开佛像肚脐，果然滚出个鎏金铜盒。盒内玉玺刻着受命于天四字，底下却还有行小字弘治十八年制。
正当众人疑惑，窗外传来长笑：多谢诸位替咱家寻得玉玺！曹少钦率东厂番子破窗而入。混乱中玉玺滚落火盆，竟熔出张薄绢，上书嘉靖帝生母留给青龙会的血书。原来皇帝本是宫女所生，被当今太后偷换，青龙会老舵主为保皇室颜面才隐忍多年。
曹少钦见事败露，凶性大发欲灭口。忽听殿外马蹄如雷，有个苍老声音喝道：御前侍卫统领陆炳在此！但见火光里涌进大批锦衣卫，当先老者捧出圣旨：皇上密诏，青龙会护驾有功，曹少钦就地正法！
原来嘉靖帝早疑心太后一党，暗中命陆炳伺机行动。这场风波过后，青鸾继任舵主重整青龙会。李文秀却婉拒官职，只求在会中当个文书先生。这日他路过枫桥，又见阮婆婆在茅棚下煎药，柳敬亭仍在说书，只是故事里添了段书生智斗阉党的新篇。
忽有个戴斗笠的汉子塞来纸条，上书漕运新弊，酉时茶楼。李文秀整了整青布长衫，踏着夕阳走入市井人烟。远处寒山寺钟声悠悠，谁料这书生转身没入巷陌，又一段惊心动魄的传奇正在暮色里悄然而起。