“启明号”穿过赤道上空的雨云时，舷窗外的绿色像活了过来——雨林的树冠在发光，叶脉状的光带顺着树干延伸到地面，与深海升起的蓝光在半空交织。林深看着探测仪上跳动的信号：“是迁徙兰的共鸣，比上次强烈十倍。”
飞船降落在雨林核心区的空地，这里的景象和他们初次来时截然不同：之前枯萎的藤蔓重新抽出新芽，树干上的发光苔藓连成了网络，地面的腐叶下渗出淡绿色的液体，液体中悬浮着细小的根须，根须正朝着同一个方向蠕动。雪绒兽首领突然冲进树林，鬃毛指向远处的巨树——那棵曾封存着迁徙兰种子的古树，此刻树干上的裂纹里长满了新的根系，根系组成的图案，正是悖论种子表面的螺旋纹。
“是母巢树。”艾拉抚摸着树干上的根系，“这些根须在吸收整个雨林的共生能量，像是在……等待激活。”她突然指向树顶：上次见到的培育舱已经嵌入树干，舱体表面的裂纹里长出了淡紫色的花朵，花朵的花粉在空气中凝成光尘，光尘落在哪里，哪里就会长出新的根须。
当他们靠近母巢树的树心，树洞深处传来熟悉的振动——是迁徙兰开花的频率。树洞内壁的藤蔓自动分开，露出块嵌入树干的水晶，水晶里封存着株完整的植物：根茎是雨林古藤，叶片是迁徙兰，顶端却结着颗绿色的果实，果实表面的纹路会随光带流动而变化。水晶下方的石台上，摆着卷竹简，竹简上的文字被绿色光流激活，在半空组成影像。
“雨林的共生，是让流动与扎根达成平衡。”影像里的守护者将不同的种子埋进母巢树的根系，“迁徙兰的花粉带着种子穿越大陆，母巢树的根系则牢牢抓住土壤，它们是共生网络的‘移动节点’和‘固定锚点’。”守护者抚摸着水晶，“当悖论种子带来其他节点的能量，果实会释放迁徙信标。”
伊洛突然按住林深的肩膀：树心深处的阴影里，浮现出数十个半透明的影子——是由枯萎藤蔓和黑色菌丝组成的怪物，怪物的触手上缠着未孵化的种子，种子表面已经发黑。“是共生能量失衡产生的畸变体！”苏璃甩出能量网时发现，网子刚接触到怪物就被菌丝腐蚀，“它们在吞噬健康的种子！”
悖论种子突然从林深怀中飞出，悬浮在水晶前方。绿色的雨林光流、蓝色的深海光流、红色的火山光流同时涌出，三种光流在树心组成螺旋状的旋涡，漩涡中心的光尘凝成把光刃。光刃自动飞向畸变体，切开菌丝的瞬间，被缠住的种子突然迸发绿光，种子落地后长出新芽，新芽的根须迅速扎进土壤，吸收着光流的能量。
水晶里的果实这时裂开，喷出无数带着荧光的花粉，花粉在空气中组成绿色的光带，光带延伸到雨林各处，原本杂乱生长的植物突然开始有序排列，根系顺着光带钻进土壤深处，与母巢树的主根连接在一起。林深注意到树心的地面在发光，光芒中浮现出隐藏的通道——通道壁上嵌着金属管，管内流动的绿色液体，正是火山与深海能量融合后的共生液。
“这些管道连接着城市节点！”艾拉的探测仪显示，液体中的能量频率与城市钢铁花完全一致，“母巢树在给城市输送净化后的能量！”水晶里的植物突然顺着根系钻进母巢树，树顶的培育舱彻底融入树干，树干上的裂纹全部愈合，新的枝叶在光带中舒展，叶片上的纹路与起源之树的叶片完全重合。
当最后一只畸变体被光流净化，母巢树突然剧烈震颤，树心的水晶化作绿色的光粒，融入悖论种子。树洞深处的石壁缓缓移开，露出个隐藏的储藏室，储藏室里摆满了密封的种子罐，每个罐子上都刻着不同的符号——是七个节点的标记。罐子中央的石台上，放着颗绿色的核心种子，种子接触到悖论种子时，发出清脆的响声，表面裂开细小的纹路，纹路里渗出绿色的光流。
离开母巢树时，整个雨林的光带突然变得明亮，绿色光流顺着地下管道向远方延伸，与深海、火山、沙漠的光带在高空组成完整的五边形网络。艾拉的记录仪器更新：“雨林节点已激活，共生网络修复进度5\/7。”起源之树的影像里，绿色的叶片旁多了圈紫色的花纹——正是迁徙兰的花瓣纹路。
林深看着悖论种子表面新增的绿色纹路，突然发现所有光流在种子中心形成了微型的旋涡：“还差最后两个节点——城市和……”他看向雪绒兽首领，对方正用鬃毛蹭着种子表面的螺旋纹，“永冻土？不对，永冻土是诞生地，那最后一个节点是……”
“是天空。”伊洛突然指向舷窗外，雨林上空的光带正在向云层延伸，云层里浮现出模糊的光流轨迹，“壁画里的《共生全图》，树冠是覆盖整个地球的，自然包括天空。”他调整飞船航线时，探测仪突然收到强烈的共鸣信号，信号源来自北方的城市群，“城市节点有异常，能量波动在剧烈下降！”
飞船升空时，林深回头望了眼母巢树，树顶的新枝已经刺破云层，枝叶间的花朵正在释放花粉，花粉乘着气流飞向远方，像无数绿色的星星。悖论种子在他掌心轻轻颤动，表面的纹路旋转得更快了，仿佛在催促他们——最后的节点，已经等不及了。