一个寻常的午后，阳光明媚。江户川柯南（工藤新一）跟着毛利小五郎和小兰刚从一场短途旅行归来，三人有说有笑地走在米花町的街道上，气氛轻松愉快。
柯南的心情也难得地放松，暂时将那些沉重的秘密和危险抛在了脑后。
然而，这份轻松在他无意间瞥见街角一抹熟悉的黑色时，瞬间荡然无存！
他的瞳孔骤然收缩，全身的血液仿佛在那一刻凝固了——保时捷356A！以及车旁那个穿着黑色风衣、留着银色长发的冷酷身影！
琴酒！
几乎是本能反应，柯南的心脏疯狂跳动起来，肾上腺素急剧飙升。他们在这里干什么？！又有新的交易？还是……新的暗杀目标？！
他下意识地就要冲过去，想要探听情报，阻止犯罪！
但就在他迈出脚步的瞬间，一种极其敏锐的直觉让他硬生生止住了动作。他的目光如同最精密的雷达，迅速扫过周围的环境——
对面咖啡馆里看报纸的男人，指节粗壮，眼神锐利；路边摊挑选水果的女士，耳垂上戴着微型通讯器；不远处一辆看似普通的厢式货车，车窗贴膜颜色深得异常……
这些人……不是普通人！他们的站位、他们的眼神、他们那种若有若无的默契……是埋伏！是警方的人！还有……是FbI！他认出了其中几个在之前合作中出现过的面孔！
一个巨大的、难以置信的念头如同闪电般劈入他的脑海——这是一个陷阱！一个针对琴酒和黑暗组织的、精心布置的抓捕行动！
原本躁动不安的心，霎时间被巨大的震惊和狂喜所取代，紧接着是前所未有的冷静。他不能打草惊蛇！绝对不能干扰这次至关重要的行动！
“小兰姐姐！爸爸！”他立刻拉住小兰的手，指向另一个方向，脸上挤出最天真无邪的兴奋表情，“我好像看到步美和元太他们了！就在那边的公园！我想去找他们玩一会儿再回家，可以吗？”
“诶？刚回来就要去玩啊？”小兰有些无奈地笑了笑，但看着柯南“渴望”的眼神，还是心软了，“好吧好吧，那你要注意安全哦，玩一会儿就回来吃饭。”
“知道啦！谢谢小兰姐姐！”柯南乖巧地应道，目送着小兰和毛利小五郎离开。
直到他们的身影消失在街角，柯南脸上的天真瞬间褪去，取而代之的是无比的凝重和专注。他迅速找到一个既隐蔽又能观察全局的角落，屏息凝神，如同最老练的猎手，紧紧盯着猎物一步步踏入陷阱。
时间一分一秒地过去，空气仿佛都凝固了。
突然！
“不许动！FbI！”
“警察！放下武器！”
几声厉喝如同惊雷炸响！埋伏在各处的探员和警察如同神兵天降，从四面八方蜂拥而出，瞬间将保时捷和琴酒、伏特加等人团团围住！枪口林立，气氛剑拔弩张！
琴酒的反应快得惊人，几乎在第一时间就试图拔枪反击，但埋伏的火力网和人数优势完全压制了他和伏特加的反抗。一场短暂而激烈的交火后，两人最终被电击枪和数名扑上的壮汉死死按倒在地，铐上了沉重的手铐！
整个过程干净利落，配合默契，显然是经过了周密的计划和长时间的部署。
柯南躲在暗处，心脏狂跳，几乎要跳出胸腔！他亲眼看着那个如同梦魇般笼罩了他无数个日夜、带给他无尽痛苦和恐惧的男人，被狼狈地押上了警车！
成功了！竟然真的成功了！
巨大的、难以置信的狂喜和如释重负的感觉如同海啸般席卷了他，让他几乎站立不稳，眼眶一阵发热。
随后，更多的消息通过现场指挥的通讯器零星传来——与此同时，在多个预设地点，组织的其他重要成员也纷纷落网！基地被突袭，大量犯罪证据被起获！这个盘根错节、危害巨大的黑暗组织，在红方（FbI、cIA、日本公安、警方）的联合雷霆打击下，核心力量几乎被一网打尽！
虽然仍有极少数外围成员或像贝尔摩德那样的高手在逃，但已然群龙无首，构不成实质性威胁了。肃清余孽，只是时间问题。
柯南靠在冰冷的墙壁上，缓缓滑坐在地上，大口大口地喘着气。喜悦、激动、茫然、还有一丝战斗结束后的虚脱感……各种情绪交织在一起，冲击着他的神经。
他没想到……幸福来得如此突然！他没想到，自己竟然能这么快……这么快就亲眼见证这个组织的覆灭！这么快……就能摆脱江户川柯南的身份，恢复成工藤新一了！
他颤抖着手，下意识地摸向口袋里的手机。他迫不及待地想要告诉一个人这个天大的好消息！
第一个闯入他脑海的身影，竟然是——星奈灵夕。
他想告诉她，威胁解除了，他安全了，他很快就能变回原来的样子了！他想和她分享这份巨大的喜悦和解脱！
然而，就在他即将按下拨号键的瞬间，他的动作猛地顿住了。
藤井树那张冰冷而充满掌控欲的脸，突兀地浮现在他的眼前，如同一盆冰水，瞬间浇灭了他所有的热情和冲动。
组织的威胁解除了，但另一个……更贴近、更 personal 的威胁，却依然存在，甚至可能因为他的“恢复”而变得更加不可预测和危险。
他缓缓放下手机，眼中的狂喜渐渐被一种复杂的、沉重的情绪所取代。
道路上的障碍清除了，但前方的路，似乎并未因此而变得平坦。
红方联合行动的巨大成功，如同摧枯拉朽般摧毁了黑暗组织的核心架构。虽然仍有零星余党在逃，但已难成气候，后续的追捕和清理工作有条不紊地进行着。
对江户川柯南（工藤新一）而言，最大的好消息是——阿笠博士和灰原哀（宫野志保）根据从组织实验室缴获的部分资料，结合之前的研究，终于成功研制出了Aptx-4869的永久性解药！
当那枚小小的胶囊摆在面前时，工藤新一的手甚至因为激动而有些颤抖。他等待这一刻，实在等了太久太久。
他没有丝毫犹豫，立刻服下了解药。
熟悉的、仿佛每一个细胞都在燃烧撕裂的剧痛再次袭来，但这一次，伴随着痛苦的是巨大的希望和狂喜。当他从难以忍受的痛楚中醒来，看着镜子里那张熟悉又有些陌生的、属于17岁工藤新一的脸庞时，他几乎喜极而泣。
他终于……回来了！
然而，恢复身份带来的不仅仅是喜悦，还有一系列必须面对的、甜蜜又苦涩的告别。
他不能再以“江户川柯南”的身份存在了。这个身份已经完成了它的使命，也必须有一个合理的结局。
他找到了小兰和毛利小五郎。看着小兰关切地询问“柯南”去哪了的眼神，他的心中充满了愧疚和不舍。他编造了一个早已准备好的、无懈可击的理由——远在美国的父母终于处理完了棘手的工作，决定接他回去一起生活，并且因为工作性质，可能需要长期定居，联系也会变得很不方便。
“这么突然吗？”小兰的眼眶瞬间就红了，蹲下身紧紧抱住他（工藤新一不得不继续扮演着柯南），“虽然很舍不得，但是……能和爸爸妈妈在一起生活，对柯南来说是最好的事情了。一定要照顾好自己，记得给我们打电话啊！”
她的善良和温柔让工藤新一的心像是被针扎一样疼。他只能用力地回抱她，将那份不舍和歉意深深埋藏在心底：“嗯！我会的！小兰姐姐也要照顾好自己！谢谢你和叔叔这么久以来的照顾！”
毛利小五郎虽然嘴上嘟囔着“麻烦的小鬼总算走了”，但眼神中也流露出了一丝不易察觉的落寞和不习惯。
随后，是与少年侦探团的孩子们告别。步美哭得稀里哗啦，光彦和元太也强忍着眼泪，一遍遍地问着他什么时候回来。工藤新一（以柯南的身份）耐心地安慰着他们，心中充满了对这些单纯伙伴的感激和怀念。
最后，他深深地看了一眼生活了许久的毛利侦探事务所和阿笠博士的家，这里承载了他作为柯南的太多记忆和情感。
尽管有万般不舍，但对恢复本来身份、回归正常生活的渴望，以及对未来（尤其是对某个人的）期待，最终压倒了一切离愁别绪。
告别仪式结束后，工藤新一在阿笠博士和灰原哀的帮助下，彻底抹去了“江户川柯南”存在过的痕迹。从此，这个世界上，只有工藤新一。
站在熟悉的街道上，感受着久违的、以原本身高视角看到的世界，呼吸着自由的空气，工藤新一的心中充满了新生的激动和对未来的无限憧憬。
结束了……终于都结束了。
我可以……重新开始了。
他拿出手机，第一个想要拨通的号码，依然是星奈灵夕。他迫不及待地想要告诉她一切，想要以工藤新一的身份，正式地、毫无隐瞒地站在她的面前。
然而，就在他准备按下拨号键的那一刻，他的动作再次迟疑了。
他想起了藤井树，想起了那个男人冰冷的警告和可怕的占有欲。组织的威胁消失了，但藤井树的威胁却依然存在，甚至可能因为他的“归来”而升级。
他深吸一口气，缓缓收起了手机。
还不能急…… 他告诫自己，必须更谨慎一些。我需要先弄清楚，灵夕现在……到底过得怎么样。
恢复身份只是第一步，如何面对和解决横亘在他与灵夕之间的那座名为“藤井树”的大山，才是他接下来真正的挑战。