大和敢助被陷害，使得调查陷入了僵局。警局内部对大和的不满情绪日益高涨，甚至有人开始质疑上原由衣的立场。毛利小五郎的推理也一度被凶手刻意留下的假线索引入歧途。
柯南却如同嗅觉敏锐的猎犬，在重重迷雾中捕捉到了那些微的不协调感。凶手对警局内部了如指掌，能轻易拿到关键物证并伪造证据，说明其身份很可能是内部人员，而且职位不低。但动机是什么？仅仅是为了陷害大和敢助？
他总感觉，在调查过程中，似乎有另一股力量在暗中引导他。有时是“偶然”发现的、被忽略的证物；有时是其他警官“无意”间透露的、关于竹田组过往的零碎信息；甚至有一次，他在思考瓶颈时，收到了一条匿名发送到他手机上的、关于某种特定药剂能伪造特定死亡症状的科普文章……这一切都像是有一只无形的手，在恰到好处地为他拨开迷雾的一角。
周长安也察觉到了这种“引导”。她没有介入柯南的推理，而是将更多的注意力放在了警局的人员和氛围上。她注意到，黑田兵卫虽然名义上是来视察，却似乎对竹田组的案子格外关注，经常独自翻阅卷宗，或者与一些老资格的警官低声交谈。他的独眼中，时常闪烁着思索与了然的光芒。
另一方面，周长安通过易凌斋的渠道，对竹田组的背景进行了深入调查。反馈回来的信息让她眉头紧锁——竹田组在过去几年里，涉嫌多次利用职权，非法处理没收的赃物，尤其是枪支！这些本应被销毁的枪支，却神秘地流入了黑市。
枪支……周长安想起了库拉索提供的情报中，提及组织偶尔会通过某些警方内部渠道，获取一些“干净”的武器。难道长野县警的腐败，与组织也有牵连？
案件的转折点发生在一个雨夜。柯南根据连日来收集的线索和那股“无形引导”的提示，将目标锁定在了已被认定为“受害者”的秋山警官身上！他发现秋山的“殉职”现场有诸多疑点，其死亡时间、方式都可能被精心伪造。
与此同时，上原由衣在巨大的压力下，回忆起一条关键线索：在鹿野警官遇害前，曾无意中向她透露，秋山最近行为异常，似乎在暗中调查竹田组过去经手的某些枪支流向。
拼图逐渐完整。
在柯南的推理（再次借助毛利小五郎的声音）和黑田兵卫“恰到好处”提供的某些权限支持下，真相终于被揭开：
凶手正是诈死隐藏的秋山警官！
他的动机源于深沉的仇恨。多年前，他年仅初中、天真烂漫的妹妹艳子，在一起街头随机枪击案中不幸身亡。而警方事后调查发现，凶手所使用的枪支，正是长野县警竹田组几年前没收、本应销毁、却非法出售给黑市的一批枪支中的一把！
得知真相的秋山悲愤交加，他认为竹田组的腐败是导致妹妹惨死的根源。他无法通过正当途径将这些人绳之以法（因为证据不足且涉及内部包庇），于是策划了这场漫长的复仇。他先后杀死了竹田和鹿野，并伪造现场制造恐慌，最后精心布局，假死脱身，并将所有嫌疑引向与他曾有旧怨、且性格刚直容易成为靶子的大和敢助。
他利用自己对警局的熟悉，巧妙地伪造证据，引导调查方向，甚至一度让经验丰富的毛利小五郎也判断失误。而那看似“无形”的引导，一部分来自于黑田兵卫的暗中协助——黑田早已察觉竹田组的腐败和秋山的异常，但他需要确凿的证据和合适的时机，而柯南的敏锐和“鲁莽”恰恰成了打破僵局的关键。
案件告破，秋山在被包围后，面对确凿证据，承认了所有罪行，他脸上没有悔恨，只有大仇得报后的空虚与释然。大和敢助的嫌疑被洗清，但长野县警内部的腐败黑幕被揭开，引发了巨大的震荡。
雨停了，月光透过云层缝隙洒下。长野县的迷雾似乎散去了些，但笼罩在警察系统上空的阴影，却远未消散。
周长安站在警局外，看着被押上警车的秋山，心中叹息。仇恨的链条一旦开始，便很难停止，最终吞噬的往往是复仇者自己。而黑田兵卫在这起事件中扮演的角色，也让她更加确定，这位管理官所图甚大。
就在这时，黑田兵卫那高大的身影出现在她身后。
“周长安小姐，”他的声音依旧低沉，“方便借一步说话吗？”