新明港外海，硝烟尚未完全散去，三艘西班牙战舰如同受伤的野兽，在远海徘徊，舔舐伤口，等待着下一次扑击的时机。瓦尔德斯上校站在破损的“圣菲利佩号”甲板上，面色铁青，他一边命令全力抢修战舰，一边派出快艇，疯狂联络周边所有能联络到的西班牙据点和雇佣的土着部落，试图编织一张更大的包围网，困死新明港。
港内，气氛并未因暂退强敌而轻松。吴铭站在了望塔上，远眺敌舰动向，眉头紧锁。
“他们在等援军，或者在等我们内部崩溃。”吴铭对身旁的蒋瓛和沉茂才说道，“我们的粮食危机并未完全解除，与特拉科潘的贸易线依旧脆弱。西班牙人吃了亏，下次再来，手段只会更狠辣。”
(内心oS：项目风险矩阵更新：外部威胁（西班牙）等级维持极高，内部资源（粮食、医药）短缺风险急剧升高！必须启动应急预案！)
然而，就在吴铭全力部署防御、巩固粮道、督促“金薯”“玉麦”扩种之时，一场远比西班牙人的炮弹更隐蔽、更恐怖的危机，正悄然在新明港内部滋生。
最先出现异常的是港口区的劳工营。几名负责清理战损废墟和搬运西班牙士兵尸体的土着雇工，突然出现寒战、高烧、头痛欲裂的症状，随后腋下和腹股沟处出现明显的淋巴结肿痛，甚至开始溃烂。
起初，负责巡查的医官以为是劳累过度加上伤口感染，并未太过在意，只吩咐隔离休息，用了些清热解毒的草药。但情况迅速恶化，高烧不退者越来越多，咳嗽、咯血（肺鼠疫征兆）的症状也开始出现，死亡接踵而至！死者皮肤上出现恐怖的紫黑色瘀斑，死状凄惨。
“瘟疫！是瘟疫！”一位年长的、来自大明的老医匠看到症状后，脸色煞白，惊恐地尖叫起来，“是疙瘩瘟（鼠疫）！或是肺痨瘟（肺鼠疫）！天哪！这东西染上就死啊！”
恐慌如同最致命的病毒，瞬间席卷了整个新明港！远比西班牙人炮击带来的恐惧更甚！
人们惊恐地远离病患，原本就因粮食短缺而紧绷的神经瞬间断裂。谣言四起，有人说是西班牙人尸体带来的“邪气”，有人说是触怒了本地神灵，更有人暗中传言，这是吴铭“逆天而行”“自立为王”招来的天谴！
港口秩序几近崩溃，人人自危，连正常的防御和生产都受到严重影响。
“首领！港口区已死亡十七人！病患超过五十！疫情还在扩散！民众恐慌，几近炸营！”沉茂才连滚带爬地报告，声音带着绝望的哭腔。
吴铭的心瞬间沉到了谷底。(内心oS：黑死病？！鼠疫？！项目最大危机——公共卫生事件爆发！死亡率超高，恐慌指数爆表，处理不当直接团灭！)
他强迫自己冷静下来，大脑飞速检索着现代医学关于鼠疫的知识：鼠疫杆菌，通过跳蚤叮咬（腺鼠疫）或飞沫（肺鼠疫）传播，死亡率极高，但…可防可控！关键是隔离、消毒、灭蚤、对症治疗！
“立刻！”吴铭的声音斩钉截铁，压住了现场的慌乱，“蒋瓛！调你的燧发枪队！不是打仗，是执行军管！”
“第一：全面封锁港口区！ 划为绝对隔离区，许进不许出！所有疑似病患，立即移送至隔离区内的特定棚屋！”
“第二：全港大清洁！ 焚烧所有垃圾、污物，尤其是死鼠！用生石灰水泼洒所有角落！所有人，强制用热水和皂角清洁身体，衣物沸水蒸煮！”
“第三：组建防疫队！ 人员从我、格物院、还有自愿者中出！穿戴…穿戴用油布做的简易防护服和面罩（口鼻处塞入活性炭和棉布过滤）！负责隔离区消杀、送药、处理尸体！”
“第四：尸体处理！ 所有死者，深坑焚烧后掩埋，撒大量生石灰！严禁土葬！”
“第五：寻找药源！ 张衡！立刻带人查阅所有带来的医书，尤其是那本《…》《瘟疫论》！寻找可能对症的方剂！同时询问本地土着，他们有无应对类似热病的草药！”
(内心oS：启动传染病应急响应预案！隔离传染源，切断传播途径，保护易感人群！没有抗生素，就用最严格的公共卫生手段和中医经验结合！)
命令一条接一条，清晰而冷酷，却瞬间给慌乱的人们指明了方向。尽管恐惧依旧，但在吴铭强大的组织力和燧发枪队的强制力下，新明港开始以一种悲壮而有序的方式，对抗这无形的死神。
吴铭更是身先士卒，穿上那简陋得可怜的“防护服”，亲自进入隔离区视察，稳定人心。他的举动，极大地鼓舞了防疫队的士气。
格物院灯火通明，张衡带着所有懂文墨的人，疯狂翻阅着有限的医药典籍。终于，在一本辗转带来的、由明末医家吴有性（吴又可）所着的《瘟疫论》中，找到了希望之光！
书中明确提出“夫温疫之为病，非风、非寒、非暑、非湿，乃天地间别有一种异气所感”（瘟疫的病因是一种特殊的“戾气”），其感染途径是“邪从口鼻而入”（通过呼吸道和消化道传染），这与此疫情的症状和爆发模式高度吻合！
书中还强调“疠气”致病具有强烈的传染性，“无论老少强弱，触之者即病”。
书中不仅提供了“达原饮”等着名方剂（以槟榔、厚朴、草果等为主药，旨在开达膜原，辟秽化浊），更提出了“逐邪勿拘结粪”（强调攻下排毒的重要性，不必拘泥于是否有便秘）、“注意疏利分消”等治疗原则。
“找到了！首领！吴又可的《瘟疫论》！他的说法，与您说的‘微生物’、‘传染’之理，颇有相通之处！”张衡激动地捧着书的手都在颤抖。
(内心oS：技术整合！将明代温病学先进理念与现代公共卫生措施结合！这是跨越时空的医学协作！)
“太好了！”吴铭如获至宝，“立刻组织人手，按《瘟疫论》的方子，结合我们现有的药材，大量熬制‘达原饮’加减方！优先供给防疫队和高危人群！同时，将‘隔离’、‘消毒’、‘戾气从口鼻入’的道理，编成通俗易懂的口诀，让所有人传唱执行！”
就在新明港与瘟疫殊死搏斗的同时，大明应天府，另一场没有硝烟的战争也在进行。
徐妙锦虽被软禁在魏国公府，但凭借过往的人脉和徐达旧部的暗中协助，她依然能零星地收到关于外界的消息。当她得知新明港疑似爆发瘟疫，且朝廷清流正借此大肆攻击吴铭“倒行逆施，天降灾殃”时，她心急如焚。
她深知，这不仅是吴铭的危机，更是她和孩子们命运的转折点。若新明港真的被瘟疫摧毁，或朝廷借此坐实吴铭的“罪责”，他们母子必将失去最后的价值，结局可想而知。
绝不能坐以待毙！
她利用朱标因高产作物和燧发枪而产生的些许动摇和犹豫，做了一件极其大胆的事——她设法避开监视，亲手写了一封言辞恳切却又暗藏机锋的信，通过极其隐秘的渠道，直送宫内，呈交马皇后（历史上马皇后已于洪武十五年去世，此处根据小说设定存在）。
信中，她绝口不提求饶，而是以“罪妇”身份，首先深切忏悔“夫婿之悖逆”，随后笔锋一转，盛赞皇帝皇后“仁德广被”，感念其“保全弱质幼子之恩”。接着，她巧妙地提及新明港“瘴疠突发”，引述《瘟疫论》中“戾气”之说，暗示瘟疫乃天地之气，非人力罪愆，且“吴铭麾下，亦多大明流寓之子民，陛下之赤子”，若朝廷能稍示关怀，“赐下些许药石之资”，或“遣一二熟谙瘟病之医者，指点迷津”，则不仅能活人无数，更可彰显“天朝上国，仁恕之道，怀远之德”，令海外臣民“虽处绝域，亦感念天恩”。
最后，她以退为进，泣血叩首，言“若陛下恐药资资敌，罪妇愿率三子，永世禁足于府内佛堂，为陛下、娘娘及大明万千生灵祈福诵经，以赎夫罪”。
这封信，情深意切，又深明大义，更是将了朱标一军。马皇后本就仁厚，览信后不禁动容，向朱标进言。朱标本就因吴铭展现出的价值（高产作物、燧发枪）而摇摆，此刻又面临瘟疫这个共同威胁和“仁德”舆论的压力，态度进一步软化。
他最终下了一道暧昧的旨意：责令太医院“整理”一批“常用药材”，以“救助海外大明流民”之名，送至沿海某处，并“允许”徐达府“酌情”招募一两名“自愿”的医者，随商船前往“探视”。同时，魏国公府外的看守明显减少，限制大幅放宽。
这几乎是一种默许的支援和姿态的放低！徐妙锦以她的智慧和勇气，为吴铭争取到了宝贵的喘息之机，也极大改善了自身的处境。
新明港内，疫情在经历了最残酷的爆发期后，由于吴铭采取的严格隔离、彻底消毒（现代公共卫生理念）和《瘟疫论》方药（明代温病学智慧）的结合运用，加之“金薯”、“玉麦”提供的充足营养增强了部分人的抵抗力，疫情终于被逐渐控制下来！
虽然死亡率依然触目惊心，但新增病例大幅减少，康复者开始出现。整个新明港如同经历了一场浴火重生，凝聚力空前高涨。吴铭的威望，也因他在这场瘟疫中的果断决策、身先士卒和带来的“神奇医书”，达到了新的顶点。
就在这时，徐妙锦争取到的、来自大明的微弱医疗援助，几经辗转，终于抵达。虽然只是少量的药材和两名老医匠，但其象征意义巨大——这代表着大明朝廷的某种默认和妥协！
吴铭紧紧抓住这个机会，大张旗鼓地迎接“天朝恩赐”，极大地鼓舞了民心士气。
疫情刚稳，吴铭立刻命人将《瘟疫论》的核心思想（戾气学说、防治原则）、结合新明港抗疫的实践经验（隔离、消毒措施），以及少量珍贵的“金薯”种薯和“玉麦”种子，精心打包，再次通过秘密渠道，送往大明朝廷。
随行的，还有一封吴铭的亲笔信。
信中，他不再炫耀武力，而是平静地陈述了新明港刚刚经历的瘟疫劫难，以及如何凭借《瘟疫论》的指导和众人的努力侥幸存活。他写道：“瘟疫之厉，不分华夷，不论顺逆。陛下乃天下共主，臣虽万死，然麾下子民多是无辜大明赤子，其所耕之祥瑞神种，其所依之活民医道，皆可造福大明亿兆黎庶。若陛下圣心垂怜，愿以此医道、此种薯，换取海外孤臣家小之安宁，则臣虽肝脑涂地，亦无憾矣。”
这是一份沉重的礼物，更是一份诛心的阳谋。
朱标看着那本蕴含着惊人医学思想的《瘟疫论》，摸着那饱满的“金薯”种薯，想象着它能带来的粮食产量飞跃，再对比朝堂上那些只会空谈道德、于国于民无实的清流，心中受到了前所未有的震撼和冲击。
技术、粮食、医学…吴铭所掌握的东西，无一不是帝王最需要维系国本、收揽民心的神器！杀他一人容易，但得不到这些，损失巨大！
“拟旨…”朱标疲惫地闭上眼睛，声音沙哑，“徐妙锦及其子，解除软禁，可于南京城内自由行走…待朕思虑周全，再作决断…”
天平，正在不可逆转地倾斜。
尾声：风暴前夕的寂静
新明港外，瓦尔德斯上校终于等来了两艘来自马尼拉的援舰，但他同时也收到了土着眼线关于港内爆发瘟疫的报告。
“瘟疫？”瓦尔德斯惊疑不定，随即露出残忍的笑容，“上帝之手！这是上帝在惩罚这些异教徒！命令舰队继续封锁，等待他们死绝！”
但他不敢轻易进攻，瘟疫的恐惧同样笼罩着西班牙军队。
新明港内，吴铭站在刚刚清理干净的码头上，望着远方依旧封锁的西班牙舰队，眼神冰冷。
“瘟疫打不垮我们，只会让我们更强大。”他对身边的蒋瓛说道，“告诉李大匠，加快‘雷暴计划’的进度！我们要给西班牙人，准备一份他们永生难忘的‘惊喜’！”
海风带来咸腥的气息，也带来了新一轮风暴的预兆。
但此刻的新明港，已经不再是那个只会被动挨打的据点。它拥有了粮食的希望，医学的智慧，和一颗经过血与火淬炼的、无比坚韧的心脏。