机械迷城之战虽已落幕，混元盟却未迎来真正的安宁。散落在宇宙各处的暗紫色晶体碎片，如同潜伏的毒瘤，不时在各个星域引发异象。在距离地球 4.2 光年的半人马座 a 星 b 附近，一颗原本荒芜的行星突然出现诡异变化 —— 其表面被一层暗紫色物质覆盖，形成复杂的几何纹路，这些纹路以惊人的速度生长蔓延，宛如一张巨大的网络笼罩整颗星球。
混元盟的科考船刚靠近该星域，所有电子设备便陷入瘫痪，导航系统显示的坐标不断跳动，仿佛被某种力量刻意扭曲。船舱内的仪表盘发出刺耳的警报声，船员们惊恐地发现，窗外的暗紫色物质竟如同活物般，伸出细长的触须缠绕在船身，发出令人牙酸的摩擦声。“检测到未知能量波动，强度正在急剧上升！” 技术员话音未落，一道暗紫色光束突然击中船体，船身剧烈震颤，防护罩瞬间下降至 30%。
林轩等人接到消息后，立即乘坐星渊方舟赶赴现场。当方舟冲破大气层，眼前的景象让众人神色凝重。星球表面的暗紫色网络已形成一座巨型祭坛，祭坛中央悬浮着一颗暗紫色晶核，晶核表面流转的幽光与古神心脏碎片如出一辙，其脉动频率竟与星球的地核震动完美契合。“这颗晶核在吸收行星能量，若任其发展，整个星球会成为新的混沌容器！” 林晚晴的混沌灵根疯狂预警，本源结晶的血色符文与暗紫色晶核产生共鸣，却引动晶核释放出更强的干扰波。
王虎扛起新研发的 “湮灭分解炮”，紫金色的能量束射向晶核，却在触及晶核表面的瞬间被吸收，转化为反击的暗紫色射线。射线击中方舟的推进器，导致方舟失去平衡，在大气层中剧烈翻滚。影手持青玄剑残片，剑魄化作青光斩向缠绕船身的暗紫色触须，然而剑影所到之处，触须断口处立刻长出倒刺，反向攻击。
林轩的神识穿透晶核表面的能量屏障，发现内部存在着一个微型的混沌漩涡。漩涡中，古神的残念与纪元议会残留的机械程序相互交织，形成一套诡异的能量循环系统。更令人不安的是，晶核正通过暗紫色网络向周边星球发射信号，试图唤醒更多沉睡的晶体碎片。“这些晶核在构建新的古神网络，我们必须在它们连接成型前摧毁核心！” 林轩周身混元之力流转，背后浮现出巨大的混元法相。
就在此时，祭坛四周突然升起十二根暗紫色石柱，石柱顶端浮现出古神的虚影。虚影挥动手中的巨斧，掀起一阵蕴含时空扭曲之力的风暴。星渊方舟在风暴中摇摇欲坠，船身出现多处裂痕。林晚晴强撑着将本源结晶的力量注入防御系统，血色符文化作护盾抵御风暴，却感觉力量如同泥牛入海，被迅速吞噬。
影的眼神愈发冷峻，她观察到石柱之间存在能量共鸣的规律。“先祖，只要切断石柱间的联系，或许能削弱晶核防御！” 她的声音在风暴中显得格外坚定。林轩会意，挥动混元天道剑，金黑色剑气化作锁链，缠绕向石柱。然而，石柱表面突然涌现出一层暗紫色金属护甲，剑气斩在护甲上，仅留下浅浅的痕迹。
王虎见状，启动湮灭分解炮的超载模式，炮管发出炽热的红光。“老子就不信炸不烂你们！” 紫金色的能量洪流如瀑布般倾泻在石柱上，其中一根石柱的护甲出现裂痕。但其余石柱立刻将能量传输过来，裂痕瞬间愈合，同时释放出更强的反击能量，将王虎震得倒飞出去，口吐鲜血。
危机时刻，林轩突然想起在机械迷城之战中领悟的混元调和之道。他深吸一口气，神识沉入混元法则本源，在混沌与秩序的交界处寻找平衡点。“混元阴阳，万物共生！” 随着他的怒吼，混元法相双手结印，金黑色光芒中浮现出无数阴阳鱼图案。这些图案化作光网，笼罩在石柱群上方，开始调和古神之力与机械能量。
在混元调和光网的作用下，石柱间的能量传输出现紊乱，护甲的强度大幅下降。影抓住机会，青玄剑残片爆发出前所未有的青光，剑影如电，瞬间斩断三根石柱的连接。失去部分能量供应的晶核开始剧烈震颤，表面出现蛛网状裂痕。但晶核似乎察觉到危机，突然释放出一股暗紫色的脉冲波，整颗行星的地核开始剧烈震动，火山喷发、地震频发，无数暗紫色岩浆从地底涌出，形成新的攻击力量。
林轩看着陷入混乱的战场，知道这是晶核最后的垂死挣扎。他将自身与混元天道剑彻底同化，化作一道贯穿天地的金色光柱，朝着晶核射去。林晚晴调动本源结晶与混沌灵根的全部力量，血色光芒与金色光柱融合；影将剩余的剑意注入剑魄，青光化作利剑；王虎则引爆湮灭分解炮的能量核心，紫金色的爆炸冲击波席卷全场。
四股力量汇聚在一起，如同一把开天辟地的巨刃，斩向暗紫色晶核。晶核发出不甘的尖啸，内部的混沌漩涡疯狂转动，试图吞噬这股力量。但在混元调和之力的压制下，漩涡逐渐停止转动，晶核表面的裂痕迅速扩大。随着一声巨响，晶核彻底炸裂，化作无数暗紫色光点消散在宇宙中。
战斗结束后，行星表面的暗紫色物质开始消退，恢复了往日的荒芜。但林轩等人并未放松警惕，他们知道，只要还有晶体碎片存在，古神复苏的威胁就始终笼罩在宇宙之上。而在宇宙的更深处，某个神秘空间内，一个布满暗紫色晶体的巨大王座上，一个身影缓缓睁开双眼，他的手中握着一块晶莹剔透的晶体，上面倒映着林轩等人的身影……