青牛村东头的百草园在子夜时分泛起奇异光晕。刘镇南盯着那株三年未开的月光草，只见草叶上金纹流转，在晨曦下映出诡异符文。这株看似普通的灵植，此刻正散发着令人心悸的气息。
五更时分，整片药田突然震动。那株月光草无风自动，草叶边缘渗出墨绿毒液，毒液所及之处，青石板竟被腐蚀出深深坑洞。更令人不安的是，园中那口千年灵泉不断涌出漆黑如墨的液体，水面上浮起无数中毒翻白的灵鱼。
新任灵植使踏着花瓣降临，手中玉锄轻挥间，整片药田的草木开始扭曲变形。乡野药农，也配培育灵植？锄风过处，地裂缝中窜出万草阁用毒蕈炼制的蚀根蛊。刘镇南临危不乱，引动晨露洒向蛊虫，露珠触及毒蛊竟凝成琉璃般的净世灵液。
月圆之夜，真正的危机爆发。灵植长老撕裂虚空，袖中飞出的种子落地即成妖植。这些妖植根须如铁索，专噬地脉灵气，被缠住的村民瞬间苍老十岁。老药师突然发现配药的手诀变成布阵指法，学徒无意识踏出的步法竟暗合九宫八卦。
是噬灵妖藤！白芷御剑斩向妖植，剑刃却遭腐蚀。刘镇南咬破指尖，将本命精血滴入古井。血珠入井竟映出百草朝宗异象，井水冲天而起化作甘霖。新生的净灵草破土而出，草心坐着三寸木灵，手握药杵轻捣虚空。
七日恶战，刘镇南耗尽本命精血。朦胧中见林素衣残魂显现，将毕生灵植感悟凝成《草木真解》。醒时万草阁主已亲临，他脚踏食人花，腰间悬挂的摄魂铃摇出迷心魔音。
关键时刻，刘镇南在草木倒影中看见恐怖真相——每个村民心口都连着无形的草木灵线，线的另一端没入地底千丈处的灵植核心。核心中盘踞着房屋大小的木精，正在吞噬村民的生命力。
刘镇南福至心灵，将本命精血滴入灵植核心。血滴触及核心的刹那，木精突然发出凄厉嘶鸣。那些连接村民的灵线纷纷断裂，但垂死的木精突然自爆，毒液如暴雨倾泻。
眼看全村即将覆灭，林素衣残魂彻底燃烧，化作光罩护住村庄。毒液触及光罩竟化作甘霖，原来她早已将本命木灵炼成了解毒圣物。万草阁主骇然色变，可惜为时已晚，光罩中飞出的解毒圣物已没入他眉心。
寒露深夜，当最后一道妖藤断裂时，幸存的灵植突然迸发七彩流光。植体浮现的《万物生发图》竟能引动周天草木精华，但每引动一次就要消耗施术者寿元。刘镇南为救被控制的村民，连续引动三次，乌发瞬间成雪。
谷雨时节，异变再生。那些被净化的村民突然开始舞蹈，舞步暗合草木生长之理。林素衣在观察舞蹈时突然明悟，将这种规律融入《草木真解》，创出舞韵调息法。
小满午夜，万草阁余孽去而复返。这次他们带来更阴毒的手段——用腐心草污染了全村水源。饮下毒水的村民开始妖化，指甲变利爪，瞳孔竖成兽瞳。
芒种黎明，转机突现。林素衣残魂与净化后的灵植产生共鸣，灵植额间浮现净化符文。符文所照之处，妖化村民逐渐恢复人形。但灵植也因此耗尽元气，陷入沉睡。
夏至时分，更大的阴谋浮出水面。万草阁主竟在灵植体内种下噬主蛊，只要刘镇南动用木灵之力，蛊虫就会反噬其主。危急时刻，老药师发现以龙血草混合朱砂，可暂时压制蛊虫。
大暑酷热中，终极考验来临。万草阁主启动万灵炼心大阵，要将整个青牛村炼化成丹。刘镇南以身为引，将生命古树残留的本源之力注入大地，整片山脉突然活了过来。
立秋薄暮，当最后一片树叶融入大地时，那些被点化的草木突然集体跪拜。空中浮现出草木始祖的完整传承——原来真正的草木之道，是以情为养，以心为土。
从此，刘镇南放下药锄，以天地为圃，以真情为露。他培育的每一株草木都蕴含着对生命的敬畏，而这些灵植，反而成就了前所未有的自然之道。青牛村也因此成为三界灵植师心中的圣地，流传着以心育木，方得长生的传说。
雨水时节，两个药童在百草园中嬉戏，他们随手撒下的种子竟瞬间开花。更神奇的是，这些花朵能根据人的心情变换颜色，悲伤时显蓝，喜悦时泛金。
惊蛰春雷中，当外敌来袭时，整片百草园突然活了过来。妖植组成天然迷阵，将来犯者困在阵中三天三夜。阵中草木竟能模仿来犯者的功法，以彼之道还施彼身。
谷雨绵绵时，老药师发现，这两个药童的眼泪能治愈草木病害，笑声可促灵植生长。整个青牛村在他们的影响下，成了真正的灵植仙境。
但福兮祸所伏，这种能力引来了更强大的觊觎者。立夏那日，天外飞来九道青藤，要带两个药童前往木神宫修行。而青藤的末端，连着三十三天外的东方青帝。
从此，刘镇南与林素衣肩负起守护这两个天命之子的重任。而新的传奇，就在这草木萌发的季节，悄然拉开新的篇章。