青牛村东头的药田在晨雾中剧烈震颤，刘镇南盯着掌心被灵植根系勒出的血痕怔怔出神。昨夜子时开始，这片培育多年的灵植突然发狂，龙胆草的根系如毒蛇般破土而出，将晾药架绞成碎片。
镇南哥！紫云草在吞食家禽！林素衣提着染血的药篮踉跄跑来，篮中本该温顺的灵植此刻竟长出了锯齿状的叶片。刘镇南掐碎镇灵草叶撒向药田，草屑触及狂化的灵植竟燃起幽蓝火焰。
新任灵植使踏着藤蔓现身，手中催灵杖挥动间，整片药田的灵植疯狂生长。区区药农，也配培育灵植？杖风过处，七星草的叶片化作利刃，龙胆草的根系变成绞索。刘镇南福至心灵，将晒药场的陈年药渣撒向狂化灵植。
三日后的月圆之夜，更大的危机降临。村外荒山突然裂开，涌出铺天盖地的妖植种子。这些种子遇土即生，长出的妖植不仅攻击生灵，竟能互相吞噬进化。是万植宗的炼妖大阵！白芷御剑而来，剑尖挑破虚空露出阵眼。
黎明时分，当第一缕阳光照进山谷时，众人惊骇地发现妖植已进化出飞行能力。带刺的藤蔓如箭雨般射向村庄，毒花喷出的花粉让牲畜发狂。刘镇南浑身被毒刺划伤，鲜血滴入土地竟让净化灵植疯狂生长。
你的血...是药灵体！万植宗长老大笑现身，正好做我妖植的养料！他挥动噬灵幡，幡中飞出万千蛊虫，专噬药灵血脉。危急关头，林素衣毅然割腕，将药神谷传人的灵血洒向大地。
灵血触土，整片药田突然共鸣。所有灵植无风自动，叶片上的露珠折射出七彩光芒。光芒交汇处，一株沉睡百年的古茶树突然苏醒，茶香所过之处，妖植尽数枯萎。不可能！万植宗长老暴怒，这株悟道茶早已枯死百年！
古茶树轻轻摇曳，叶片上浮现天然道纹。道纹升空，在空中结成净化大阵。阵光照射下，万植宗长老惨叫消散，妖植种子尽数化为肥料。但古茶树也因此耗尽元气，叶片枯黄凋零。
战后，刘镇南在茶树根部发现一枚翡翠茶果。果中蕴藏着整片药田的灵性记忆，更记载着惊世秘辛——原来青牛村的灵植暴动，是有人要唤醒地底镇压的太古妖植。
为防患未然，刘镇南开始钻研《灵植通灵诀》。他发现能与灵植进行简单沟通，更能通过特定频率的灵气波动安抚狂化灵植。月余之后，村外来了一位神秘老妪。她手持枯木杖，杖头镶嵌的正是与古茶树同源的灵木。
惊蛰夜，刘镇南在药田守夜时，那枚翡翠茶果突然发芽。嫩芽中飞出一位茶灵童子，童子道出真相：老妪实为灵植叛徒，百年前盗走圣地至宝，导致灵植一脉衰微。为验证真伪，刘镇南假意拜师。
谷雨时节，决战在古茶树下展开。老妪现出原形，竟是半人半植的妖物。她挥舞枯木杖，召唤出被邪化的灵植大军。刘镇南在茶灵童子相助下，以身为媒引导古茶树残存的力量。当晨曦初现时，古茶树最后一片叶子飘落，化作利刃斩断枯木杖。
此后三年，刘镇南以灵纹为引，重振青牛村灵植之道。他发现每株灵植都拥有独特灵性，只需用心沟通便能互利共生。曾经狂化的龙胆草，如今成了最好的守村灵卫；一度伤人的紫云草，反而能预警天灾。
立春那日，当第一株灵植开花时，天空降下七彩花雨。雨中走出一位绿袍老者，正是灵植圣地当代圣主。他感念刘镇南匡正灵植之道，欲授其圣主之位。刘镇南婉拒圣主美意，选择留在青牛村。
然而危机并未解除。寒露那夜，村中灵植突然集体枯萎，地底传来令人心悸的波动。茶灵童子现身示警：被镇压的太古妖植即将苏醒。刘镇南抚摸着掌心灵纹，望向地底深处——真正的考验，现在才刚刚开始。