京城的阳光毫无遮拦地洒在热闹的街市上，叫卖声、嬉闹声交织成一片。在街头的杂技表演摊前，小燕子正活力满满地翻着跟头、耍着大刀，引得围观百姓阵阵喝彩。表演结束，她大大咧咧地向众人拱手：“各位大爷大娘，有钱的捧个钱场，没钱的捧个人场呐！”
与此同时，在一处幽静的茶楼包间内，一位身着素袍、气质儒雅的男子正眉头紧皱，仔细端详着手中的一幅画像。此人正是箫剑，多年来他从未放弃寻找失散的妹妹，画像上那个灵动俏皮的姑娘，与记忆深处的面容慢慢重合。
“老板，再添壶茶！”小燕子风风火火地闯进茶楼，一屁股坐在角落，扯着嗓子喊道。箫剑闻声抬眼，目光瞬间被她吸引，手中茶盏险些掉落——眼前的小燕子，像极了他日思夜想的妹妹。
为了试探，箫剑起身走到小燕子桌前，拱手道：“姑娘身手不凡，在下佩服。敢问姑娘，可还记得幼时之事？”
小燕子嘴里塞着刚买的糖人儿，含糊不清地说：“我打小就在这京城流浪，跟着柳青柳红他们讨生活，哪还记得啥幼时的事。”
箫剑心中一动，又问：“姑娘可曾听说过浙江方之航？”
小燕子听到“方之航”三字，脑袋突然一阵剧痛，一些模糊的画面在脑海中闪过：雕花的楼阁、慈爱的父母、年幼的自己在庭院中玩耍……她捂住头，痛苦道：“你……你说这个名字干嘛，我头好疼！”
箫剑见状，心中笃定了几分，却也不再追问，只留下一句“姑娘若想知道身世，可来悦来客栈找我”，便转身离开。
当晚，小燕子翻来覆去难以入眠，箫剑的话像魔咒一般在她耳边回响。天刚蒙蒙亮，她便直奔悦来客栈。
“你到底是谁？为什么说能告诉我身世？”小燕子一见到箫剑，就迫不及待地问道。
箫剑深吸一口气，缓缓道出：“小燕子，你本姓方，名慈，是浙江知府方之航的女儿。当年，父亲遭奸臣陷害，满门抄斩，母亲在慌乱中让下人带着你我逃生，从此我们兄妹失散。”
小燕子瞪大了眼睛，满脸震惊与疑惑：“你说的是真的？可我一点都不记得了……”
箫剑从怀中掏出一块玉佩，递给小燕子：“你看，这是我们方家祖传的玉佩，我一直带在身边。小时候，你也有一块。”
小燕子接过玉佩，看着上面熟悉的花纹，记忆如潮水般涌来。她想起了小时候父亲教她读书识字，母亲为她梳头的场景，泪水夺眶而出：“我……我好像想起来了，我真的是你的妹妹！”
兄妹相认，小燕子又惊又喜，可一想到自己如今的格格身份，又犯起愁来：“哥哥，我现在是还珠格格，这事儿要是被皇上知道了，会不会……”
箫剑沉思片刻，道：“如今之计，只能先瞒着，再徐徐图之。但你要记住，无论发生什么，哥哥都会护着你。”
然而，世上没有不透风的墙。不久后，皇后偶然得知了小燕子的真实身世，心中暗喜，觉得终于抓住了小燕子的把柄。她在乾隆面前添油加醋地告状，说小燕子欺君罔上，罪不可恕。
乾隆大怒，当即下令将小燕子打入大牢。永琪心急如焚，四处奔走营救；箫剑则暗中联络江湖好友，准备劫狱。
在大牢中，小燕子虽然害怕，但一想到哥哥和永琪，心中便有了勇气。她对着前来审问的乾隆大喊：“皇阿玛，我虽然不是您的亲生女儿，但我对您的孝心是真的！”
就在局势剑拔弩张之时，箫剑带着证据赶到。原来，他找到了当年为方之航申冤的旧案卷宗，证明了方之航的清白。
乾隆看完卷宗，沉默良久，最终长叹一声：“朕错怪你了。既然你是方爱卿的遗孤，那便依旧是朕的格格，朕会好好补偿你。”
小燕子重获自由，从此，她不再只是那个无依无靠的江湖丫头，而是有着家族传承和亲人关爱的还珠格格。在永琪和箫剑的陪伴下，她在皇宫中继续书写着属于自己的传奇故事，而她的身世之谜，也成为了一段在民间流传的佳话 。